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在堕落之神希诺克战败后，他被雷电俘获。雷电被希诺克的护符污染变成了暴君，不断地折磨堕落之神。（参考真人快打X的剧情）
一日，雷电结束对希诺克的折磨后离开了天塔，克罗尼卡在希诺克面前现身，她厌恶于雷电破坏善恶的平衡，决心要再次重置时空。
雷电离去正是为了处理占据了幽冥禁地的亡灵刘康，吉塔娜夫妇与地球领域的矛盾，他和地球战士们合力攻破了亡灵刘康夫妇的宫殿并将其炸毁。
克罗妮卡在亡灵刘康夫妇面前出现并通过反转时间重建了他们的宫殿，之后将他们收为部下。克罗妮卡又制造了一场时空冲击使过去和未来碰撞，因为雷电的出现正好是破坏了正邪均衡的罪魁祸首，所以在时间重置的时候，现在时间线的堕落雷电消失了。因为克罗妮卡修改时间线的基准是善恶的平衡，所以过去的刘康，雷电，绍康等能够代表善恶阵营的人物穿越到了现在。
随后她的部下Geras与绍康的部下和机器人Sektor结盟，让他们保证在克罗妮卡建立新世界时保护克罗妮卡的要塞，事成之后许诺在新世界里提供他们想要的一切。
但是没过多久她就得知绍康以及Sektor的部队被蝎子，绝对零度，吉塔娜等人击败了，因此不得不寻找其他的帮手。
此时，现在已退休的特种部队军官Jax正坐在沙发上看电视并为女儿的久不归家而烦恼，此时克罗妮卡走到了他的身边，并许诺他一个更好的未来，于是Jax也加入了她的阵营并得到了她重塑的机械臂。
随后她得到了尚宗岛上吸收了无数亡灵的力量的亡灵之冠并戴上王冠使得自己力量大增，从而可以发动一次精确的时间重置。
之后刘康吉塔娜雷电等人带领着联军讨伐克罗妮卡的要塞，打响了战争。期间Jax被年轻时候的自己打败并认识到了自己的错误从而加入了地球战士的阵营，Geras也因为在混战中落入无底的血海而消失。
最后刘康和雷电合体成为了雷火之神并轻易消灭了克罗妮卡的军队，得到了与克罗妮卡决战的资格。
克罗妮卡决定先让Cetrion与刘康战斗，但是她却被刘康击败并且被刘康说服认识到了母亲的错误，不过Cetrion并不愿意背叛自己的母亲，于是她也与克罗妮卡合体成为了母亲的一部分。
克罗妮卡和升格为雷火神的刘康进行一对一决斗，并且最终结局也会根据他们的战斗结果来定：
- 如果刘康连续两轮获胜，则刘康会将克罗妮卡的身体打成粉末并接管她的时间沙漏，而变成凡人的雷电会被刘康任命为守护者和顾问。刘康向雷电表示他无法独自完成重塑历史的任务，并带回吉塔娜协助他进行时间重塑。
- 如果克罗妮卡至少赢得一轮，那么刘康会将克罗妮卡的身体打碎并消灭她。而变成凡人的雷电向刘康表示祝贺，并希望他能重置时间。因为克罗妮卡将时间倒退得太远，所以刘康无法将吉塔娜带到他塑造的历史中，雷电会提供建议和指导直到他恢复自己的能力。
- 如果克罗妮卡获胜，她会斩首刘康并继续创造新世界。
尽管主线剧情里刘康在获胜结局里会将克罗妮卡的身躯焚烧成玻璃后击碎，但是与沃拉对战的角色对话里会揭露克罗妮卡并没有彻底死亡。
在挑战塔模式里每一个角色都会拥有一个击败并杀死克罗妮卡的独立故事线，最后克罗妮卡总会以被丢出去撞碎时间沙漏后被爆发出的时空乱流吸入而终结。无惨
真人快打11的dlc剧情“余波”中尚宗穿越回过去导致了一条新时间线的诞生，新的时间线里克罗妮卡在刘康的安排下会被得到亡灵之冠的尚宗击败并吸干力量。
在真人快打1中，刘康重造了整个宇宙，不过其他时间线的她却决定用一些方式来实现自己正邪持平的理论。
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