所長與司初見時，想根據司的服裝和他手裏拿着的梶井基次郎的詩集推理出他的身份，卻得出了非常荒誕的結果——「從西洋歸來、正在製作同人誌的、伊賀乃至甲賀出身的忍者見習生」，使司大為震驚。
- 真相
風見司原本所處的2020年實際為櫻雲2年（在司所處的歷史中，大正、昭和後的日本年號是平永[1]和櫻雲[2]），正處於第三次世界大戰的白熱化階段。當時的東京遭到了BC（）武器的襲擊，司的母親在襲擊中為救司而犧牲，而司雖僥倖存活，但不得不對左臂進行截肢以防止病毒對身體進一步的感染。
司失去了自己慣用的左手，唯一的右手又不能很好地寫字或畫畫，此時的他對生活感到了絕望，於是他選擇了投筆從戎。一方面是為了能夠通過成為士兵而優先獲得能夠替代左臂的肌電義手，通過覆蓋在其上面的較薄的人工皮膚以及手套[3]，便能偽裝成一般擁有正常左臂人的樣子；另一方面則是希望自己能夠通過任務忘卻傷痛乃至死在戰場上來了結自己的性命。在這個過程中，他學會了近身格鬥術以及如何使用義手開槍，並晉升為一名一等兵。
後來因為在櫻花樹下偶然因為「時震（Timequake）」穿越回100年前的大正時代並於所長等人相遇後，司開始希望自己能夠留在這個和平的年代，從而違背了阿良良木的修正誤差請求，背叛了原先和所長的約定，私下同柳樂警官一同阻止歷史上本應發生的恐怖襲擊事件來產生新的「誤差」。而司偶爾把自己關在事務所里進行的「右手的運動」，實際上是為了給義手充電。
- 第十三章 櫻色之雲 緋色之戀
發現了司真實意圖的所長快速回到了事務所，將正在進行「右手的運動」的司抓個正着，同時通過司錢包中印有「櫻雲2年」的硬幣這一鐵證證實了司不想回到未來的想法。被揭穿的司拿着自己的義手，向所長無力地講述着自己的遭遇和感受，同時憤怒地控訴着自己的自私和弱小。司本以為這一通話會讓所長對他大失所望，然而所長不僅接納了他，還修正了他的想法：司應該回到未來，但不是原本戰火紛飛的未來，而是由所長他們開闢出的全新的、和平的未來。
- 第十四章 發明！異想天開時光機！
有了新目標的司繼續和所長和一同調查伏倉萬齋身上的誤差到底從何而來，但萬齋頻繁外出，二人一直無法得知其蹤跡。後來的某日，二人在那顆櫻花樹下找到了正在思考有關蟲洞的原理的萬齋，本想問清楚相關事宜，結果萬齋找了個藉口溜走，然後在回家路途中被加藤上尉綁架。
伏倉萬齋的相親對象小夜子，原定於在近幾日與伏倉再次見面，卻一直沒有伏倉的下落。於是小夜子親自上門來到伏倉家，恰好與司和所長相遇。在司的帶領下小夜子見到他那混沌的房間，對伏倉失去了期待。幾天後向伏倉寄了一封解除婚約的告知書。不久，司在伏倉家的信箱裏找到了小夜子的信。因自己要親自與加藤對峙，怕無法自己將信交給伏倉，故拜託了阿良良木將信送給伏倉。
- 最終章 決戰！化作凌雲之翼
在堆滿鈔票、四壁都是極其現代化的裝飾的地下基地內，阿良良木隨司的指示，將手中的信交給了萬齋，萬齋在看了信後失去了相親的想法。這使得加藤上尉因「弒親悖論」[4]而在這個分枝上再也沒有容身之所。由於加藤過多干涉祖先，產生了歷史的誤差，以至於他存在的證據與痕跡都被阿良良木的「歷史強制修復」抹除，在這個時代、這個世界線都不會有絲毫留存。於是乎，司除掉了加藤上尉這一最大的歷史誤差源頭。
在這之後，司處理了各項事宜，將誤差縮減到了可以讓阿良良木將自己送回未來的水平。在與眾友人一一道別後，司和所長一同前往那棵櫻花樹下，相廝相守至最後一刻……
- 結句 令月風和
回到未來後的司，通過接住櫻花花瓣而發現了自己那不再是義手的正常左臂，以及仍在人世的母親給自己手機發來的消息，意識到所長他們真的給自己開闢出了一個和平的未來而不禁淚流滿面。這個時候一位自稱瑪麗的金髮小女孩向司跑了過來，她那與所長近乎完全相同的身姿與氣質使得司瞬間意識到她是所長和自己的孩子的後代。瑪麗告訴了司現在的年號是令和，同時還遞給了他一封信，那是她的曾祖母——麗貝卡·克魯格的遺囑：
Dear 司：
真是太好了，你現在感覺還好嗎？
話雖如此，在你看來一百年轉眼就過了吧
我真的很羨慕啊
我已經不知道是第幾次寫這封信了，
與之相同數量的還有我扔進垃圾桶的信
是啊，最近我終於會使用電腦這樣的東西了，
話雖如此，要讀寫字的話還是很辛苦的，大概是因為已經上了年紀吧
我既想見到你又不想見到你，因為你還很年輕，我已經老了
即便如此，我還是想看一眼你的臉，但這也是沒有辦法的事
這種事不過是奢望罷了
到了現在，我想明白了，我們的心連在一起，年齡又怎能影響到我們呢
你一定也會活到和我同樣的歲數
今後也要一直走下去啊
在你未來前進的道路上
一定有着許多困難在等着你
即便是你也有可能會束手無策
但是，我相信
我親愛的助手風見司無論遇到什麼苦難都不會氣餒
希望你能順利解決
就算有一點寂寞
只要能在那瞬間想起我的話我會很開心的
我已經困了
我決定就此封筆了
我會告訴所有人不要打開它，直到它被交給你
今後也要不驕傲不氣餒
無論你未來去到哪裏
你都是我的助手
——20.04.2002 Rebecca Kruger
後來的司在這個新的時代打破了自己的升學規劃，一個人去了英國留學。跳級2年進修完了本科課程，在東京都建立了第二代徹里偵探事務所。
- 後日談 追憶：令和妖精的尾巴[5]
時間來到幾年後。此時的司正經營着第二代徹里偵探事務所，而瑪麗作為他的弟子經常跑到事務所里來玩。
暑期的一天，瑪麗給司帶來了7張所長的黑白照片，但幾乎無一例外的都是定妝照，而且照片中的所長都是筆直地看向鏡頭，就像是知道這些照片總有一日會傳到司的手裏一樣。但司突然發現其中一張不太一樣，那是一張所長與「妖精」對視的照片，司立馬明白那是當時英國正流行的特效照片，但令司疑惑的是，那個「妖精」的翅膀發出了不屬於那個時代的，十分立體的光芒……想不明白的司還是將這張照片與其他照片一同收進了相冊中。
第二天，瑪麗逃掉了空手道和鋼琴的練習，帶來了一位女孩。從她的外表和話語中，司得知了她名叫庚令花，是一位就讀於櫻玲女子學院[6]的高三學生，並且參加着弓道部的社團活動，是瑪麗在社團結識的朋友，令花計劃去留學，所以拜託瑪麗教她英語，作為回報她教瑪麗圍棋。經歷如此一般寒暄，令花道出了她此次前來的目的——她看見了「妖精」。準確地來說，她每晚從補習班回家的同一時間走過同一地點時，便會看到「妖精」發出的淡淡的光芒。正巧司也為所長照片的事所煩惱，便接下了令花的委託。
沒過多久，司陪瑪麗去銀座購物。看着現代化的銀座街頭，司不禁感嘆——此處既留存着百年之前的影子，又有了非常大的變化，這又讓他不禁想起所長等人的面容。買完東西以及一隻捕蟲網後，司跟着瑪麗來到了令花看到「妖精」的地方，此處環境清新且閒適，讓人難以想像到附近的鋼鐵叢林。二人在此處一番搜索，但一無所獲……突然瑪麗大叫一聲，司本以為她發現了「妖精」，結果卻看見她拿着從地上撿到的100日元呼呼傻笑，差點整個人跪了下來……
搜尋後的第二天，令花來到事務所，告知司和瑪麗自己通過手機連拍拍到了「妖精」的照片，照片中光芒在令花的右手附近劃出一道心形的曲線，讓瑪麗不禁懷疑是不是用APP加工過的。看完照片後的司在心中得出了答案，於是在當天晚上帶着二人前往了那個地方，揭開了「妖精」的真面目——螢火蟲。
司解釋道，螢火蟲發出的光芒其實非常微弱，肉眼注意力不集中一般難以觀察到，同時加上此處的夜晚幾乎沒有照明，因而令花拿出的手機照明吸引來了這隻螢火蟲，同時手機相機的光圈又放大了螢火蟲的光芒，這才呈現出了「妖精」的視覺效果。
第二天，司向瑪麗緩緩道出了所長的特技照片的真相——這張照片是瑪麗偷偷地將原片拿去做數碼化掃描後，利用APP加工後印刷出來的圖像，原片中「妖精」的翅膀並沒有發光，一切都是瑪麗精心的惡作劇。在這之後，令花帶着謝禮來到了事務所，之後又因為要上學而匆匆離開，離開之前，令花無意之中向司提出了一個問題，於是司也若無其事地回答：
令花：很久以前的時候就注意到了，這裏是第二代徹里偵探事務所——對吧？
司：是的。
令花：那麼，也有初代事務所存在嗎？
司：當然，在一百年以前。
時光飛逝，盂蘭盆節，司和瑪麗二人一早就前往郊外的陵園去掃墓，回想着從回到未來開始的點點滴滴，他來到了山頂的墓碑前，那裏刻着她的墓志銘：
| “ |
Steel True, Blade Straight[7] |
” |
| ——REBECCA KRUGER
|
司一如既往地蹲在墓碑前祈禱，在心中向着所長一句又一句地訴說着……祈禱完畢後，司想起了所長那張「妖精」的相片，他突然覺得原片本身都有一點奇怪——「妖精」的翅膀是半透明的，而當時應該不存在這樣的紙才對。正當司如此思考着後退並緩緩起身時，他仿佛看到了所長的身影，聽到了她的聲音：
你還差得遠呢——司啊
別一臉呆滯的表情啊，又不是看見了我
長高了嗎？我不穿高跟鞋可能都追不上了……呵呵
你好像還對我抱有愧疚感……不過你無須在意
多虧遇見了你……直到最後，我都很幸福
我現在也能這樣守護着你，這何嘗不是一種喜悅
我也知道，即使這樣說，也傳達不到啊。不過，這也算是一種樂趣吧
這世上……還沉睡着很多連你、我都不知道的謎題吶
這就叫苦口婆心了嗎？哎呀哎呀，上了年紀說話就會變得囉嗦，好像是真的啊
明明我教過你不要相信鬼魂的啊。哈哈……所以啊，就算不聽我講也可以哦
再見了——司
司相顧無言，只感覺這是自己積蓄已久的感情噴涌而出，在恰到好處的時間出現的白日夢罷了。而後身後傳來了瑪麗的呼喚聲，司便離開了墓前。回去的路上，瑪麗覺得這裏很適合開試膽大會，因為會讓人感覺有鬼魂，而司聽完只是笑着回了一句——「可能還真的有。」
