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第十三任调查兵团团长艾尔文怀疑墙内的“墙外人类已被灭绝”的论断，从而加入调查兵团。他以“献出生命”的口号蒙蔽了调查兵团的所有成员，以调查兵团为工具，只为解答自己的疑问，一探墙外之究竟。在艾伦加入调查兵团后，兵团通过调查得知，帕拉迪岛和调查兵团已经被莱纳等马莱战士所渗透；巨人并不是其它的物种，而是帕拉迪岛的艾尔迪亚人同胞。
以艾尔文为首的调查兵团因此开始怀疑王政府的统治合法性。同时，王政府也注意到调查兵团即将调查出自己向民众掩盖世界真相的事实，以及始祖巨人被兵团士兵艾伦夺走一事。为维护自身利益并夺回始祖巨人，王政府先下手为强，派出宪兵团停止调查兵团的活动，调查兵团被宣布为非法组织，成员悉数遭到通缉，此即为第一次帕拉迪岛内乱（王政篇）。
调查兵团并未坐以待毙。艾尔文与同样怀疑王政府合法性的驻扎兵团司令匹西斯与总统萨克雷联手，共同揭穿了王政府拥戴伪王、蒙蔽墙内人民的事实。王政府被推翻，调查兵团暂时代行帕岛的最高权力。
在王政府被推翻后，调查兵团找到了被挟持的真正拥有王血血统的兵团成员希斯特里亚和始祖巨人拥有者艾伦，并手刃了巨人化后的罗德·雷斯。此后调查兵团拥戴希斯特里亚加冕为王，将最高权力交还给新的军政府。此后的玛利亚之墙夺回战中，调查兵团以近乎全员牺牲的方式取得惨胜，艾尔文阵亡，原兵团第四分队长韩吉成为第十四任调查兵团团长。
此后的四年里，调查兵团一直属于帕岛最高权力的一部分，协助军政府开展军事建设、基础设施建设以及外交等工作。854年，调查兵团正式派出小队潜入马莱开展调查，此后被艾伦裹挟，并被迫发起针对马莱雷贝里欧收容区的突袭，在大幅度削弱马莱战力、近乎全歼马莱军政高层的同时，也残杀了大量的无辜平民。
返回帕岛后，调查兵团将违反军纪、肆意妄为的艾伦囚禁，然而兵团内部也开始分裂。以弗洛克为首的一批调查兵团士兵要求释放艾伦，遭到团长韩吉的拒绝。调查兵团也因囚禁艾伦的行为遭到大批民众的质疑，曾经支持调查兵团的民众、商会、媒体等众人都要求释放艾伦。此后，弗洛克带领的这批调查兵团士兵发动哗变，刺杀了总统萨克雷，成立“耶格尔派”。耶格尔派拒绝承认韩吉为调查兵团团长、控制了训练兵团，要挟韩吉与其合作，并将拒绝加入耶格尔派的兵团士兵囚禁。此次事件后，调查兵团名存实亡、帕岛最高权力被耶格尔派实际控制。此即为第二次帕拉迪岛内乱（耶格尔派篇）。
帕拉迪岛最高权力被耶格尔派实际控制后，在韩吉的组织下，调查兵团残存成员与不愿意看到艾伦发动地鸣的马莱战士聚集，他们彻夜长谈、敞开心扉，并宣泄了长期以来闷于心中的情绪与仇恨。此后，调查兵团残存成员与马莱战士联合组成救世小队，名义上仍然是调查兵团，韩吉仍然是团长。
此时，耶格尔派已经占领了帕岛的港口。为阻止艾伦的地鸣、占领港口并利用飞艇，调查兵团与耶格尔派发生战斗，兵团团长韩吉和耶格尔派首领弗洛克双双战亡，但兵团也得以启动飞艇，赶往始祖巨人本体之处阻止地鸣。艾尔敏成为第十五任调查兵团团长，带领调查兵团与艾伦·耶格尔展开最后的战争。
在最后的战争中，调查兵团全员与艾伦展开惨烈的战斗。艾伦利用怪诞虫之力将兵团内的艾尔迪亚人悉数变为巨人，这让团长艾尔敏下定了击杀艾伦的决心。最终，在皮克、莱纳等的掩护下，三笠借助法尔克之力砍下了艾伦的头颅，艾伦被彻底击杀，地鸣停止，巨人之力消失，所有存活的巨人全部变回人类。艾尔敏成为了全世界的英雄：凭借斩杀艾伦的功劳以及全世界人口一半被地鸣踏平的现状，帕拉迪岛与其它国家得以签订停战协议。
然而，非常讽刺的是，虽然艾伦战败，但耶格尔派却在战后取得了帕岛军政府的最高权力。战争结束后，兵团成员大部分成为战争后联合国的帕岛代表，长年在外为帕岛争取外交空间。在帕岛内是否还存有调查兵团这一建制，目前已无从得知。
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