所长与司初见时，想根据司的服装和他手里拿着的梶井基次郎的诗集推理出他的身份，却得出了非常荒诞的结果——“从西洋归来、正在制作同人志的、伊贺乃至甲贺出身的忍者见习生”，使司大为震惊。
- 真相
风见司原本所处的2020年实际为樱云2年（在司所处的历史中，大正、昭和后的日本年号是平永[1]和樱云[2]），正处于第三次世界大战的白热化阶段。当时的东京遭到了BC（）武器的袭击，司的母亲在袭击中为救司而牺牲，而司虽侥幸存活，但不得不对左臂进行截肢以防止病毒对身体进一步的感染。
司失去了自己惯用的左手，唯一的右手又不能很好地写字或画画，此时的他对生活感到了绝望，于是他选择了投笔从戎。一方面是为了能够通过成为士兵而优先获得能够替代左臂的肌电义手，通过覆盖在其上面的较薄的人工皮肤以及手套[3]，便能伪装成一般拥有正常左臂人的样子；另一方面则是希望自己能够通过任务忘却伤痛乃至死在战场上来了结自己的性命。在这个过程中，他学会了近身格斗术以及如何使用义手开枪，并晋升为一名一等兵。
后来因为在樱花树下偶然因为“时震（Timequake）”穿越回100年前的大正时代并于所长等人相遇后，司开始希望自己能够留在这个和平的年代，从而违背了阿良良木的修正误差请求，背叛了原先和所长的约定，私下同柳乐警官一同阻止历史上本应发生的恐怖袭击事件来产生新的“误差”。而司偶尔把自己关在事务所里进行的“右手的运动”，实际上是为了给义手充电。
- 第十三章 樱色之云 绯色之恋
发现了司真实意图的所长快速回到了事务所，将正在进行“右手的运动”的司抓个正着，同时通过司钱包中印有“樱云2年”的硬币这一铁证证实了司不想回到未来的想法。被揭穿的司拿着自己的义手，向所长无力地讲述着自己的遭遇和感受，同时愤怒地控诉着自己的自私和弱小。司本以为这一通话会让所长对他大失所望，然而所长不仅接纳了他，还修正了他的想法：司应该回到未来，但不是原本战火纷飞的未来，而是由所长他们开辟出的全新的、和平的未来。
- 第十四章 发明！异想天开时光机！
有了新目标的司继续和所长和一同调查伏仓万斋身上的误差到底从何而来，但万斋频繁外出，二人一直无法得知其踪迹。后来的某日，二人在那颗樱花树下找到了正在思考有关虫洞的原理的万斋，本想问清楚相关事宜，结果万斋找了个借口溜走，然后在回家路途中被加藤上尉绑架。
伏仓万斋的相亲对象小夜子，原定于在近几日与伏仓再次见面，却一直没有伏仓的下落。于是小夜子亲自上门来到伏仓家，恰好与司和所长相遇。在司的带领下小夜子见到他那混沌的房间，对伏仓失去了期待。几天后向伏仓寄了一封解除婚约的告知书。不久，司在伏仓家的信箱里找到了小夜子的信。因自己要亲自与加藤对峙，怕无法自己将信交给伏仓，故拜托了阿良良木将信送给伏仓。
- 最终章 决战！化作凌云之翼
在堆满钞票、四壁都是极其现代化的装饰的地下基地内，阿良良木随司的指示，将手中的信交给了万斋，万斋在看了信后失去了相亲的想法。这使得加藤上尉因“弑亲悖论”[4]而在这个分枝上再也没有容身之所。由于加藤过多干涉祖先，产生了历史的误差，以至于他存在的证据与痕迹都被阿良良木的“历史强制修复”抹除，在这个时代、这个世界线都不会有丝毫留存。于是乎，司除掉了加藤上尉这一最大的历史误差源头。
在这之后，司处理了各项事宜，将误差缩减到了可以让阿良良木将自己送回未来的水平。在与众友人一一道别后，司和所长一同前往那棵樱花树下，相厮相守至最后一刻……
- 结句 令月风和
回到未来后的司，通过接住樱花花瓣而发现了自己那不再是义手的正常左臂，以及仍在人世的母亲给自己手机发来的消息，意识到所长他们真的给自己开辟出了一个和平的未来而不禁泪流满面。这个时候一位自称玛丽的金发小女孩向司跑了过来，她那与所长近乎完全相同的身姿与气质使得司瞬间意识到她是所长和自己的孩子的后代。玛丽告诉了司现在的年号是令和，同时还递给了他一封信，那是她的曾祖母——丽贝卡·克鲁格的遗嘱：
Dear 司：
真是太好了，你现在感觉还好吗？
话虽如此，在你看来一百年转眼就过了吧
我真的很羡慕啊
我已经不知道是第几次写这封信了，
与之相同数量的还有我扔进垃圾桶的信
是啊，最近我终于会使用电脑这样的东西了，
话虽如此，要读写字的话还是很辛苦的，大概是因为已经上了年纪吧
我既想见到你又不想见到你，因为你还很年轻，我已经老了
即便如此，我还是想看一眼你的脸，但这也是没有办法的事
这种事不过是奢望罢了
到了现在，我想明白了，我们的心连在一起，年龄又怎能影响到我们呢
你一定也会活到和我同样的岁数
今后也要一直走下去啊
在你未来前进的道路上
一定有着许多困难在等着你
即便是你也有可能会束手无策
但是，我相信
我亲爱的助手风见司无论遇到什么苦难都不会气馁
希望你能顺利解决
就算有一点寂寞
只要能在那瞬间想起我的话我会很开心的
我已经困了
我决定就此封笔了
我会告诉所有人不要打开它，直到它被交给你
今后也要不骄傲不气馁
无论你未来去到哪里
你都是我的助手
——20.04.2002 Rebecca Kruger
后来的司在这个新的时代打破了自己的升学规划，一个人去了英国留学。跳级2年进修完了本科课程，在东京都建立了第二代彻里侦探事务所。
- 后日谈 追忆：令和妖精的尾巴[5]
时间来到几年后。此时的司正经营着第二代彻里侦探事务所，而玛丽作为他的弟子经常跑到事务所里来玩。
暑期的一天，玛丽给司带来了7张所长的黑白照片，但几乎无一例外的都是定妆照，而且照片中的所长都是笔直地看向镜头，就像是知道这些照片总有一日会传到司的手里一样。但司突然发现其中一张不太一样，那是一张所长与“妖精”对视的照片，司立马明白那是当时英国正流行的特效照片，但令司疑惑的是，那个“妖精”的翅膀发出了不属于那个时代的，十分立体的光芒……想不明白的司还是将这张照片与其他照片一同收进了相册中。
第二天，玛丽逃掉了空手道和钢琴的练习，带来了一位女孩。从她的外表和话语中，司得知了她名叫庚令花，是一位就读于樱玲女子学院[6]的高三学生，并且参加着弓道部的社团活动，是玛丽在社团结识的朋友，令花计划去留学，所以拜托玛丽教她英语，作为回报她教玛丽围棋。经历如此一般寒暄，令花道出了她此次前来的目的——她看见了“妖精”。准确地来说，她每晚从补习班回家的同一时间走过同一地点时，便会看到“妖精”发出的淡淡的光芒。正巧司也为所长照片的事所烦恼，便接下了令花的委托。
没过多久，司陪玛丽去银座购物。看着现代化的银座街头，司不禁感叹——此处既留存着百年之前的影子，又有了非常大的变化，这又让他不禁想起所长等人的面容。买完东西以及一只捕虫网后，司跟着玛丽来到了令花看到“妖精”的地方，此处环境清新且闲适，让人难以想象到附近的钢铁丛林。二人在此处一番搜索，但一无所获……突然玛丽大叫一声，司本以为她发现了“妖精”，结果却看见她拿着从地上捡到的100日元呼呼傻笑，差点整个人跪了下来……
搜寻后的第二天，令花来到事务所，告知司和玛丽自己通过手机连拍拍到了“妖精”的照片，照片中光芒在令花的右手附近划出一道心形的曲线，让玛丽不禁怀疑是不是用APP加工过的。看完照片后的司在心中得出了答案，于是在当天晚上带着二人前往了那个地方，揭开了“妖精”的真面目——萤火虫。
司解释道，萤火虫发出的光芒其实非常微弱，肉眼注意力不集中一般难以观察到，同时加上此处的夜晚几乎没有照明，因而令花拿出的手机照明吸引来了这只萤火虫，同时手机相机的光圈又放大了萤火虫的光芒，这才呈现出了“妖精”的视觉效果。
第二天，司向玛丽缓缓道出了所长的特技照片的真相——这张照片是玛丽偷偷地将原片拿去做数字化扫描后，利用APP加工后印刷出来的图像，原片中“妖精”的翅膀并没有发光，一切都是玛丽精心的恶作剧。在这之后，令花带着谢礼来到了事务所，之后又因为要上学而匆匆离开，离开之前，令花无意之中向司提出了一个问题，于是司也若无其事地回答：
令花：很久以前的时候就注意到了，这里是第二代彻里侦探事务所——对吧？
司：是的。
令花：那么，也有初代事务所存在吗？
司：当然，在一百年以前。
时光飞逝，盂兰盆节，司和玛丽二人一早就前往郊外的陵园去扫墓，回想着从回到未来开始的点点滴滴，他来到了山顶的墓碑前，那里刻着她的墓志铭：
| “ |
Steel True, Blade Straight[7] |
” |
| ——REBECCA KRUGER
|
司一如既往地蹲在墓碑前祈祷，在心中向着所长一句又一句地诉说着……祈祷完毕后，司想起了所长那张“妖精”的相片，他突然觉得原片本身都有一点奇怪——“妖精”的翅膀是半透明的，而当时应该不存在这样的纸才对。正当司如此思考着后退并缓缓起身时，他仿佛看到了所长的身影，听到了她的声音：
你还差得远呢——司啊
别一脸呆滞的表情啊，又不是看见了我
长高了吗？我不穿高跟鞋可能都追不上了……呵呵
你好像还对我抱有愧疚感……不过你无须在意
多亏遇见了你……直到最后，我都很幸福
我现在也能这样守护着你，这何尝不是一种喜悦
我也知道，即使这样说，也传达不到啊。不过，这也算是一种乐趣吧
这世上……还沉睡着很多连你、我都不知道的谜题呐
这就叫苦口婆心了吗？哎呀哎呀，上了年纪说话就会变得啰嗦，好像是真的啊
明明我教过你不要相信鬼魂的啊。哈哈……所以啊，就算不听我讲也可以哦
再见了——司
司相顾无言，只感觉这是自己积蓄已久的感情喷涌而出，在恰到好处的时间出现的白日梦罢了。而后身后传来了玛丽的呼唤声，司便离开了墓前。回去的路上，玛丽觉得这里很适合开试胆大会，因为会让人感觉有鬼魂，而司听完只是笑着回了一句——“可能还真的有。”
