名偵探柯南/主線劇情
另請編輯者注意：請不要在人物歷程等相關內容中懸掛此模板。具體使用方法詳見模板說明文檔。
補番專區
為照顧新入坑的柯迷，特開設無劇透專區。這裏僅列出主線的標題和簡單的介紹，可按表索驥來直接追柯南主線劇情。
- 備註：
-
- 黑衣組織成員出場集數，採用紅色標註；
- 三選一篇章中嫌疑人出場集數以及非三選一篇章中立場未定的角色出場集數，採用紫色標註；（註：在同時有明確的組織成員和三選一嫌疑人出場的篇章，除部分特殊篇章如身份揭曉、與組織對決的篇章外，以嫌疑人出場為優先）
- 重要人物出場與重大事件發生的集數，採用綠色標註；
- 與主線無關但精彩的集數，採用藍色標註；
- 黑色字體表示案件本身與主線有輕微的聯繫（換言之，不看也無所謂）；
若遇其他顏色，就是賣萌標記，可以無視。
篇章1：變小的名偵探篇
| 原版集數 | 海外版集數 | 標題 | 備註 |
|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 雲霄飛車殺人事件 | 黑衣組織成員琴酒和伏特加登場 |
| 2 | 2 | 董事長千金綁架事件 | 工藤新一變成柯南 |
| 3 | 3 | 偶像密室殺人事件 | 柯南獲得蝴蝶結變聲器 |
| 4 | 4 | 大都會暗號地圖事件 | 少年偵探團成立 |
| 5 | 5 | 新幹線大爆破事件 | 漫畫中，柯南通過竊聽得知了琴酒和伏特加的代號；動畫劇情被魔改為事件與黑衣組織無關，詳見漫畫Vol.4 File.4-6（總File.33-35）。腳力增強鞋在動畫中也在該集初次登場。 |
| 6 | 6 | 情人節殺人事件 | 柯南獲得手錶麻醉槍 |
| 7 | 7 | 每月一件禮物威脅事件 | 小蘭首次懷疑柯南的真實身份 |
| 10 | 10 | 足球選手恐嚇事件 | 吃醋的女人真的很可怕 |
| 11 | 11-12 | 鋼琴奏鳴曲《月光》殺人事件 | TV版首個特別篇，柯南遇到了第一個死在自己面前的犯人，破案心態受到了重大影響 |
| 12 | 13 | 步美綁架事件 | 柯南打賭輸了拜託阿笠博士為少年偵探團做的徽章在本集首次亮相；柯南首次使用博士給的渦輪引擎滑板 |
| 13 | 14 | 奇怪的尋親殺人事件 | 漫畫版宮野明美初登場，首次出現宮野志保的剪影；動畫結尾部分被魔改，詳見漫畫Vol.2 File.7（總File.16）。由於本集結尾宮野明美未死導致宮野志保無法登場，後動畫組為彌補由此帶來的劇情BUG而原創了TV 128。 |
| 22-23 | 23-24 | 豪華客輪連續殺人事件 | |
| 27-28 | 28-29 | 小五郎同學會殺人事件 | |
| 32 | 33 | 咖啡廳殺人事件 | 妃英理初登場 |
| 34-35 | 35-36 | 山莊繃帶怪人殺人事件 | 據說這集是很多人的童年陰影 |
| 42 | 43 | 卡拉OK廳殺人事件 | |
| 43 | 44 | 江戶川柯南誘拐事件 | 新一的 |
| 48-49 | 49-50 | 外交官殺人事件 | 新一的 |
| 50 | 51 | 圖書館殺人事件 | 又一個童年陰影。柯南意圖大量飲用白干變回新一，失敗。 |
| 52 | 53-54 | 霧天狗傳說殺人事件 | 這集片頭柯南毫無徵兆地得知了琴酒和伏特加的代號 |
| 54 | 56 | 電玩公司殺人事件 | 組織成員龍舌蘭登場。倒回去看看，你會發現毛利小五郎提到了波本，以及千年大坑——中島秀明想賣給組織的名單。 |
| 57-58 | 59-60 | 福爾摩斯迷殺人事件 | 柯南的真實身份被服部平次知曉 |
| 68-70 | 70-72 | 暗夜男爵殺人事件 | 活動的組織者提出要給參加活動的優勝者一種令所有人都束手無策的電腦病毒「暗夜男爵」作為獎勵，柯南感到有一雙有殺氣的眼睛（至今青山都沒有說明是誰）盯着自己。破案後才發現組織者不知道手中並沒有這種病毒（組織者甚至認為這個病毒是不存在的），只是希望以此為誘餌釣出被害人將其殺害罷了 |
| 76 | 78-79 | 柯南VS怪盜基德 | 怪盜基德登場 |
| 81-82 | 84-85 | 當紅藝人綁架事件 | 官方玩梗 |
| 96 | 99-102 | 走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件 | 小蘭第二次懷疑柯南的真實身份 |
| 112 | 118 | 帝丹小學7大不可思議事件 | 小林澄子初登場 |
| 118 | 124-125 | 浪花連續殺人事件 | 遠山和葉登場 |
篇章2：雪莉篇
| 原版集數 | 海外版集數 | 標題 | 備註 |
|---|---|---|---|
| 128 | 135 | 黑衣組織十億元搶劫事件 | TV版宮野明美登場 |
| 129 | 136-139 | 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件 | 灰原哀登場，注意看A藥服用者名單，記住裏面的名字，柯南、阿笠、灰原三人在案件結束後獲得包含APTX4869資料的軟盤，但該軟盤上的資料隨即被組織的病毒「暗夜男爵」徹底銷毀。由於國內代理片源問題，139集ED後的關於軟盤資料被銷毀的正片被刪減。 |
| 130 | 140 | 競技場一視同仁脅迫事件（上集） | 「工藤君，你大概還不知道吧，你早就已經深深介入我們組織半個世紀前開始的計劃中了」（灰原語） |
| 132-134 | 142-144 | 魔術愛好者殺人事件 | 聯動劇場版世紀末的魔術師 |
| 136-137 | 146-147 | 藍色古堡探索事件 | 柯南電視動畫收視率最高記錄保持者。據說這集也是很多人的童年陰影 |
| 144-145 | 154-155 | 上野出發的北斗星三號 | |
| 153 | 163 | 園子的危險夏日物語（前篇） | 京極真初登場 |
| 162 | 172-173 | 飛天密室 工藤新一最初的事件 | 傳說這個事件另有玄機 |
| 163-164 | 174-175 | 月亮、星星與太陽的秘密 | 動畫組改編失誤，但不影響觀感，傳說這個事件另有玄機 |
| 166-168 | 177-179 | 鳥取蜘蛛之家的古怪 |
篇章3：苦艾酒篇（滿月篇）
| 原版集數 | 海外版集數 | 標題 | 備註 |
|---|---|---|---|
| 170-171 | 181-182 | 黑暗中的死角 | 新出醫生登場 |
| 174 | 185-188 | 二十年的殺機 交響樂號連續殺人事件 | 伏筆「危命的復活」系列，表示小蘭已經開始第三次懷疑柯南的身份 |
| 176-178 | 190-192 | 與黑暗組織再次重逢 | 皮斯克登場，發現雪莉變小但來不及報告就被琴酒槍殺；苦艾酒登場，以克麗絲·溫亞德（Chris Vineyard）身份出現 |
| 188-193 | 203-208 | 生死一瞬間 （危命的復活系列） |
小蘭第三次懷疑柯南的身份，APTX4869解藥初次亮相；茱蒂老師首次出現在台詞中，但未提及姓名。柯南第二次恢復成新一。 |
| 219 | 235-238 | 被召集的名偵探！工藤新一VS怪盜基德 | CONFIDENTIAL |
| 220-221 | 239-240 | 滿口謊言的委託人 | 服部靜華出場 |
| 222-224 | 241-243 | 人魚失蹤記 | 人魚島名冊上出現了宮野志保，和疑似琴酒、伏特加的內定姓名黑澤陣、魚塚三郎 出現了「若狹灣」；傳說在暗示本篇章的發展和組織的真實目的 |
| 226-227 | 245-246 | 戰鬥遊戲的陷阱 | 茱蒂·聖提米利翁登場「我已經掌握到了其中一個目標了…改變了容貌，光明正大地去學校…」（茱蒂語） |
| 230-231 | 249-250 | 神秘乘客 | 灰原的組織雷達正式上線，赤井秀一登場（這集的劫匪搶了一車的怪物）；貝爾摩得三選一正式開始 |
| 238-239 | 257-258 | 大阪3K事件 | |
| 242 | 261 | 元太的災難 | 提到琴酒是左撇子 |
| 246-247 | 265-266 | 陷入網中的謎團 | |
| 253-254 | 272-273 | 本廳刑事戀愛物語4 | 如果第一遍沒看懂，請在看完TV 345後回來再看一遍 |
| 258-259 | 277-278 | 來自芝加哥的男人 | 詹姆斯·布萊克登場「我會讓我的戀人因甩了我而後悔的…用血和淚作為代價…」（赤井秀一語） |
| 266-268 | 288-290 | 情人節的真相 | |
| 269-270 | 291-292 | 犯罪的紀念品 | 警視廳內毛利小五郎參與破案的卷宗被盜，之後又被原封不動地送回 |
| 271-272 | 293-294 | 情急之下的應變之道 | 貝爾摩得的房間內有柯南和小蘭的照片，分別寫着「cool guy」和「angel」 |
| 274-275 | 296-297 | 幽靈鬼屋的真相 | 動畫組改編失誤，原作時間線應為緊跟「紐約篇」之後 |
| 277-278 | 299-300 | 英文老師VS關西名偵探 | 柯南認為除了茱蒂老師外還有兩個人也很可疑 |
| 279-280 | 301-302 | 瘋狂足球迷 | 比護隆佑登場；提到克麗絲·溫亞德出席了莎朗·溫亞德的葬禮「A secret makes a woman woman.」（克麗絲·溫亞德語） |
| 284-285 | 306-307 | 中華街的雨中幻影 | 緊接「工藤新一的紐約事件」 |
| 286-288 | 308-310 | 工藤新一的紐約事件（詳） | 在身份揭曉篇前的最關鍵篇章。據說最早可以在這集推出三選一的正確答案 |
| 289-290 | 311-312 | 光彥森林迷失記 | 沼淵己一郎再度登場，首次提到他是個組織基層成員 |
| 301-302 | 323-324 | 惡意與聖者的遊行 | |
| 304 | 326-329 | 撼動警視廳 1200萬人質 | 提到松田陣平 |
| 307-308 | 332-333 | 殘留下來的無聲證言 | 板倉卓登場 |
| 309-311 | 334-336 | 接觸黑色組織 | 千年大坑——板倉卓的軟件 |
| 312-313 | 337-338 | 沾染夕陽的女兒節娃娃 | 提到了灰原的父親宮野厚司 |
| 329-330 | 354-355 | 用錢買不到的友情 | 提到了灰原的母親宮野艾蓮娜 |
| 333-334 | 358-359 | 相似的兩位公主 | 暴風雨來臨之前的最後平靜 |
| 335-336 | 360-361 | 東都現像所的秘密 | |
| 338-339 | 363-364 | 四輛保時捷 | |
| 340-341 | 365-366 | 隱藏在廁所中的秘密 | 千年大坑——艾蓮娜的錄音帶 |
| 343-344 | 369-370 | 便利商店的陷阱 | |
| 345 | 371-375 | 與黑衣組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件【揭曉篇】（詳） | 直到下一篇章前的內容均為餘波 |
| 346-347 | 376-377 | 尋找臀部上的印記 | |
| 350-351 | 380-381 | 被遺忘的流動電話 | |
| 361-362 | 392-393 | 帝丹高中校園靈異事件 | |
| 371-372 | 402-403 | 無言的航線 | |
| 374-375 | 405-406 | 星星與香煙的暗號 | |
| 385-387 | 419-421 | 斯托拉蒂巴利歐斯不協調的和音 | Boss郵箱地址的最終揭曉；漫畫最後有一段重要詳解未被漫改，詳見Vol.46 File.6（總File.474） |
| 394 | 428 | 詭異宅院大冒險（封印篇） | 「…弄清那個郵箱地址，說不定會找出一個令人難以置信的人物…這個郵箱是絕對不可以打開的潘多拉魔盒…」（灰原語） |
| 398-402 | 432-436 | 詭譎家族的委託·滿腹疑惑的小蘭·珠寶強盜現行犯 | 小蘭第四次懷疑柯南的真實身份 |
| 421-422 | 455-456 | 銀杏色的初戀 | 芙莎繪·坎貝爾·木之下登場 |
篇章4：基爾篇（紅黑篇）
| 原版集數 | 海外版集數 | 標題 | 備註 |
|---|---|---|---|
| 425 | 459-463 | 黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間 | 水無怜奈（基爾）、香堤、柯倫登場 |
| 427-428 | 465-466 | 超機密的上學路 | 柯南錯過關鍵主線信息 |
| 429-430 | 467-468 | 無法回頭的兩人 | 本堂瑛祐登場 |
| 435-436 | 473-474 | 偵探團特別專訪 | 啊咧咧名場面 |
| 446-447 | 484-485 | 被封死的窗戶 | |
| 462-465 | 502-505 | 黑暗組織之影 | 本堂瑛祐開始向毛利小五郎打聽水無怜奈的事 |
| 466 | 506 | 打不破的雪人（上集） | |
| 472-473 | 512-513 | 工藤新一少年冒險 | 「你只不過是看了小說開頭的概要而已……就不打算讀完整本書了嗎？」（黑羽盜一語） |
| 479 | 519-522 | 與服部平次共度的三天 | |
| 484-485 | 527-528 | 黑色照片的下落 | |
| 491-504 | 538-551 | 紅與黑的撞擊【揭曉+決戰篇】 （詳） | 「請相信我，也請相信她…」（赤井秀一語） |
| 507-508 | 554-555 | 卡拉OK包廂的死角 | 「紅與黑的碰撞」系列的餘波，「紅黑篇」的尾聲 |
篇章5：波本篇
| 原版集數 | 海外版集數 | 標題 | 備註 |
|---|---|---|---|
| 509 | 556 | 紅白黃色和偵探團 | 柯南得到波本出動的情報 |
| 510-511 | 557-558 | 柯南VS雙重暗號之謎·推理對決！新一VS沖矢昴 | 沖矢昴登場 |
| 516-517 | 564-566 | 風林火山 | 大和敢助、上原由衣登場 |
| 521-523 | 570-574 | 殺人犯 工藤新一·新一的真實身份與小蘭的眼淚·真正想知道的事 | 傳說在暗示本篇章的發展柯南第四次恢復成新一（第三次在劇場版迷宮的十字路） |
| 524-525 | 575-576 | 憎恨的藍色火花 | |
| 542-543 | 593-594 | 魚兒消失的一角岩 | |
| 557 | 608 | 危險的二人組 | |
| 558-561 | 609-612 | 死亡之館 赤壁 | 諸伏高明登場諸伏高明說出了那句「高情商」發言：「之所以沒有說出這些推理，是因為覺得這麼簡單沒必要說嗎」。 |
| 563-564 | 614-615 | 偵探團VS搶匪團 | 傷疤赤井登場 |
| 568-569 | 619-620 | 白鳥警官 櫻花的回憶 | |
| 571 | 622 | 妖怪倉庫的尋寶（上集） | |
| 578-581 | 629-632 | 引發危機的紅色前兆·黑色13的暗示·步步逼近的黑色期限·搖曳的紅色目標 | |
| 583-585 | 634-636 | 小林老師的戀情·白鳥警官的失戀·跨越時空的櫻花之戀 | |
| 586-587 | 637-638 | 消失在黑暗中的麒麟角·基德VS四神偵探團 | |
| 616-621 | 667-672 | 福爾摩斯默示錄（詳） | 據說這集有隱藏主線柯南第六次恢復成新一（第五次為OVA9「十年後的陌生人」。本次與OVA11「來自倫敦的絕密指令」為同一次） |
| 622-623 | 673-674 | 緊急事態252 | |
| 624 | 675 | 初戀的錄影信 | |
| 627-628 | 678-679 | 柯南基德的龍馬寶物攻防戰 | |
| 646-647 | 697-698 | 幽靈飯店的推理對決 | 世良真純登場 |
| 648-650 | 699-701 | 偵探事務所挾持事件 | |
| 651 | 702-703 | 柯南VS平次 東西偵探推理對決 | |
| 652-655 | 704-707 | 毒和幻的設計 | |
| 656-657 | 708-709 | 博士的影音網站 | |
| 659-660 | 711-712 | 初戀情人的共同調查 | |
| 661-662 | 713-714 | 小五郎先生是一個好人 | |
| 667-668 | 719-720 | 婚禮前夕 | 安室透登場 |
| 671-674 | 723-726 | 偵探們的夜想曲 | |
| 675-676 | 727-728 | 一丁點都不原諒 | |
| 681-683 | 733-735 | 以性命為賭注的戀愛轉播 | |
| 684-685 | 736-737 | 泡沫 熱氣與煙 | |
| 690-691 | 742-743 | 工藤優作的未解決事件 | |
| 699-700 | 751-752 | 迫近灰原秘密的黑影 | |
| 701-704 | 753-756 | 漆黑的特快列車【第一階段揭曉篇】 （詳） | |
| 705-706 | 757-758 | 密室中的柯南·推理的波本 | |
| 722-723 | 774-775 | 又甜又冰的宅急便 | |
| 724-725 | 776-777 | 怪盜基德與赤面人魚 | |
| 727-728 | 779-780 | 裝滿水果的寶箱 | |
| 731-732 | 783-784 | 現場的鄰居是前男友 | 羽田秀吉登場 |
| 734 | 786-787 | 茱蒂的追憶與賞花的陷阱 | |
| 739 | 792 | 小五郎在酒吧里（下集） | |
| 740-741 | 793-794 | 小蘭也倒在浴室里了 | 世良提到了自己有個二哥 |
| 744-745 | 797-798 | 嫌疑犯是京極真嗎 | |
| 746-747 | 799-800 | 怪盜基德VS京極真 | |
| 751 | 804 | 招財三毛貓事件（前篇） | |
| 754-756 | 807-809 | 赤女的慘劇 | 「領域外的妹妹」登場 |
| 759-760 | 812-813 | 結局驚人的戀愛小說 | |
| 763-764 | 816-817 | 柯南與平次 戀愛的暗號 | |
| 770-771 | 823-824 | 氣氛僵硬的茶會 | |
| 772-773 | 825-826 | 工藤新一水族館事件 | 萬惡之源：那一天，新一弄掉了小蘭的手機…… |
| 779-783 | 832-836 | 「緋色」系列【第二階段揭曉篇】 | 千年大坑——貝姐與Boss的關係 |
篇章6：藍姆篇
| 原版集數 | 海外版集數 | 標題 | 備註 |
|---|---|---|---|
| 783 | 836 | 緋色的真相 | 柯南得到藍姆出動的情報 |
| 785-786 | 838-839 | 太閤之戀名人戰 | 本事件中的解謎暗號、思路等被懷疑是在影射主線劇情 |
| 787-788 | 840-841 | 盛夏里沉入泳池的謎 | |
| 792-793 | 845-846 | 三名第一發現人（詳） | 柯南得到關於藍姆的重要情報 |
| 808-809 | 863-864 | 鐮鼬旅館 | 柯南不願將服部平次牽扯進對藍姆的調查，並懷疑大和敢助是藍姆 |
| 810-812 | 865-867 | 縣警的黑暗（詳） | 黑田兵衛登場 |
| 813 | 868 | 悄悄靠近安室的黑影 | 名場面：那個人為什麼在早餐時點火腿三明治？ |
| 814-815 | 869-870 | 博客女明星的密室事件 | |
| 822-823 | 877-878 | 嫌犯是熱戀情侶 | 灰原哀認為黑田兵衛不是藍姆 |
| 827-828 | 882-883 | 好吃得要死的拉麵2 | |
| 836-837 | 891-892 | 關係惡劣的女子樂隊 | 提到諸伏景光 |
| 843-844 | 898-899 | 偵探團的各執一詞 | |
| 847-848 | 902-903 | 千葉的UFO疑難事件 | 家庭倫理大戲的萬惡之源 |
| 849-850 | 904-905 | 結婚申請表的密碼 | 提到羽田浩司 |
| 853-854 | 908-909 | 櫻花班的回憶 | |
| 861-862 | 916-917 | 與17年前一樣的案發現場（詳） | 提到淺香、阿曼達·休斯，羽田浩司被害案開始浮出水面 |
| 863-864 | 918-919 | 靈魂偵探兇殺案（詳） | 「不明真相，必有暗鬼。」（「領域外的妹妹」&琴酒語） |
| 866-867 | 921-922 | 背叛的舞台（詳） | 以上三個劇集均為羽田浩司被害案相關，並且有可能涉及了兩名藍姆嫌疑人的登場，建議重點關注 |
| 872-874 | 927-929 | 柯南與平次的鵺傳說 | 小蘭和園子確認了背叛的舞台事件中榎本梓並非本人，平次第二次告白失敗，大岡紅葉登場 |
| 878-879 | 933-934 | 試衣間的死角 | |
| 881-882 | 936-937 | 漣漪上的魔法師（詳） | 「我叫工藤新一，是夏洛克·福爾摩斯的弟子！」（工藤新一語） |
| 885-886 | 940-941 | 解謎就在白羅咖啡廳 | 平次第三次告白失敗，伊織無我登場 |
| 889-890 | 944-945 | 新老師的骸骨事件（詳） | 若狹留美登場 |
| 894-895 | 949-950 | 隔壁的江戶式推理秀（詳） | 脇田兼則登場 |
| 896-897 | 951-952 | 手臂白皙的女人 | |
| 902 | 957 | 妃律師的求救信號（後篇） | 小蘭第N次懷疑柯南的真實身份 |
| 909-910 | 964-965 | 燃燒帳篷的怪物（詳） | |
| 916-917 | 971-972 | 戀愛與推理的劍道大賽 | 傳說對主線有提示作用 |
| 919-920 | 974-975 | 女高中生三人組的秘密咖啡館 | |
| 925-926 | 980-981 | 飽含心意的手機掛件 | 風見裕也登場 |
| 927-928 | 982-985 | 紅色的修學旅行（詳） | 柯南第七次恢復成新一 |
| 941-942 | 998-999 | 尋找瑪麗亞（詳） | 揭曉Boss身份，想不起Boss是誰的人建議回看TV 219 |
| 952-954 | 1009-1011 | 充滿謎團的雞尾酒（詳） | |
| 971-974 | 1028-1031 | 目標是警視廳交通部 | |
| 983-984 | 1040-1041 | 基德VS高明 被盯上的嘴唇 | 奇怪的cp增加了 |
| 993-995 | 1050-1052 | 替身京極真 | 偷偷告訴你，倫敦篇是主線 |
| 997 | 1054 | 微笑之鄉的陰謀 | 癲 瘋 之 作 |
| 1000-1001 | 1057-1058 | 鋼琴奏鳴曲《月光》殺人事件 | 經典重製，原版指路TV11 |
| 1002 | 1059 | 米花商業街的垃圾之謎 | M24緋色的子彈前傳 |
| 1003-1005 | 1060-1062 | 36宮格的完美犯罪 | |
| 1011-1012 | 1068-1069 | 挖野菜與四葉草 | |
| 1018-1020 | 1075-1077 | 藏不住的古董盤 | 揭曉「領域外的妹妹」深層身份，赤井一家都是怪物 |
| 1024-1025 | 1081-1082 | 大岡紅葉的挑戰書 | 提到羽田家的狀況 |
| 1029 | 1086 | 警察學校篇 Wild Police Story CASE.松田陣平 | 揭露了松田和降谷到警校學習的原因；鬼塚提及毛利小五郎在警校時是射擊冠軍，20發子彈全部命中靶心 |
| 1033-1035 | 1090-1092 | 太閤名人的將棋盤 | |
| 1038 | 1095 | 警察學校篇 Wild Police Story CASE.伊達航 | 伊達航的父親與萩原千速初登場；伊達航交代了總是叼着牙籤的原因，並重新認清了父親的強大；首次出現伊達航的女友娜塔莉·來間的台詞；諸伏景光父母遇害案新線索：兇手是某家摩托車店的常客 |
| 1042 | 1099 | 警察學校篇 Wild Police Story CASE.萩原研二 | 萩原和松田加入爆炸物處理班過程；鬼塚教官首次透露與佐藤正義有好友關係；佐藤美和子中學時代的形象首次出現 |
| 1045-1046 | 1102-1103 | 天罰降臨的生日派對 | 揭曉瑪麗變小的真相（奇怪的cp又增加了） |
| 1053-1054 | 1110-1111 | 墜落於牧場的火種 | 風見裕也險些在小林面前暴露安室透的真實身份。若狹留美不慎遺失身上的將棋，被安室透撿到。元太向若狹留美透露安室透撿到將棋一事。安室透認為誰拿着這個將棋，誰就是羽田浩司案的兇手。柯南讓小哀小心若狹留美。若狹留美襲擊安室透並奪回將棋。小哀注意到若狹留美褲子口袋中的將棋。 |
| 1060 | 1117 | 沖野洋子與閣樓密室（後篇） | 脇田兼則稱讚柯南非常聰明，並主動向柯南提及將棋。安室透看着屏幕上若狹留美的照片，若有所思。 |
| 1061 | 1118 | 警察學校篇 Wild Police Story CASE.諸伏景光 | 小學郊遊時，常與諸伏景光一起玩的女孩有里突發急性闌尾炎，不治身亡。7歲時，父母被殺，諸伏景光患上失語症及輕度失憶。景光被東京親戚收養，高明被長野親戚收養。後遇降谷零，情況有所好轉。自稱進入警校的原因是為了從警察的角度判斷當年的情況並抓住犯人。26歲（三年前），諸伏景光臥底身份暴露，在向降谷零致歉後意圖自殺，但赤井秀一表明自己的臥底身份試圖制止其自殺，最終失敗，諸伏景光成功自殺並打穿了存有親友信息的手機，降谷零認為是赤井秀一逼迫其自殺而怨恨赤井秀一。 |
| 1071-1072 | 1128-1129 | 工藤優作的推理秀 | 苦艾酒假扮基德假扮優作幫助柯南完成推理秀，意在探查優作回國原因；優作反計成功騙過苦艾酒。萬物皆可貝爾摩得.jpg黑羽快斗，你也有今天.jpg |
| 1076.5(註)未算入總集數 | 1134 | 警察學校篇 Wild Police Story CASE.降谷零 | 警察學校篇的總集篇。降谷等五人終於從警察學校畢業了，畢業典禮後，攜帶着諸多回憶的五個人走向了各自的明天。七年後，在波洛咖啡店打工的安室透依次回憶起警校時代的四人，他背負着好友們的意志獨自前行：從景光那裏學會了料理，從班長那裏學會了正義，從萩原那裏學會了飆車，從松田那裏學會了拆彈。故事的最後就只剩他一個人了。 |
| 1077-1079 | 1135-1137 | 黑衣組織的謀略 | 揭曉藍姆真實身份為脇田兼則。FBI連續失誤，損失慘重，主角團各種馬後炮- - |
| 1085-1086 | 1143-1144 | 不祥的緣分 | 平次告訴柯南有關變位詞的線索。動畫組ooc+1 |
| 1093-1094 | 1151-1152 | 宮野明美的時間膠囊 | 脇田兼則登場並觸發灰原雷達反應。 |
| 1098-1099 | 1156-1157 | 風之女神·萩原千速 | M25預熱之萩原研二 |
| 1105-1106 | 1163-1164 | 基德對決安室 王妃的劉海 | 基德是不是要和每個主角團的人都對決一次 |
| 1109-1110 | 1167-1168 | 高木與伊達與手賬中的約定 | M25預熱之伊達航 |
| 1115-1116 | 1173-1174 | 千速與重悟的相親派對 | M25預熱之松田陣平 |
| 1123-1124 | 1181-1182 | 群馬與長野 縣界上的遺體 | M25預熱之諸伏景光，長野三人組和山村操登場 |
- 尚未改編成動畫
| 總話數 | 標題（暫擬） | 說明 |
|---|---|---|
| 1088-1090 | 舞台劇拍攝殺人事件 | 結尾登場神秘呼吸罩老人，揭曉伊織無我身份為公安，曾用化名「榊原」 |
| 1091-1093 | 家庭餐館毒殺事件 | Danny's餐廳二進宮 |
| 1094-1096 | 酒店爆炸預告事件 | 朱蒂、真純、瑪麗、黑田兵衛齊聚酒店；篇末呼吸罩老人第二次登場，因其言論有網友猜測為羽田康晴。真純和瑪麗住的酒店必出事系列以理服人赤井瑪麗，偷窺狂魔黑田兵衛 |
| 1097-1099 | 海之家殺人事件 | 若狹留美、沖矢昴聯合帶娃；珊瑚頭主場。本篇基本石錘若狹留美為淺香，且透露淺香曾在17年前的事件中被赤井務武護在身後；若狹留美從沖矢昴身上看到了赤井務武當時的影子，同時也展現出部分實力以保護柯南等人。直男語錄：步美還是小孩子，穿着空空蕩蕩的 |
| 1100-1102 | 怪盜基德與海妖的水花 | 篇末出現不明新角色，為長鬍子老者形象。日本公安教你如何識別阿梓和基德：阿梓小姐，我喜歡你.jpg |
| 1103-1105 | 國際象棋大賽殺人事件 | 藍姆三名嫌疑人全部出場。柯南在若狹和黑田面前公然提及新一，疑似認為二者並非藍姆。柯南黑田聯手，準備着手重新調查17年前的事件。脇田兼則準備對若狹動手。 |
| 1106-1109 | 十七年前的回憶 | 黑田向柯南講述十七年前羽田浩司案的細節，真相逐步解密。藍姆帶人狙擊若狹未果反被制。 |
| 1110-1112 | 帝丹小學校園怪談 | 片尾藍姆盯着學校里的若狹，因怕誤傷師生而沒有動手。比起冷血的琴酒，藍姆他真的，我哭死 |
| 1113-1115 | 管家和偵探們 | 伊織的前公安身份實錘，大岡紅葉的身份為前首相的孫女，安室透與某大人物接觸（疑似前首相）。 |
| 1116-1118 | 服部平次又一次大失敗 | 深山，寺廟，服部特意支開紅葉，準備在美景下向和葉表白，結果…… |
| 1119-1122 | 怪盜基德VS白馬探 | 基德是不是要和每個名偵探都對決一次 老賊你終於想起白馬探了…… |
| 1123-1125 | 詩織拯救行動 | 萩原千速主場。片尾柯南發現了安室透在光彥身上安裝的竊聽設備。 |
時間線
- 故事中很多發生在同一年內的事件暫時無法確定先後順序的，暫時按漫畫發行順序排序。非主線劇情用斜體表示，目前似乎與主線無直接關聯但存在爭議的並且將來可能會和主線產生關聯的劇情用藍色斜體表示
- 故事中出現的年份、季節與月份大都會與漫畫連載時的時間相近，改編動畫時有時也會修改為與動畫播出的時間相近，季節與月份都有多次循環，因此不能單靠年份、季節與月份判斷先後順序。雖然不能用於判斷時間先後，但故事中諸如情人節、白色情人節等節日和包括甲子園、溫網、學校文化祭等活動基本只出現過一次[注 1]
- 從File.1050的信息來看，從工藤新一服藥變小到在倫敦大本鐘下向小蘭告白，中間過了半年時間，據此推測自工藤新一服藥變小以來，故事中的時間大概流動了10~12個月
| 時間 | 漫畫 | 動畫集數 | 劇情 |
|---|---|---|---|
| 半個世紀前 | File.189 | 130 競技場無差別脅迫事件（上篇） | 組織的秘密計劃開始實施 |
| File.300 | 219 被召集的名偵探！工藤新一VS怪盜基德 | 傳聞大富豪烏丸蓮耶離奇死亡 | |
| 40年前 | File.302 | 千間降代的父親千間恭介和一些學者被烏丸蓮耶邀請來到黃昏之館尋找據說是烏丸母親留下的寶藏後失蹤，據說此時烏丸時日無多，為殺雞儆猴開始殺害學者們 | |
| 30年前 | File.595 | 495 紅與黑的碰撞 昏睡 | 伊森·本堂加入CIA |
| File.1025 | 宮野厚司和宮野艾蓮娜加入白鳩製藥的研究院 | ||
| File.423 | 340 廁所里隱藏的秘密（上篇） | 宮野厚司將自己的房子借給朋友出島勝平開設計事務所 | |
| 27年前 | File.595 | 495 紅與黑的碰撞 昏睡 | 伊森·本堂來到日本結婚並就此潛伏，後開始調查黑衣組織的事（開始時間不詳） |
| 25年前 | File.1025 | 白鳩製藥因被烏丸集團併購失敗而破產，宮野夫婦回老家開了一家宮野診所 | |
| 二十幾年前 | File.286 | 218 目暮警官塵封的秘密 | 目暮警官和自己未來的妻子目暮綠因作為引誘歹徒出動的誘餌一事而相識 |
| 20年前 | File.225 | 174 二十年的殺意 新佛尼號連續殺人事件 | 四億元搶案事件主謀影子設計師葉才三疑似被同夥槍殺身亡 |
| File.260 | 193 危命的復活 約會的地點 | 工藤優作在米花中央大樓的旋轉餐廳解決案件後向藤峰有希子求婚 | |
| File.302 | 219 被召集的名偵探！ 工藤新一VS怪盜基德 | 千間降代發現千間恭介信中留下的信息，此時烏丸蓮耶已死，烏丸家家道中落，黃昏之館已經變賣他人 | |
| File.350 | 286 工藤新一紐約事件（事件篇） | 莎朗•溫亞德與藤峰有希子拜魔術師黑羽盜一為師學習易容術，兩人結識並成為了朋友 | |
| File.379 | 308 遺留的無聲證言（後篇） | 板倉卓時為一名默默無聞的遊戲工程師，立誓將來要設計出能夠打敗名人的將棋軟件 | |
| File.413-416 | 333-334 相似的兩位公主 | 帝丹高中舉辦選美比賽，決戰雙方為藤峰有希子和妃英理，最終結果為平票 | |
| File.433 | 345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案 | 苦艾酒刺殺了調查組織的FBI搜查官，茱蒂·斯泰琳的父親，並放火焚毀了茱蒂家，僅茱蒂一人倖免於難，接受了FBI的證人保護計劃 朱蒂對苦艾酒的口頭禪「A secret makes a woman woman.」印象深刻 貝爾摩得在茱蒂父親的眼鏡上留下了自己的指紋，被FBI保存下來作為證物 | |
| File.667 | 532 初戀的傷痕 | 「口哨男」案，松本清長的左眼被砍傷 | |
| File.670 | 534 新的傷痕和吹口哨的男人 | ||
| 19年前 | File.889 | 771 氣氛僵硬的茶會（後篇） | 降谷零經常因打架受傷來到宮野診所治療，對宮野艾蓮娜心生眷戀之情 宮野厚司猶疑着是否加入烏丸集團完成某研究[注 2]，得知艾蓮娜懷孕後決定重新考慮 |
| File.1011 | 953 充滿謎團的雞尾酒（中篇） | ||
| File.423 | 341 廁所里隱藏的秘密（前篇） | 宮野夫婦加入了烏丸集團，開始從事藥物研究。之後曾在組織監視下和明美回到出島設計事務所住過一晚 | |
| 18年前 | 魔術快斗 怪盜淑女之卷 |
魔術快斗1412 9 怪盜淑女 登場 魔術快斗1412 10 怪盜淑女與龍馬的秘寶 |
黑羽盜一與黑羽千影在巴黎相遇 |
| File.179 | 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件 | 宮野志保出生 | |
| File.267 | 205 本廳刑事戀愛物語3（前篇） | 「愁思郎」一案，佐藤正義殉職 | |
| 17-18年前 | File.425 | 341 廁所里隱藏的秘密（後篇） | 宮野艾蓮娜為志保錄製了1歲到20歲的生日錄音帶 |
| 17年前 | File.948 | 861 與17年前相同的案發現場（前篇） | 在藍姆的主導下，羽田浩司與阿曼達·休斯在美國同一天同一酒店內被害，死因均不明，並且A藥服用者名單上有羽田浩司的名字；羽田浩司在鏡子上留下「P T O N」的暗號，並且隨身攜帶的將棋護身符丟失，其遺屬認為是落在了兇手手中 阿曼達的保鏢淺香（Asaka）失蹤，被列為最大嫌疑人，而淺香曾帶着手鏡現身，被懷疑是女性 |
| File.953 | 864 靈魂偵探被害事件（後篇） | ||
| File.1052 | |||
| File.972-974 | 881-882 漣漪上的魔法師 | 赤井務武受朋友羽田康晴委託赴美國調查羽田浩司一案，不久之後疑似被黑衣組織追殺，給赤井瑪麗發送「當我從來沒有存在過」的郵件不久後失蹤。遺體一直沒能被找到 懷着世良真純的赤井瑪麗、赤井秀一和赤井秀吉遵從赤井務武的囑託從英國前往日本生活，並隱藏自己的英國人身份 | |
| File.1037 | |||
| File.972-974 | 881-882 漣漪上的魔法師 | 赤井秀一留學美國，為了調查父親的失蹤而決心加入FBI | |
| File.872 | 754 赤女的慘劇（霧氣） | 赤井秀吉更名世良秀吉 | |
| 約17年前 | 宮野夫婦傳言死於一場實驗室火災中 | ||
| 宮野明美被迫帶着宮野志保加入組織 | |||
| 十幾年前[注 3] | File.1030 | 諸伏景光把自己的朋友降谷零介紹給哥哥諸伏高明 | |
| 13年前 | File.921-924 | 853-854 櫻花班的回憶 | 新一、小蘭在米花幼稚園相識 |
| File.1070 | 宮野明美在帝丹小學就讀六年級，在畢業儀式前埋下時間膠囊 | ||
| 10年前 | File.570-573 | 472-473 工藤新一的少年冒險 | 小學一年級的新一與小蘭在學校中冒險時與黑羽盜一相遇 |
| File.972~974 | 881~882 漣漪中的魔法師 | 赤井秀一回到日本度假，赤井一家在海邊新一、小蘭初次見面，赤井瑪麗最終同意赤井秀一加入FBI，新一給世良真純留下深刻印象 | |
| File.812~814 | 690~691 工藤優作的未解決事件 | 工藤優作解決「死」字血字案件 | |
| File.107 | 32 咖啡店殺人事件 | 毛利小五郎辭去警察職務，不久後和妻子英理分居 | |
| N/A | M 2 第14號獵物 | ||
| File.225 | 174 二十年的殺意 新佛尼號連續殺人事件 | ||
| File.872 | 754 赤女的慘劇（霧氣） | 世良秀吉高中畢業後過繼到羽田家，更名為羽田秀吉，之後往一名將棋棋手方向發展 | |
| File.972 | 881 漣漪上的魔法師（前篇） | ||
| File.847 | 731 現場的鄰居是前男友（前篇） | 羽田秀吉與宮本由美在電車上相識，不久之後兩人開始交往 | |
| 約10年前 | File.596 | 596 紅與黑的碰撞 侵入 | 本堂瑛祐患白血病後接受了手術 |
| File.587 | 588 紅與黑的碰撞 血緣 | 瑛海和瑛祐的母親過世，之後伊森·本堂帶瑛祐來到大阪 | |
| File.582-584 | 484-485 黑色照片的去向 | 伊森·本堂潛入黑衣組織 | |
| File.585 | 491 紅與黑的碰撞 開端 | 本堂瑛海給受傷的瑛祐輸血，不久後不告而別 | |
| 8年前 | 魔術快斗 1 | 魔術快斗 1 復活的怪盜 魔術快斗1412 1 復活的怪盜 |
黑羽盜一在魔術表演中失蹤，傳言已死 |
| 7年前 | 警察學校篇 | 降谷零、松田陣平、萩原研二、伊達航、諸伏景光五人在警察學校就讀 | |
| File.369 | 304 震動的警視廳 1200萬人質 | 萩原研二[注 4]在處理炸彈時殉職 | |
| 6年前 | File.614 | 516 風林火山 迷宮的鎧甲武士 | 巡警甲斐玄人被虎田達榮害死，大和敢助和上原由衣立誓要解開甲斐的死亡真相 |
| File.618 | 517 風林火山 陰與雷霆的對決 | ||
| 5年前 | File.599 | 497 紅與黑的碰撞 覺醒 | 赤井秀一化名「諸星大」與宮野明美交往，並通過其妹妹宮野志保進入黑衣組織，並很快嶄露頭角，獲得代號「黑麥威士忌/Rye」 |
| 4年前 | File.595 | 495 紅與黑的碰撞 遺言 | 本堂瑛海為了幫父親介紹新的CIA聯絡人而潛入組織 |
| 伊森·本堂為掩護瑛海而自殺，偽裝被瑛海殺死，事後瑛海得到賞識，獲得代號「基爾/Kir」 | |||
| File.956~957 | 866~867 背叛的舞台 | 臥底身份曝光的日本公安蘇格蘭威士忌（諸伏景光）準備自殺，赤井秀一上前阻止並表明自己FBI的身份以協助他脫逃 但蘇格蘭威士忌聽到同為日本公安的臥底波本（降谷零）上樓的腳步聲以為被其他組織成員發現開槍自殺 波本檢查現場後懷疑是赤井逼迫蘇格蘭威士忌自殺，因此開始痛恨赤井 | |
| 3年前 | File.369 | 304 震動的警視廳 1200萬人質 | 松田陣平在處理炸彈時殉職 |
| File.377 | 307 遺留的無聲證言（前篇） | 板倉卓的視力開始減退，於是退出了CG行業；不久之後因為視力減退以及為了全人類着想這兩個原因，停止了手頭上某個軟件的開發 | |
| File.380 | 309 與黑衣組織的接觸（交涉篇） | ||
| File.518-522 | 490 服部平次VS工藤新一 滑雪場的推理對決 | 服部平次與工藤新一在互不相識、沒有正式謀面的情況下進行了初次推理對決 | |
| File.1049 | 苦艾酒假扮為赤井務武在倫敦出現並讓SIS注意到自己，意圖把瑪麗吸引到英國並清除後以務武的身份臥底SIS | ||
| 得到SIS傳來的消息的赤井瑪麗和世良真純回到英國 | |||
| 2年前 | File.377 | 307 遺留的無聲證言（前篇） | 龍舌蘭找到板倉卓，想要收購他之前正在開發的那個軟件，但在得知後者因視力衰退而放棄開發後便離開了。之後，板倉卓開始受到組織成員的長期騷擾 |
| File.599 | 497 紅與黑的碰撞 覺醒 | 赤井秀一向宮野明美坦白自己的FBI身份，不料宮野明美早已發現 第二天，在FBI對琴酒的抓捕行動中，赤井秀一的臥底身份因安德雷·卡邁爾暴露，赤井被迫離開組織 | |
| File.607 | 503 紅與黑的碰撞 決死 | ||
| 1年前 | File.204~207 | 162 飛天密室 工藤新一最初的事件 | 在飛往美國洛杉磯的飛機上，新一首次獨立偵破案件 |
| File.350-355 | 286-288 工藤新一的紐約事件 | 新一與小蘭受有希子之邀前去紐約觀看音樂劇「Golden Apple」，結識了美國明星莎朗·溫亞德 | |
| 貝爾摩得殺死了真正的紐約殺人魔並將其偽裝成自殺，之後假扮成他去刺殺赤井秀一，不料反被他用槍擊中腹部，受了重傷，藏身在一處廢棄大樓中 | |||
| 小蘭邂逅赤井秀一（兩人都早已不記得對方是誰） | |||
| 假扮成紐約殺人魔的貝爾摩得遇見了小蘭與新一，打算開槍滅口卻因欄杆損壞險些從樓上跌下去，被新一與小蘭救起。貝爾摩得被兩人感化 | |||
| 美國警方對外通報了殺人魔自殺的信息，但發現了證明殺人魔並非自殺的疑點，開始追查但沒有查出結果 | |||
| File.380 | 309 與黑衣組織的接觸（交涉篇） | 板倉卓因不堪其擾選擇向組織妥協，之後與其聯絡的是貝爾摩得（變聲後與其通話），要求他繼續之前那個軟件的開發並在一年內完成。當板倉卓由於受不了對方的態度質問對方的身份和目的時，貝爾摩得用「We can be both of God and the devil. Since we're trying to raise the deadagainst the stream of time.」回應了他，隨後電話那頭傳來貓叫聲，貝爾摩得慌忙掛斷了電話[注 5] | |
| File.398 | 329 金錢買不到的友情（前篇） | ||
| File.433 | 345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案 | 貝爾摩得對外宣稱莎朗·溫亞德已去世，從此拋棄了這個身份。她以克莉絲·溫亞德的身份出席了莎朗的葬禮，這也是克莉絲首次曝光在媒體面前，並在葬禮上當着記者們的面說出了「A secret makes a woman woman」，引起了FBI的注意。工藤有希子也出席了莎朗的葬禮 | |
| File.344 | 279 瘋狂足球迷（前篇） | ||
| File.646 | 521 殺人犯，工藤新一 | 工藤新一來到東奧穗村，偵破日原村長滅門案 | |
| File.804 | 681 以性命為賭注的戀愛轉播（轉播開始） | 伊達航因車禍而死 | |
| 約1年前 | File.433 | 345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案 | 通過眼鏡上的指紋對比，FBI確認了克莉絲就是20年前殺害茱蒂一家人的兇手，但由於其年齡不符合條件，又比對了莎朗的指紋，最終發現母女倆竟是同一個人 |
| 魔術快斗 漆黑之星篇 |
219 被召集的名偵探！ 工藤新一VS怪盜基德 魔術快斗1412 6 漆黑之星 |
怪盜基德與工藤新一的初次對決，但此時兩人都不認識對方 | |
| 半年前 | File.617-618 | 517 風林火山 陰與雷霆的對決 | 大和敢助在追捕逃犯時進入了深山中遭遇雪崩，被送往醫院救治後依然左眼失明、左腿受傷 |
| 上原由衣以為大和殉職，為了解開甲斐之死的真相而辭去刑警工作嫁入虎田家，更名虎田由衣 | |||
| 約一個月前 | Episode"ONE" 變小的名偵探 | 宮野志保在實驗中發現有小白鼠在服用APTX4869後沒有死亡而是幼兒化存活 | |
| File.179 | 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件 | ||
| 一周前 | File.884 | 773 工藤新一水族館事件（下集） Episode"ONE" 變小的名偵探 |
工藤新一答應若毛利蘭在空手道都大會上取勝就和她到多羅碧加樂園玩 |
| 兩天前 | File.1 | 1 雲霄飛車殺人事件 2 董事長千金綁架事件 Episode"ONE" 變小的名偵探 |
工藤新一解決瀨羽別墅的殺人案 |
| 故事開始 | 工藤新一與毛利蘭來到多羅碧加樂園，新一因目睹黑衣組織交易現場被琴酒敲暈並被灌下APTX4869變小 | ||
| File.2 | 工藤新一在阿笠博士的勸說下為了不連累身邊的人，化名「江戶川柯南」住進以偵探為生的毛利小五郎家 | ||
| File.33 | 52 霧天狗傳說殺人事件[注 6] | 柯南藉由竊聽得知琴酒和伏特加的代號 | |
| File.92~96 | 48~49 外交官殺人事件 | 藉由服部平次給的白干，柯南第一次變回工藤新一 | |
| File.114~116 | 54 電玩公司殺人事件 | 柯南偶遇組織成員龍舌蘭，但龍舌蘭很快被意外炸死，最後只得知組織在網羅世界傑出的程序設計師 | |
| File.121 | 58 福爾摩斯迷殺人事件（後篇） | 服部平次得知了柯南的真實身份並得知了黑衣組織的事情 | |
| File.156-159 | 76 柯南VS怪盜基德 | 柯南與怪盜基德進行首次交手 | |
| 十億元搶案一周前 | File.425 | 341 廁所里隱藏的秘密（後篇） | 宮野明美將母親艾蓮娜生前留給志保的錄音帶藏在出島設計事務所的廁所內 |
| 十億元搶案一天前 | File.599 | 497 紅與黑的碰撞 覺醒 | 明美向秀一發送郵件 |
| File.13-16 | 13 奇怪的尋親殺人事件 128 黑衣組織10億元搶劫事件[注 7] |
明美為讓自己與妹妹脫離組織，化名「廣田雅美」完成十億元銀行搶劫案的任務 | |
| 由於一個同夥試圖私吞所有的贓款潛逃，明美委託小五郎等人協助找人，與柯南結識 | |||
| File.180 | 129 黑暗組織來的女子 大學教授殺人事件 | 志保對明美的事情略有所聞，感到非常不安，很擔心姐姐，明美則和志保提到了柯南 | |
| Episode"ONE" 變小的名偵探 | |||
| 故事開始 約一個月後 |
File.179 | 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件 | 雪莉協同一些組織成員第二次來到工藤宅中調查，發現原本還在的新一幼時的衣服消失而懷疑其變小，聯想到明美提過的江戶川柯南，懷疑新一與柯南為同一人。由於對新一這個實驗對象很感興趣，又怕他被組織滅口，便將APTX4869服用者名單中新一的情況由「不明」改為「死亡」 |
| Episode"ONE" 變小的名偵探 | |||
| 十億元搶案 約一周後 |
File.13-16 | 13 奇怪的尋親殺人事件 128 黑衣組織10億元搶劫事件 |
明美成功找到了那個同夥。之後兩名同夥相繼被殺害 |
| 明美意識到自己被組織欺騙，想反抗但還是被琴酒槍殺 | |||
| 柯南告訴明美自己的真實身份，並從奄奄一息的明美口中得知了組織的事情 | |||
| File.176~181 | 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件 | 雪莉得知宮野明美死訊後對抗組織，被監禁後服用APTX4869變小逃脫 變小的宮野志保在工藤家前被阿笠博士收留，化名「灰原哀」轉入帝丹小學，並向柯南表明身份 柯南從宮野明美的教授處成功獲得存有APTX4869資料的軟盤，但被電腦病毒「暗夜男爵」全部銷毀 | |
| File.234-237 | 170-171 黑暗中的死角 | 柯南結識新出智明，並得知新出將在下個月離家前去青森的醫院，而他的祖母對此似乎非常不滿 | |
| 新出的父親被繼母所設的機關所殺，而觸動機關的人則是對此一無所知的幫傭保本光。柯南建議繼母錄假口供以保護保本光，新出也聽到了這一切 | |||
| File.242 | 178 與黑衣組織的再會（解決篇） Episode"ONE" 變小的名偵探 |
苦艾酒（克莉絲·溫雅德）為協助皮斯克與調查某些事（工藤新一失蹤一事）回到日本 | |
| File.238-242 | 176-178 與黑衣組織的再會 | 柯南和灰原偶遇琴酒的保時捷356A。柯南在車上安裝了竊聽器和發信器，得知皮斯克在杯戶城市飯店的暗殺計劃 | |
| 琴酒發現車上灰原的茶色頭髮，隨後發現了竊聽器並予以銷毀，認為是雪莉安裝的，告訴皮斯克雪莉可能會去到現場。貝爾摩得也被琴酒請來以女明星克莉絲·溫亞德的身份去往現場協助皮斯克 | |||
| 灰原被皮斯克發現並認出，被其迷暈並鎖在了酒窖中。柯南讓警方把嫌疑人（包括皮斯克和貝爾摩爾）留下訊問，阻礙了皮斯克通知琴酒。但貝爾摩得利用自己的手帕洗清了皮斯克的嫌疑 | |||
| 灰原將酒窖中的組織電腦內的APTX4869資料存入MO中，之後在柯南指示下喝下白干，暫時恢復成年形態，爬出煙囪來到房頂卻遇見了因聯絡不上皮斯克和貝爾摩得而趕來的琴酒和伏特加，身中數槍 | |||
| 柯南協助灰原重新逃回酒窖，之後設計在皮斯克的槍下保護了灰原並點燃了酒窖。皮斯克因身份暴露，未來得及說出灰原身份就被琴酒滅口。灰原自稱MO被落在酒窖中燒毀了 | |||
| 貝爾摩得告訴琴酒和伏特加自己還要在日本留一段時間，調查一些事情 | |||
| File.433 | 345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案 | 貝爾摩得開始頻繁出入新出診所，FBI懷疑苦艾酒將會假扮新出 | |
| File.251 | 188 危命的復活 洞窟中的偵探團 | 灰原拒絕與小蘭接觸。她的電腦桌面上放着一塊MO，上面有疑似火燒的痕跡 | |
| File.254-260 | 189 危命的復活 負傷的名偵探 | 柯南受到槍擊而大量出血，小蘭主動提出給柯南輸自己的血[注 8]，柯南就此意識到小蘭即將看穿自己的真實身份 | |
| 190 危命的復活 第三種選擇 | 在灰原的提議下，柯南服用APTX4869解藥試驗品以暫時恢復成新一參加學園祭，灰原則假扮成柯南，讓新一和柯南同時出現以打消小蘭的疑慮 | ||
| 191 危命的復活 黑衣騎士 | |||
| 192 危命的復活 新一回來了 | （初次提到）FBI探員茱蒂·斯泰琳化名茱蒂·聖提米利翁，來到帝丹高中擔任英語教師 | ||
| 193 危命的復活 約定的場所 | 新一在米花中央大樓的旋轉餐廳約見小蘭，想向她表白，但用餐中途發生案件，新一在解決案件之後解藥藥效也到了，只能作罷 | ||
| [注 9] | File.433 | 345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案 | FBI製造假車禍讓貝爾摩得以為新出一家已死，實際將新出一家暗中送至美國保護起來 |
| 貝爾摩得開始假扮新出，中了FBI的圈套。之後茱蒂潛入貝爾摩得的房間中，發現了房間內被飛鏢釘住的宮野志保照片以及柯南和小蘭的照片，柯南的照片行寫有「cool guy」，小蘭的照片上寫有「angel」 | |||
| File.500 | 425 黑色衝擊！組織魔爪伸來的瞬間 | 女主播水無怜奈開始頻繁出入新出診所，引起了FBI對其的關注 | |
| File.267-269 | 205-206 本廳刑事戀愛物語3 | 「愁思郎」案的嫌疑人被逮捕歸案 | |
| File.270-272 | 226-227 格鬥遊戲的陷阱 | 柯南結識茱蒂，茱蒂格外關注貝爾摩得房間內照片上的這個男孩。茱蒂與柯南等人分別時望着柯南的背影輕聲用貝爾摩得的稱法稱呼他為「cool guy」 | |
| 茱蒂將貝爾摩得的目標代號定為「Rotten Apple」 | |||
| File.276-278 | 220-221 滿口謊言的委託人 | 柯南結識服部平次的母親服部靜華 | |
| File.281 | 242 人魚失蹤記（推理篇） | 柯南在人魚島名冊上發現了「宮野志保」的名字 | |
| File.287-289 | 230-231 神秘的乘客 | 灰原首次提到自己的「組織雷達」，並正式提到在杯戶城市飯店時，現場似乎還有一位組織成員，之後灰原出現強烈的「組織反應」，當時上車的乘客有朱蒂、新出醫生和赤井秀一 | |
| File.336-337 | 270 犯罪的遺物（後篇） | 同天，為混淆FBI視線、以及偽裝新出在法庭上作證，貝爾摩得偷走警視廳內小五郎參與調查的所有案子的案卷 | |
| File.313 | 247 陷入網中的謎團（後篇） | 灰原開始嘗試主動接觸小蘭 | |
| File.325-327 | 258-259 來自芝加哥的男人 | 少偵團邂逅了英裔美國人詹姆斯·布萊克。柯南因為秀一的出現而感到不安，並懷疑秀一和灰原有某種關聯。詹姆斯在秀一的車上，秀一跟他提到自己要向「戀人（指組織）」復仇 | |
| File.328-330 | 253-254 本廳刑事戀愛物語4 | 佐藤美和子警官在母親的要求下去相親，相親對象卻是白鳥任三郎警官，小蘭、園子、柯南和新出醫生也跟隨前去現場 | |
| 秀一出現在了佐藤相親的酒樓，似乎是得到了「一個茶發女高中生上了新出醫生的車」的情報，但發現自己認錯了人 | |||
| 新出配合柯南演戲，被柯南察覺到了不對勁 | |||
| File.336-337 | 270 犯罪的遺物（後篇） | 貝爾摩得將所有偷來的案卷完整地寄回了警視廳，沒有署名 | |
| FBI誤認為貝爾摩得的目標是毛利小五郎，赤井秀一開始監視毛利偵探事務所 | |||
| File.341-343 | 277-278 英語教師VS關西名偵探 | 柯南回想杯戶城市飯店那次的疑點，懷疑皮斯克作案時有其他組織成員相助，開始懷疑在那之後銷聲匿跡的克莉絲·溫亞德，並拜託阿笠博士到她的粉絲網站收集資料 | |
| 服部和柯南來到茱蒂家試探，發現她暗中偷拍後設計拿走了膠捲，服部還識破了茱蒂的口音為刻意偽裝。茱蒂將從貝爾摩得那兒複製到的照片和自己拍攝的照片藏在了浴室內的鏡子後面 | |||
| 柯南初次提到除茱蒂外可疑人物還有兩人（指新出智明和赤井秀一） | |||
| File.344-346 | 279-280 瘋狂足球迷 | 柯南從阿笠博士那兒得到了關於克莉絲及其母莎朗·溫亞德的少量情報 | |
| 灰原開始關注與自己有相似境遇的足球球星比護隆佑 | |||
| File.354 | 288 工藤新一的紐約事件（解決篇） | 小蘭想起了在紐約當天發生的事，也想起了赤井秀一旁邊的人的衣服上印着FBI，認為秀一是FBI搜查官 | |
| File.355 | 274 幽靈鬼屋的真相（上篇） | 新出醫生表示自己的家人都已經搬去了青森 | |
| File.358-360 | 289-290 光彥森林迷失記 | 少偵團邂逅了沼淵己一郎，灰原提到沼淵曾為組織基層成員，因要被送去做人體實驗而從組織脫逃 | |
| File.377-379 | 307-308 遺留的無聲證言 | 柯南意外發現軟件工程師板倉卓曾與龍舌蘭接觸，便想辦法取得了板倉卓的日記 | |
| File.380-383 | 309-311 與黑衣組織的接觸 | 柯南和小蘭在街上遇見赤井秀一，小蘭告訴了柯南秀一是FBI搜查官。柯南想起了偽裝成自殺的紐約殺人魔，懷疑是秀一所為，沒有放棄對他的懷疑 | |
| 柯南閱讀板倉卓的日記，得知了板倉卓與組織接觸的全程，並得知板倉卓在兩個月前再次放棄了軟件開發，但不明白軟件的內容和用途 | |||
| 柯南與博士趕到板倉卓在群馬縣的別墅，偽裝板倉卓本人與伏特加進行交涉，更改了交易時間，並取得了未完成的軟件，但軟件被設了密碼，無法打開和複製 | |||
| 柯南在賢橋車站埋伏，想要得到組織的線索，不料琴酒出現，柯南躲在置物櫃中險些被發現。後由於櫃內氧濃度降低而昏睡過去，被灰原用備用的追蹤眼鏡找到 | |||
| 秀一注意到了人群中的灰原，十分震驚，灰原也察覺到了什麼 | |||
| File.384 | 312 夕陽染紅的女兒節娃娃（前篇） | 灰原向柯南提到了自己的父母，並提到了組織的目的之一是使人死而復生，但又表示這不是自己的研究目的 | |
| File.398 | 329 金錢買不到的友情（前篇） | 博士告訴柯南板倉卓日記的剩餘部分和貓叫後女人慌忙掛斷電話。柯南告訴了博士灰原父母的事情 | |
| File.410-412 | 421-422 銀杏色的初戀 | 阿笠博士與自己的初戀芙莎繪·坎貝爾·木之下重逢 | |
| File.417-419 | 335-336 東都顯影所的秘密 | 赤井秀一懷疑灰原就是宮野志保，並派人跟蹤灰原，但被柯南發現並設計甩掉跟蹤 | |
| File.420-422 | 338-339 四輛保時捷 | 博士求助新出醫生來到家中照顧重感冒的灰原，從而使貝爾摩得確認了雪莉的身份與下落 | |
| 茱蒂確認了灰原就是貝爾摩得的目標，跟隨新出來到博士家，假意照顧灰原，實際上藉機監視貝爾摩得。秀一開始監聽博士家 | |||
| File.423-425 | 340-341 廁所里隱藏的秘密 | 柯南與灰原在出島設計事務所的廁所里找到宮野明美藏起來的錄音帶 | |
| 苦艾酒與組織成員蘋果白蘭地通話，讓他來協助自己 | |||
| File.426-428 | 343-344 便利商店的陷阱 | 茱蒂辭去帝丹高中老師的職務 | |
| 小蘭發現了茱蒂家浴室鏡子後邊隱藏的照片，懷疑起茱蒂的身份 | |||
| 灰原在標號為「18」的錄音帶中得知父母當時在製作一種很可怕的藥，實驗室夥伴們稱之為一種很夢幻的藥物，而宮野夫婦則稱之為「Silver Bullet」（銀色子彈），對它寄寓了希望 | |||
| File.821 | 702 漆黑的特快列車（隧道） | ||
| File.429-434 | 345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案 | 貝爾摩得利用一場幽靈船活動，向工藤宅寄了一封邀請函，並在信中暗示自己已經知曉柯南的真實身份，以便調開柯南、刺殺灰原。小五郎等人也受到了同樣的邀請函。灰原竭力阻止柯南前去但被柯南用麻醉針射暈，並把她安頓在了上鎖的地下室中 | |
| 已經對貝爾摩得的身份有了初步猜測的柯南聯繫服部，並發現有希子悄悄回到了家中，便請兩人同阿笠博士一起協助自己，服部打扮成新一去幽靈船活動，有希子一同前去，自己則打扮成灰原，在身上裝上連接着心電儀的錄音機，留在阿笠博士家中伺機而動。柯南告訴了有希子克莉絲·溫亞德和莎朗·溫亞德為一人分飾兩角的推測 | |||
| 對茱蒂身份產生疑慮的小蘭單獨去找茱蒂，並藏身在了她的汽車後備箱中 | |||
| 伏特加接受了上級的命令去幽靈船上刺探線索，以探知貝爾摩得的目的，在得知新一還活着時大為驚詫 | |||
| 以新出的身份出現的貝爾摩得以送她去大醫院檢查為由主動聯絡「灰原」，不過茱蒂搶先一步來到了阿笠博士家帶走了「灰原」。「灰原」發現了新出的車緊隨其後，意識到了兩人分屬不同的陣營 | |||
| 貝爾摩得利用一名參與者借刀殺人解決了幽靈船活動的主辦者，雖然留下了「Vermouth」的名稱，但沒有留下指認的證據。服部利用新一的身份解開案件後卸下了偽裝，這讓伏特加困惑不已 | |||
| 「灰原」要求茱蒂用新出繼母的案件真相來揭穿假新出的偽裝，以便取得他的信任。茱蒂按照FBI的計劃把貝爾摩得引到碼頭埋伏區，揭穿了後者的身份，但在兩者對峙時茱蒂被事先埋伏的蘋果白蘭地擊傷，原來貝姐早就已經調開了埋伏在此的FBI。不得已之下，柯南改變了原先的計劃撕下了自己的偽裝，想要用手錶麻醉槍和貝爾摩得對峙 | |||
| 由於害怕連累柯南，灰原強行撬開了地下室的鎖，並通過事先藏好的備用追蹤眼鏡找到了碼頭。貝爾摩得趁柯南分神之際用柯南的手錶麻醉槍麻暈了他，之後想要殺死灰原，但聽到了槍響的小蘭從後備箱中跳出來保護灰原，貝爾摩得阻止同伴對小蘭開槍。兩人雖然未中槍但都因驚嚇陷入了昏迷，灰原把小蘭代入了自己的姐姐 | |||
| 貝爾摩得和蘋果白蘭地被隨後趕到的赤井秀一重傷。貝爾摩得劫持了柯南並借用茱蒂的車逃離，蘋果白蘭地自殺。秀一表示自己現在還不能和灰原見面 | |||
| 貝爾摩得給Boss發郵件時的按鍵音被柯南聽到。柯南以發送郵箱地址威脅貝爾摩得，貝爾摩得承諾放棄追殺灰原後釋放了催眠瓦斯，迷暈了柯南後用刀刺傷大腿以保持清醒，之後拆毀了錄音設備，棄車離開 | |||
| 阿笠博士找到了昏睡的柯南。貝爾摩得與琴酒通話向其求助，提到了赤井秀一被Boss稱為「銀色子彈」，當琴酒詢問她是否知道工藤新一時，她立刻做出了否定的回答，並默想着認為新一才是那顆「銀色子彈」 | |||
| File.445~449 | 383 甲子園的奇蹟！絕不能輸給看不見的惡魔 | 《四號三壘》角色長島茂雄、稻尾一久客串登場 | |
| File.474 | 387 斯特拉迪瓦里琴的不和諧音（尾奏曲） | 柯南詢問有絕對音感的羽賀響輔得知那位先生郵箱號碼按鍵音的旋律是《七個孩子》 | |
| File.475 | 394 奇異屋宇大冒險（封印篇） | 柯南推理出那位先生的郵箱號碼是#969#6261[注 10]，但被灰原稱為「絕對不能開啟的潘多拉寶盒」，阻止他進一步調查 | |
| 故事開始半年內[注 11] | File.483 | 400 滿腹疑惑的小蘭 | 小蘭第四次、也是最後一次懷疑柯南的真實身份 |
| File.499~504 | 425 黑色衝擊！組織魔爪伸來的瞬間 | 女主播水無怜奈委託小五郎調查事件，柯南通過黏在水無鞋底的竊聽器與發信器意外發現水無是組織成員基爾 柯南竊聽並推理出組織計劃暗殺眾議員候選人土門康輝，因下雨暗殺中止。柯南想拿回水無鞋底的竊聽器但失敗 組織進行下一步暗殺，FBI準備驅車夾擊苦艾酒卻發生車禍，才發現車上的是基爾。FBI把昏迷的基爾帶走 琴酒發現基爾鞋底的竊聽器與發信器，經那位先生同意決定狙殺毛利小五郎，還因為竊聽器款式類似懷疑他和雪莉的關係 赤井秀一狙擊了琴酒和他手中的竊聽器，迫使組織撤退，但琴酒仍然懷疑小五郎。FBI將基爾藏在杯戶中央醫院 | |
| File.550~555 | 462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者 463 黑衣組織的影子 奇妙的照明 464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬 465 黑衣組織的影子 珍珠流星 |
柯南察覺到本堂瑛佑的諸多疑點，發現他在試圖打探水無怜奈的消息 經瑛佑誘導，柯南來到導致並目擊水無發生車禍的船本透司的家，得知苦艾酒已經與他接觸並知曉水無被FBI帶到醫院 | |
| File.559 | 479 與服部平次共度的3天 | 柯南在水無怜奈的粉絲網站上發現一張以通天閣為背景、出現相貌酷似水無的女子的照片，請服部在大阪協助調查 | |
| File.562~566 | 偵探甲子園事件 | ||
| File.582~584 | 484~485 黑色照片的去向 | 服部發現了通天閣附近十年前本堂瑛佑曾出現過的什錦燒店 柯南等人由此從店長孫子處找到拍到本堂和他父親的照片，得知本堂的父親受僱於COMPANY | |
| File.585~590 | 491 紅與黑的碰撞 開端 492 紅與黑的碰撞 血緣 493 紅與黑的碰撞 絕叫 494 紅與黑的碰撞 冥土 |
本堂瑛佑在多家醫院打聽姐姐瑛海的下落，雖然她和水無容貌相同，但水無是AB型血，而瑛海曾給O型的瑛佑輸過血[注 12] 之後瑛佑在母親僱主家找到自己的出生手冊，確認自己出生的血型是O型 | |
| 十億元搶案數月後 | File.595~599 | 495 紅與黑的碰撞 昏睡 496 紅與黑的碰撞 侵入 497 紅與黑的碰撞 覺醒 |
瑛佑在水無藏身的杯戶中央醫院失蹤。朱蒂、赤井調查得知本堂的父親伊森·本堂來自CIA，水無曾殺掉了伊森 柯南等人得知組織成員已經潛入杯戶中央醫院和瑛佑兒時前往大阪前得過白血病。水無醒來後裝睡，但被柯南發現 柯南、赤井從近期入院的病人中通過是否撿手機判斷楠田陸道是黑衣組織成員。楠田敗露後逃脫，看到赤井後開槍自殺 組織因楠田停止聯絡得知基爾下落。柯南得知赤井過去後與他商討計劃。瑛佑來到水無病房準備逼她坦白，被其阻止 瑛佑得知水無就是瑛海和瑛海是CIA探員後被帶走，隨後瑛海和柯南、赤井制定了重返組織的計劃 |
| File.604 | 500 紅與黑的碰撞 遺言 | ||
| File.600~604 | 498 紅與黑的碰撞 攪亂 499 紅與黑的碰撞 偽裝 500 紅與黑的碰撞 遺言 |
FBI計劃用三輛車作為掩護運走水無，卡邁爾雖然不贊同但願意開車 組織在杯戶同時製造了食物中毒、毒氣、火災事件，使杯戶中央醫院人滿為患，大廳的FBI無法進行例行搜查 組織同時寄給FBI大量裝有炸彈的物品並在電視上播出水無復出的畫面，逼迫FBI趕回水無房間 組織通過炸彈上的發信器確定了水無的位置，FBI被迫立即轉移水無。運送水無的卡邁爾假裝被擊暈，按計劃將水無送回組織 | |
| 黑色星期五 | File.604-609 | 501 紅與黑的碰撞 嫌疑 502 紅與黑的碰撞 潔白 503 紅與黑的碰撞 決死 504 紅與黑的碰撞 殉職 |
赤井向FBI表示將水無怜奈送回組織是他和柯南一起擬定的戰略，琴酒懷疑如此輕鬆背後有內情 柯南提到FBI正在說服瑛祐答應「證人保護計劃」，不願向灰原透露有關赤井的信息 茱蒂因卡邁爾涉嫌案件被拖住，水無接到來自Boss「殺死赤井秀一」的任務，約赤井一人到來葉山見面 詹姆斯欲叫茱蒂回來討論對策，卻被赤井用左手阻止下來，並向發現手掌異常的詹姆斯透露完整的計劃 在琴酒的監視下，水無先開槍擊中赤井的右胸，又擊中其頭部，隨後引爆炸彈 茱蒂通過焦屍的指紋與柯南手機的指紋一致，確信赤井已死。黑衣組織通過苦艾酒也確認赤井已死 |
| File.898 | 783 緋色的真相 | ||
| File.613-618 | 516-517 風林火山 | 小五郎、柯南、小蘭、服部、和葉等人在長野縣結識了大和敢助和虎田由衣。兩人也看出了柯南的過人智慧 | |
| File.622~624 File.638~640 |
509 紅白黃色與偵探團 510 柯南VS雙重暗號之謎 511 推理對決！新一VS沖矢昴 |
水無傳回消息，組織成員波本已經出動。自稱東都大學工科研究生的沖矢昴首次登場，事件後借住工藤家 應新一要求，小蘭對沖矢保密與新一有關的事情，假稱屋主是金一 | |
| File.646 | 521 殺人犯，工藤新一 | 柯南誤服APTX4869解藥試驗品，第三次變回真身 | |
| File.652 | 523 真正想問的事 | 柯南為避免藥效過後被發現真實身份又服了一顆，第四次變回真身 | |
| File.824 | 704 漆黑的特快列車（終點） | 波本為確認赤井的生死，讓苦艾酒協助自己假扮為傷疤赤井，以觀察赤井周遭人的反應 | |
| File.677-679 | 563-564 偵探團vs強盜團 | 卡邁爾提到赤井喜歡喝波本酒。茱蒂在米花町帝都銀行搶劫案中遇上了傷疤赤井。傷疤赤井用右手開槍擊傷強盜救了柯南 | |
| File.680-681 | 557 與危險的二人同行 | 上原由衣已經復職刑警並改為原姓，與大和敢助一同前去毛利偵探事務所求助小五郎去長野協助他們破案 | |
| File.682-686 | 558-561 死亡之館 赤壁 | 柯南了解到了兩人實際上的求助對象是自己而非小五郎，並結識了諸伏高明警部。諸伏高明也看出了柯南的過人智慧並給予了他很高的讚譽 | |
| File.699-704 | 578 引發危機的紅色前兆 579 黑色13的暗示 580 步步逼近的黑色期限 581 搖曳的紅色目標 |
少年偵探團向柯南提及銀行劫案中的傷疤赤井，柯南大驚失色 | |
| 白色情人節 | File.725~727 | 608~609 背叛的白色情人節 | |
| 故事開始半年後[注 13] | File.743~752 | 616~621 福爾摩斯默示錄 | 柯南因有機會到倫敦又沒有護照，服用APTX4869解藥試驗品，第五次、第六次、第七次變回真身，期間向小蘭表白 柯南在溫網決賽自稱是「福爾摩斯的弟子」 |
| File.1047~1050 | 溫網決賽當天，赤井瑪麗在沃克斯豪爾橋上與假扮為務武的苦艾酒對峙，被餵下殺人的膠囊後掉下橋，隨後變小 變小的瑪麗和世良在錄播的溫網決賽上看到自稱「福爾摩斯的弟子」的男孩。瑪麗從MI6同事處得知新一入境英國，但半年前消失 為確認小男孩和10年前自稱「福爾摩斯的弟子」的新一是否為同一個人，兩人從倫敦返回日本 | ||
| File.1025 | |||
| File.768~770 | 646~647 幽靈旅館的推理對決 | 自稱偵探的世良真純首次登場，事件後轉入帝丹高中 | |
| File.793~795 | 677~678 婚禮前夕 | 自稱偵探的安室透首次登場，事件後拜毛利小五郎為師 | |
| File.816~817 | 700 迫近灰原秘密的黑影（下集） | 灰原與少年偵探團被困於燃燒的木屋內，為脫困被迫服用APTX4869解藥試驗品，第二次變回真身 光彥拍下了宮野志保的視頻，世良、安室、沖矢均看到這段視頻並得知她將登上神秘列車 | |
| File.818~824 | 701 漆黑的特快列車（發車） 702 漆黑的特快列車（隧道） 703 漆黑的特快列車（交叉） 704 漆黑的特快列車（終點） |
黑衣組織得知雪莉將登上神秘列車，琴酒和伏特加在終點等候，波本計劃活捉雪莉，苦艾酒計劃直接炸死 世良叫了苦艾酒假扮的傷疤赤井「秀哥」隨後被其擊昏，之後由沖矢帶回 苦艾酒與工藤有希子對峙，有希子提到了苦艾酒委託板倉卓製作軟件一事 柯南讓怪盜基德假扮為宮野志保的曝光波本身份的安室透對峙，隨後裝作被炸死，除苦艾酒以外的黑衣組織均以為雪莉已死 | |
| File.827 | 706 推理的波本 | 安室透發現柯南使用手錶型麻醉針。雖然苦艾酒勸他離開毛利小五郎，但安室拒絕並表示對「沉睡小五郎」產生興趣 | |
| File.850~852 | 734 茱蒂的追憶與賞花的陷阱 | 柯南告訴朱蒂有關傷疤赤井就是波本（安室透）的事，灰原懷疑赤井就是諸星大 波本藉助苦艾酒假扮為弁崎桐平與朱蒂接觸，自稱見過傷疤赤井，並趁機在朱蒂身上安裝竊聽器 雖然被柯南打斷，但波本仍竊聽到在杯戶中央醫院裏柯南、赤井調查組織成員的事，並稱柯南為「可怕的男人」 | |
| File.855 | 739 小五郎在酒吧（下集） | 柯南通過高木警官發現之前遇到的弁崎桐平及其妻子可能為波本和苦艾酒假扮 | |
| File.888~890 | 770~771 氣氛僵硬的茶會 | 安室透調查楠田陸道之死，提到自己幼年的外號「零」 安室透與苦艾酒設計讓卡邁爾透露出有關楠田陸道自殺的情報 安室透推理出赤井秀一利用楠田陸道詐死的方法，來到工藤家試圖揭穿沖矢的假身份（此時的沖矢昴為工藤優作假扮） 茱蒂和卡邁爾為調查赤井死亡的真相開車前往來葉山，通過兩人的口頭禪猜出沖矢是赤井假扮，隨後遭到日本公安的追堵 赤井在卡邁爾的車上現身，揭穿安室透的身份為日本公安降谷零，並勸告「不要搞錯了真正敵人」 表示對他的死很抱歉，並交楠田自殺的手槍交給公安。水無怜奈傳回消息，組織成員藍姆已經出動 | |
| File.891~898 | 779 緋色的序章 780 緋色的追尋 781 緋色的交叉 782 緋色的回歸 783 緋色的真相 | ||
| File.906~908 | 792~793 三人是第一發現者 | 灰原提到藍姆的特徵為有人說他是個老人、有人說他是個女性化的男人、有人說他的體格相當健壯，其中一隻眼睛為義眼 | |
| File.913~917 | 810~812 縣警的黑暗 | 長野縣警搜查一課課長黑田兵衛首次登場，失去了右眼，據說在一場事故後昏迷了近十年 長野縣警中存在一個名為啄木鳥會的組織，將贓物的手槍賣到黑市 | |
| File.920 | 815 博客女演員的密室事件（下集） | 黑田兵衛來到東京擔任警視廳搜查一課管理官 | |
| File.941 | 844 不明真相的偵探團（下集） | 柯南意外發現灰原有着與領域外的妹妹相似的眼神 | |
| File.947 | 849 結婚申請書的密碼（下集） | 灰原得知羽田秀吉的義兄是羽田浩司，告知柯南羽田浩司也在APTX4869服用名單上 | |
| File.948~950 | 861~862 與17年前一樣的案發現場 | 柯南調查羽田浩司案，灰原提到APTX4869原先可能是其父母所研發，後來參考殘留資料才得以重現 柯南知道羽田浩司案也是赤井加入FBI的動機。藉由犯人手法，柯南與赤井得知羽田浩司遺留的死亡訊息「ASACA RUM」 | |
| File.951~952 | 863~864 靈魂偵探殺害事件 | 柯南拍到躲起來的領域外的妹妹，並聽到世良叫她媽媽。得知淺香為女性。琴酒對沉睡小五郎的再度介入起疑心 | |
| File.966 | 889 新任教師的骸骨事件（上集） | 帝丹小學1年B班新副班主任若狹留美首次登場 | |
| File.975~977 | 894~895 隔壁的江戶前推理秀 | 惠比壽壽司店廚師脇田兼則首次登場，左眼被眼罩遮蓋，事件後拜毛利小五郎為師 | |
| File.988~989 | 909~910 燃燒帳篷的怪物 | 灰原與柯南都發現若狹留美的右眼可能看不見。雖然柯南有所懷疑，但灰原卻反駁說很喜歡若狹。若狹的褲子後兜里有將棋棋子 | |
| File.990~993 | 916~917 戀愛與推理的劍道大會 | 《城市風雲兒》角色沖田總司客串登場 | |
| File.1000~1008 | 927 紅色的修學旅行（鮮紅篇） 928 紅色的修學旅行（戀紅篇） 941 尋找瑪莉亞！（上集） 942 尋找瑪莉亞！（下集） |
柯南為參加帝丹高中前往京都的修學旅行，服用了APTX4869解藥試驗品，第八次、第九次變回真身，期間與小蘭正式交往 世良確信有能讓變小的母親恢復原狀的解藥。工藤新一在京都的消息大為流傳，後得到工藤夫婦的平息 但黑田、脇田、若狹均得知了此事，脇田、若狹還主動探聽了有關新一的事情。藍姆要求波本提供工藤新一的情報 若狹背上有傷，擁有APTX4869的服藥名單和一顆帶傷痕的角行。工藤優作與赤井秀一認為羽田浩司遺留暗號其實是「CARASUMA」 | |
| File.1009~1012 | 952~954 充滿謎團的雞尾酒 | 藍姆要求波本提供工藤新一的情報。安室透進入工藤家，與赤井秀一、工藤夫婦進行紅茶會 | |
| File.1016~1017 | 973 目標是警視廳交通部（三） 974 目標是警視廳交通部（四） |
羽田秀吉知道哥哥秀一未死且二人還有聯繫 黑田兵衛稱呼安室透為「波本」 | |
| File.1023~1025 | 993~995 替身京極真 | 世良向小蘭與園子詢問柯南和新一是否沒有同時出現過，得到否認後，之後確定了灰原舉止成熟 | |
| File.1029~1031 | 1003~1005 36宮格的完美犯罪 | 安室透露藍姆的性子非常急。諸伏高明認出安室是弟弟景光曾介紹過的朋友降谷零，但在接過黑田的電話後並未相認 | |
| File.1033 | 1011~1012 挖野菜與四葉草 | 若狹留美回想羽田浩司生前與死後的場景，柯南再次確認若狹的右眼有問題 | |
| File.1035~1038 | 1018~1020 藏不住的古董盤 | 世良監視阿笠博士家，屢次試探灰原希望拿到APTX4869的解藥，沖矢解圍並從世良的話語中確認兩人的母親還活着但可能變小 柯南認為領域外的妹妹可能是MI6成員 | |
| File.1046 | 1035 太閤名人的將棋盤 | 羽田秀吉與母親有聯繫，但不知道她變小，並向她隱瞞秀一還活着的消息 | |
| File.1050 | 1046 天罰降臨的生日派對 | 世良試圖偷柯南的APTX4869解藥，最終只偷到沒有解藥的藥盒 | |
| File.1051~1054 | 1053~1054 墜落於牧場的火種 | 若狹弄丟了棋子，被安室撿到。安室認為這是羽田浩司的棋子並回憶起警校講解案件時提到浩司的家人認為拿走棋子的人是兇手 柯南提醒灰原要注意若狹。若狹在黑暗的地下室里擊暈安室拿回了棋子 | |
| File.1057 | 1060 沖野洋子與閣樓密室（後篇） | 脇田兼則提到本該在那裏的將棋的棋子不見了令人在意。安室透暗地裏看若狹留美的照片 | |
| File.1058-1060 | 1071~1072 工藤優作的推理秀 | 苦艾酒假扮基德假扮優作幫助柯南完成推理秀，意在探查優作回國原因；優作反計成功騙過苦艾酒。 | |
| File.1061-1066 | 1077~1079 黑衣組織的謀略 | 大量FBI駐日本人員遭到黑衣組織槍擊死亡，隨後FBI總部召回絕大部分駐日人員。揭曉藍姆真實身份為脇田兼則。 | |
| File.1067-1069 | 平次告訴柯南有關變位詞的線索。 | ||
| File.1070-1072 | 尋找宮野明美的時間膠囊，脇田兼則登場並觸發灰原雷達反應。 | ||
| File.1088-1090 | 結尾疑似烏丸蓮耶的黑影出現，揭曉伊織無我身份為公安。 | ||
| File.1094-1096 | 朱蒂、真純、瑪麗、黑田兵衛齊聚酒店；篇末出現看向瑪麗等人、戴氧氣面罩的未知黑衣人，疑似組織人士（boss）。 | ||
| File.1097-1099 | 基本石錘若狹留美為淺香，且透露淺香曾在17年前的事件中被赤井務武護在身後；若狹留美從沖矢昴身上看到了赤井務武當時的影子。 | ||
| File.1100-1102 | 篇末出現不明新角色，為長鬍子老者形象。 | ||
| File.1103-1105 | 藍姆三名嫌疑人全部出場。柯南黑田聯手，準備着手重新調查17年前的事件。脇田兼則準備對若狹動手。 | ||
| 現在的時間點 | |||
| 三年後[注 14] | File.78~80 | 18 六月新娘殺人事件 | 松本小百合結婚 |
- 註：
- ↑ 但動畫原創集數裏可能會出現多次，如動畫第6集原創的情人節殺人事件
- ↑ 因為艾蓮娜的姐姐認為該集團不可靠
- ↑ 現年35歲的諸伏高明在東都大學上學時。
- ↑ 漫畫裏只出現了姓。
- ↑ 此處的貓叫聲常被認為與主線劇情密切相關，一般稱為「貓梗」或「貓叫梗」，曾與人魚島姓名冊、板倉卓等主線線索一起出現在OP50《ANWSER》中，關於此的猜測有苦艾酒打電話時有人進入房間、房間裏有嬰兒哭鬧聽起來像貓叫等。
- ↑ 由於動畫前期出於低齡受眾考慮，將黑衣組織改為其他無關組織，漫畫對應的第5集新幹線大爆破事件中竊聽代號內容被刪除，後在動畫第52集霧天狗傳說殺人事件片頭回顧時直接說明了代號。
- ↑ 由於動畫前期出於低齡受眾考慮，將黑衣組織改為其他無關組織，TV 13除結局外均改編自漫畫，而前半段劇情為原創的TV 128的結局則為主線劇情中的真實結局，但與漫畫相比有細節上的改動。
- ↑ 新一與小蘭血型相同
- ↑ 苦艾酒假扮新出智明的時間在神秘乘客巴士劫案之前，確切時間有爭議，具體來說危命的復活篇中的新出智明是真是假有爭議，主要爭議點在於新出智明是否從一開始就為帝丹高中的校醫（在確定為本人出場的初登場篇章中未提到；在新出最後一次登場時，提到兩年前一個學生從樓梯上跌下來後，第一個來到現場的就是新出，但表述為醫生，並未明確點明是否為校醫）。由於在漫畫中真假新出的眼鏡不同（動畫未體現），通常認為危命的復活中的新出為本人。
- ↑ 現實中的日本的電話號碼沒有「＃」。
- ↑ 這裏的時間點是動畫原創。
- ↑ 擁有O型血的人不能接受AB型血。
- ↑ 是File.1047時間點的幾個月前。
- ↑ 是File.80時間點的三年後。
劇情詳解
本節大部分內容改編自APTX事務所網友penghoo的總結貼（見參考資料），向原作者表示感謝。
第一階段：變小的名偵探！搜尋黑衣組織的歷程
- 時間線：001.雲霄飛車殺人事件 ~ 128.黑暗組織10億元搶劫事件
知名高中生偵探工藤新一在遊樂園被神秘黑衣組織成員灌下毒藥，縮小了身體。然而新一身殘志堅，發誓要將此邪惡組織徹底剷除。他化名江戶川柯南，寄宿在女友毛利蘭家，一邊解決日常案件，一邊秘密尋找着組織的蛛絲馬跡。
與組織對抗的初期，是柯南一個人艱難地搜尋線索，他的主要目的是APTX4869的解藥。果然先把自己變大才是最重要的
- 001.雲霄飛車殺人事件
新一和青梅竹馬的毛利蘭一起去多羅碧加遊樂場玩，在乘坐雲霄飛車時遭遇了殺人事件。
成功解決案件後，新一跟蹤兩個神秘的黑衣男子，並目擊了一名黑衣男子進行現金交易的現場，正當他全神貫注的時候，不料另一名黑衣男子突然從背後出現給了新一一悶棍，並灌下了組織新開發的毒藥，新一感覺自己的身體像水一般滑落，全身的骨頭仿佛都在重組……
- 002.董事長千金綁架事件
在被警察救醒後，新一發現自己的身體竟然退化到了幼年時期。新一在家門口遇到了阿笠博士，並使他相信自己就是變小了的新一。為了隱瞞新一還活着的事實和不連累身邊的人，新一聽從了博士的忠告，決定隱姓埋名。正巧這時小蘭來訪，在被問及名字時新一靈機一動，自己取名為江戶川柯南矇混了過去。為了獲得黑衣組織的情報，柯南借着小蘭父親是偵探之便，以寄養的身份住進了小蘭的家裏。誰知道毛利小五郎是個糊塗偵探，已經好久沒有生意上門了，還埋怨新一搶了他的風頭。正巧這時有人來報案說董事長的女兒被黑衣男子綁架，柯南立刻跟了過去，並暗中幫助小五郎解決了這件案子，卻發現和黑衣組織並沒有什麼關係。
從此柯南在毛利事務所潛伏了下來，一邊幫助毛利解決案件，一邊尋訪着黑衣組織的蛛絲馬跡。
- 005.新幹線大爆破事件
柯南在火車上遇到了第一集將自己變小的兩名黑衣男子，阻止了兩人引爆新幹線列車殺人滅口的計劃，並成功得知了兩人的代號：Gin和Vodka。（動畫魔改之為兩神似的路人，與主線無關，在後續中莫名其妙得到了兩人的代號）
- 013.奇怪的尋親殺人事件
組織成員宮野明美（化名廣田雅美）為了助妹妹宮野志保脫離組織，策劃了十億元搶劫事件，得手後卻不幸被Gin槍殺，但她只是組織的一名底層成員，臨終前她向柯南透露這是一個籠罩着重重迷霧的龐大組織，而組織的代表顏色是黑色。（這一集同樣被動畫魔改，結果動畫組被打了臉）
- 043.江戶川柯南誘拐事件
新一的父母從博士處得知其變小，他們聯手將柯南狠狠地戲弄了一番。絕對是親生的……
- 054.電玩公司殺人事件
在參加滿天堂遊戲公司的新作發佈會時，柯南意外聽見黑衣組織成員之一的Tequila給Vodka打電話。不過隨即案件發生，Tequila被誤炸身亡。案件結束後，柯南得知了Tequila本來的目的是想與電玩公司職員中島交易而獲得全世界最有才華的程序設計師的名單，所以柯南迅速趕往中島經常與之見面的酒吧，不料即將到達時那裏卻忽然發生了爆炸，線索也隨之灰飛煙滅。
- 118.浪花連續殺人事件
連續殺人犯沼淵已一郎登場，後來柯南得知他只是組織里的小角色，是組織培養殺手的失敗作品。
- 128.黑暗組織10億元搶劫事件
因為之前與漫畫對應的「013.奇怪的尋親殺人事件」被改編，因此動畫在這裏為自己當初的魔改收拾爛攤子，重新講述了灰原的姐姐宮野明美被琴酒所殺的情節，為之後灰原的出現作鋪墊。通過GIN與宮野明美的對話我們得知，與僅僅是組織小卒的姐姐不同，宮野志保是組織里「少數有頭腦的人之一」。
第二階段：兩個黑衣組織的女子！滿月之夜的推理對決
- 時間線：129.來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 ~ 361.帝丹高中的學校怪談（前篇）
身為科學家的組織成員宮野志保吃下APTX4869變小逃出，在投奔工藤新一的路上被阿笠博士收留，化名灰原哀。於是琴酒等人又開始四處搜尋叛徒，而FBI也因追蹤組織成員苦艾酒而來到了日本，從此本劇就正式成為了一部三方對決的大戲。在此期間，柯南逐漸得知了組織是有一項危害世界的龐大邪惡計劃的，因此他與組織的對決也就不再僅限於尋找能使自己恢復原狀的APTX4869的解藥，而是成為了一場一邊隱藏身份躲避組織追捕宮野志保的觸角，一邊窺測組織計劃加以阻止的危機四伏的旅途。（兩個黑衣組織的女子指灰原和苦艾酒）
- 129.來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件
組織研究員，代號為Sherry的宮野志保因姐姐宮野明美被組織所殺，以停止APTX4869研究的方式表示抗議，結果被組織囚禁在瓦斯室。絕望的她服下了藏着的APTX4869想要自殺，沒想到與新一一樣沒被毒死，反而身體縮小成兒童時期模樣，得以掙脫手銬從垃圾信道逃了出來。
因為她之前已經從對新一家的調查中發現新一也變小了，所以她將新一作為了唯一可以理解她處境的人，於是就去尋找工藤新一。最後疲憊的她倒在新一家門口，被隔壁的阿笠博士所救。她向博士將自己的身份和盤托出，也就得以寄住在了博士家裏，以一名轉校生的身份成為了柯南的同班同學和少年偵探團成員，並擁有了「灰原哀」這個新名字。
博士收留灰原後，柯南也因此得知了導致他變小的藥的名字和大概信息，不過灰原卻暗示此藥原本的用途不是毒藥。另一邊，琴酒他們還在加緊追查雪莉的下落，柯南與灰原也就從此捲入了對組織偵查與反偵察的大戲中。不過此時的灰原對組織有着極度的恐懼感，不願透露更多組織的情報。
- 130-131.競技場無差別脅迫事件
劇情本身與組織無關，但是灰原很莫名其妙地對柯南說過一句話，她說組織有一個始於半個世紀前的龐大計劃，而柯南已經陷入了這個計劃里了。但究竟是什麼卻不得而知。她肯定知道，但就是不說後來又表示，「人是不能違逆時光洪流的」，仿佛暗示着組織的研究與違逆時光規律有關。
- 170-171.黑暗中的死角
米花高中校醫新出智明的父親被其繼母殺害，破案後的劇情卻突然犀利了起來。原來這是真正的新出智明在345集三方對決前唯一的一次出場，為保護無辜的女傭，警方修改的了案件的紀錄，隱瞞了真實的作案手法，這一點只有真正的新出知道，而後來假扮新出的苦艾酒只通過偷來的警方筆錄知道了偽造的案情，所以這一點日後也被朱蒂用來指證苦艾酒假扮的新出智明。此乃青山歷時兩年打造的一個大伏筆
其實這時候的新出只是帝丹高中籃球隊的臨時教練，真新出本來是要去青森的醫院工作而不是當校醫，苦艾酒假扮成新出後為了調查新一才當上了米花高中的校醫。這一點從《361帝丹高中的學校怪談（前篇）》中的柯南的話可以得到佐證。
也在這一集裏，因為新出智明和小蘭的關係「親密」，柯南醋缸翻了
- 176-178.與黑暗組織的再會
柯南和灰原意外發現了GIN停在路邊的車子，於是柯南在車上裝上了發信器與竊聽器想獲得組織的情報，然而竊聽器還是被琴酒發現並毀掉，並以為是雪莉安裝的，使得灰原的安全受到極大威脅！
柯南與灰原潛入宴會不久，灰原不幸被組織元老皮斯可識破身份，囚禁在酒窖中。柯南一方面利用警察做筆錄的理由拖住嫌疑犯皮斯可，一方面讓酒窖中的灰原喝下白干成功恢復真身從壁爐逃出。然而琴酒正在屋頂守株待兔，危機時刻，柯南攜變聲器出現用麻醉針射中了琴酒，宮野志保也得以逃脫，並又恢復成了灰原。柯南引燃酒窖後，帶着灰原成功逃生。而留在酒窖的皮斯可被憤怒的琴酒滅口，因劇情需要死前甚至都沒來得及說出灰原=雪莉的秘密。
這一集信息量很大，首先灰原研究的藥不是單純的毒藥（「進展到了這個階段」，證明是一個龐大的藥品研製計劃，而非簡單的殺人毒藥），而且她是繼承了父母的研究。其次苦艾酒就是當時在場的美國超人氣女星克里斯·溫亞德，她將紫色手帕分給皮斯可想替他掩蓋罪行。苦艾酒在事件後在日本隱居下來，不過從她的話中卻看不出是接受了組織尋找灰原的任務，而是要「弄清楚一直擔心的事」。
- 188-193.危命的復活
這個事件中，柯南經歷了第二次變大。這時候，苦艾酒假扮的新出已經當上了帝丹高中和帝丹小學的校醫。吃了灰原研製的解藥後柯南短暫的變回了新一，並化妝成黑衣騎士與蘭見面，卻被化身為新出的苦艾酒發現，苦艾酒確認了新一沒有死，但是由於當時灰原假扮的柯南也在場，因此還沒猜到柯南就是新一。
- 222-224.招致死亡的人魚傳說
劇情本身與主線無關，但是在這個宣傳長生不老的人魚小島上，簽名冊里竟然有宮野志保的名字，暗示着APTX4869並不是簡單的毒藥，它的研究無疑與長生有着千絲萬縷的聯繫。此外，在宮野志保名字的旁邊，還寫着兩個人名，有可能是琴酒（黑澤陣）和伏特加（魚塚三郎），但因為名字的讀音和他們的代號相似度過於高，反而假名的可能性更大一點，幾乎不可能是真名。
- 226-227.格鬥遊戲的陷阱
茱蒂老師登場！與柯南相識後注意到他藉助園子破案，因此她發現了柯南不簡單，在臨走時抄襲了苦艾酒在照片上對柯南的稱呼――COOL GUY。（茱蒂在監視苦艾酒的房間）
事後朱蒂打電話給同伴時，給苦艾酒取了「腐爛的蘋果」的代號。但她表示她的監視對象「換了個身份，正在上學」在當時也給了我們她監視的就是柯南的誤導。
- 230-231.迷一樣的乘客
這一集中赤井秀一以路人姿態低調登場。另外可看出苦艾酒精於易容術，而且她的目的是在日本尋找什麼人，以及她的口頭禪。
少年偵探團在車上說，感謝新出醫生前幾天幫他們做內科檢查，但是灰原缺席。（新出醫生可能通過這次身體檢查，確認了柯南就是新一的事實。而且證明了假新出最初的目的是新一而不是到哀，否則哀的身份早就被她發現了，這一點可以從「361帝丹高中的學校怪談」得到印證。）當被制服的劫匪問朱蒂到底是誰時，她竟然也爆出了和苦艾酒一樣的口頭禪。又給觀眾扔煙霧彈
- 233.無法消失的證據
柯南和灰原回憶當天公車的事件，灰原很擔心，但柯南肯定的說她的身份沒有暴露，因為像灰原能感覺到組織成員一樣，偵探也具有感覺到殺氣的本領。
- 242.元太的災難
結尾處提到琴酒是左撇子。貌似是設定左撇子的人智商高
- 253-254.本廳刑事戀愛物語Ⅳ
佐藤警官去和白鳥相親，柯南讓新出假扮成高木成功阻止，發現其演技高超，有可能開始對其產生了懷疑。秀一出現，被小蘭看見，覺得似曾相識。
- 258-259.來自芝加哥的男人
柯南等人認識了來自芝加哥的老男人「詹姆士·布萊克」，布萊克利用一起綁架事件將計就計，想試試柯南的本事。其實他是FBI首領級人物。柯南說布萊克先生不是壞人，只是對詹姆斯這個名字與莫利亞蒂教授相同有些在意（與詹姆斯·莫利亞蒂――福爾摩斯的宿敵同名），同時柯南由於灰原的奇怪反應開始懷疑赤井。
- 266-268.情人節的真相
京極真也帶着黑色針織帽，被人看見，柯南以為是赤井，十分緊張。而小蘭則說她可能認識這個帶黑色針織帽的男人，引起了柯南的注意。
- 269-270.犯罪的紀念品
破獲錄像帶殺人事件的時候，從高木那裏得知公車劫持案那天，毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。（後來據VERMOUTH說，偷竊毛利小五郎相關的所有案卷是讓人不知道她其實是在找新出一個案子的記錄，她找新出案件的資料是為了瞞柯南等人，雖然FBI已經知曉她的真實身份，但為了不在與小蘭，柯南等歷經了案件的人的接觸中露出馬腳，她還是要掌握案件的資料，但沒想到是被改過的。再送回來是誤導FBI讓他們以為她留在日本的目的是與毛利偵探有關，從而讓FBI監視毛利事務所來暴露身份。）
- 271-272.急忙掩飾的忽略
柯南又一次在朱蒂面前破案。案卷被竊引起了FBI的警覺，朱蒂懷疑黑衣組織將對毛利不利。朱蒂在談話中用鴕鳥一詞來形容柯南小孩卻有大人的智慧，並且提到了bureaus（事務所）代指FBI。（和後面出來的COMPANY代指CIA有點對應）本集結束時朱蒂說到了收割蘋果的時候了，暗示FBI要對VERMOUTH採取行動了。VERMOUTH發郵件給GIN，提到了「久藏」雪利酒，並且向打了叉的宮野志保的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片。（本人推測此時VERMOUTH已經通過在《188-193危命的復活》系列中柯南暫時恢復新一這一事實聯想到志保可能就在附近給柯南配置解藥，並且決定將其找出來加以消滅，她藉助FBI監視診所的機會貼出了SHERRY的照片作為靶子，希望FBI幫她找出SHERRY。）
- 274-275.幽靈屋的真相
VERMOUTH假扮的新出在本集開頭出場，劇情提示他的傭人親人都不見了，他說是去了青森，還有回顧了真新出是知道觸電案件實情的，留下來是為了出庭作證。
- 277-278.英語教師VS西部名偵探
博士得知毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，於是請來平次幫助柯南。兩人分析偷盜案卷的人是想把某個人引出來的圈套，然後柯南又回顧了PISCO案件，懷疑克里斯是他的同夥，並進一步懷疑朱蒂=克里絲。雖然兩人長相完全不同，但柯南知道克里斯精於易容。於是兩人去朱蒂的公寓試探，並拜託博士在網上調查克里斯的資料。在雙方接觸過程中發生命案，案子雖然解決，但是對朱蒂的試探未果。這一集的重點就是最後在朱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南，蘭和舞會上的新一的照片，並且照片上的字跡和VERMOUTH的一模一樣。按照後來的說法，這是朱蒂曾潛入新出醫院，發現相關的照片後複製的。不過當時這些照片的出現，顯然給了我們朱蒂=貝爾摩的很大的誤導，還有她最喜歡喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最後說的除朱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出。
- 279-280.迷宮的陰暗
博士應柯南的要求去克里斯的網站上查過信息，發現她就是美國已故大明星莎隆賓亞德的女兒。在母親的葬禮上，她才第一次面對媒體。面對記者的追問，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。另外，日本的前超人氣女明星也出現在了莎隆的葬禮中，從畫面看正是有希子。（正是基於這個證據，柯南推理出了莎龍和克里斯其實是一個人。）
- 284-285.中華街雨中的似曾相識
- 286-288.工藤新一NY事件
承接前面蘭回憶起的「帶黑色針織帽的男子」，通過蘭在發燒病倒時的回憶倒述了去紐約經歷的黃金蘋果事件。還交代了新一和蘭和莎龍的初次見面，以及他們對銀髮殺人魔的救命之恩。 最後新一提到真殺人魔其實是被別人滅口的，後來得知假殺人魔正是VERMOUTH所扮，這次計劃本來是將秀一引出並殺死，但是沒有成功。
- 289-290.迷途森林的光彥
講述少年偵探團成員去森林中尋找光彥，本集中提到哀對組織氣味已經不敏感了，和沼淵已一郎是組織一員的事。其實此人在浪花連續殺人事件就曾出現，而且不過是一個組織培養殺手的失敗作品而已。
- 307-308.沒有留下聲音的證據
小五郎受託尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委託人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員tequila接觸的對象。最後通過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記。
- 309-311.與黑暗組織接觸
案子的開頭柯南和蘭遇到了赤井秀一，在談話中赤井提到了一個表面堅強、暗地流淚的女孩。（估計應該是指宮野明美，他的女朋友。赤井覺得兩人很像，而後來345集中灰原對着捨身在槍口下保護自己的小蘭的身影，也想起了姐姐。） 赤井說蘭又在哭，其實上次是指在NY事件中看見蘭在哭泣。 另外藉此，柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇的事情，並獲知了赤井FBI的身份。但柯南仍有些懷疑，並想起了布萊克綁架事件時哀對於赤井的奇怪反應。 通過閱讀板倉的日記得知，黑衣組織委託其開發一種危害人類的軟件，但他並未最終完成。 柯南誘騙VODKA改時間交易，試圖冒充板倉與VODKA接頭，從而想得到他的指紋和行蹤的情報，不料即將成功之際，卻由於GIN的忽然出現而功虧一簣，形勢瞬間逆轉，而柯南還險些被發現，最後躲在儲物櫃裏才僥倖得脫。 最後柯南和哀離開的時候，在附近的赤井和哀好像對彼此都有所感覺。
- 312.染上夕陽的布偶
哀第一次提及自己的身世。她提到自己的父親叫做宮野厚司，原來是化學領域非常有名的科學家，但被稱為「被科學界放逐的瘋狂科學家」，母親則是個很神秘的女人。 兩人在組織中一起進行「秘密藥物」的研究，但在生下她不久就去世了，據說是研究事故。 她在懂事之前就被送到美國留學了，回來繼承了父母的研究，並且說她的研究是神秘的可以操縱生死的藥物，是地球人都無法認識其價值的可怕的東西。
- 329.被挑撥的友情
本集開始柯南和博士聊天講到上次沒有看完的板倉的日記，和裏面提到了打電話給板倉的女人討厭貓這一細節。 阿笠博士提到他早就認識哀的父親宮野厚司，並且說他待人和氣有禮，不像是什麼「瘋狂科學家」。（估計是他的研究觀點比較激進吧）而且博士提到他的夫人愛利娜身份是一個英國留學生。但碰面的幾次宮野教授一次都沒提到自己在研究什麼。
- 335-336.東都顯影所的秘密
有希子回到日本，接偵探團去東都顯影所看電影。在路上有希子和柯南發現他們正在被人跟蹤，柯南認為跟蹤者不是衝着他就是衝着灰原來的，並且很有可能就是黑衣組織的人。 其實後來得知是赤井手下的人在監視柯南等人，結尾處赤井還拍下了少年偵探團的照片，還看着哀說太像了，說明了FBI已經中了VERMOUTH的圈套，幫助她找到了變小的SHERRY。但是當時卻讓人覺得赤井很可疑。
- 338-339.4輛保時捷
開頭處柯南奇怪的騙博士說新出不在家，因為無法解釋為什麼柯南不對博士老實說出對新出的懷疑，所以也成了博士BOSS論的一個證據。 後來不明情況的博士還是找來了新出給小哀看病，通過身體檢查和直接接觸，VERMOUTH假扮的新出此時正式確認了哀=SHERRY，並且在博士家裝了竊聽器（345集就用到了），但是朱蒂同時也在場，所以那時我們將所有的懷疑都加到了朱蒂身上。 本集結尾處VERMOUTH冷笑着用打火機燒掉了SHERRY的照片，並得意地自言自語道：「找到了……你準備好了嗎？我來找你了！」VERMOUTH要準備採取行動了。
- 340-341.廁所隱藏的秘密
柯南、灰原和博士去了灰原的父親宮野博士生前工作過的事物所，想從那裏得到一些黑衣組織的資料以及灰原父母的行蹤。結果他們在抽水馬桶水箱的浮球上找到了宮野明美放在那裏的灰原媽媽留給灰原的磁帶。 這一集透露了很多內容，開頭處柯南說了句「如果我的推理正確的話，我們應該已經不在人世了」，證明他已經知道不論茱蒂還是新出是克里斯賓亞德假扮的，通過上一集的身體檢查，黑暗組織都已經得知了灰原=SHERRY的事實，兩人的身份毫無疑問已經暴露，只是不知道她為什麼還沒有採取行動。 灰原找到了明美藏起來的錄音帶，她的母親的面目也浮出水面，「Hell Angle」由此而來。在她母親留給她的18歲生日末尾的話語中應該提到了某件驚人的事情，但是青山並沒有給讀者說明。 結尾處，VERMOUTH邊從飛機場出來邊用手機打着電話，從談話中我們得知，她找來了一個叫Calvados（蘋果酒）的組織成員，似乎是為她下一步要採取的行動做的一個重要部署。 另外值得一提的是，在灰原的夢中，青山已經給出了VERMOUTH究竟裝扮成了何人的暗示。
- 343-344.便利店的陰謀
柯南發現工藤宅子有人來過的痕跡，而且不是小蘭。 朱蒂老師突然間辭去了帝丹高中英文教師的工作，說是想回美國了。（其實是FBI要對VERMOUTH採取行動了）在告別派對上，小蘭無意間在朱蒂的衛生間的鏡子後面發現了朱蒂藏着的自己與柯南，灰原等人的照片，不禁疑雲頓生。這也促使她下一集中偷偷躲在朱蒂車子的後背廂里想調查她究竟想做什麼。
- 345.與黑衣組織直面對決 滿月之夜的二元推理
柯南收到了VERMOUTH寄來的邀請新一去參加化妝舞會的信件，信封寫着工藤新一，信紙上的稱呼竟然是江戶川柯南！ 柯南知道自己的身份已經暴露並且決定開始行動，他一方面邀請服部假扮新一去參加化妝舞會，另一方面用麻醉針麻醉灰原後假扮成她的樣子準備單獨去跟組織對決。 結果來接他的並不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原來FBI也有自己的計劃，他們準備先VERMOUTH一步接走灰原，引誘VERMOUTH跟蹤至碼頭，然後實施抓捕。（柯南這時應該不確定朱蒂和新出誰是VERMOUTH，而且她倆還有可能是一夥的，所以他帶上了竊聽器） 朱蒂在車上向化妝成灰原的柯南表明了FBI的身份後，柯南告訴了她新出一案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此來揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。 引誘假新出的車子尾隨到碼頭後，朱蒂揭穿了VERMOUTH假扮新出，而且同時是克里斯賓雅德和莎龍賓雅德的身份，宣佈將她逮捕。此時FBI仿佛已經取得了對黑暗組織的完勝！ 不料正在茱蒂招呼同伴要抓捕VERMOUTH時，忽然被埋伏在暗處的VERMOUTH的同夥Calvados（蘋果酒）擊傷！而此前埋伏在碼頭的FBI竟然集體失蹤！ 原來VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕計劃，幾小時錢她化妝成朱蒂來到碼頭，告訴埋伏的FBI探員今晚的抓捕計劃取消。然後又故意配合茱蒂的計劃追到碼頭，在這個最後時刻讓她功虧一簣。 而且VERMOUTH對FBI暗中監視新出診所的事情也早已知曉，她偷走案卷其實是為了引誘FBI暴露身份，貼出宮野志保的照片也是為了利用FBI實現自己尋找SHERRY真身的目標。 VERMOUTH得意的講完自己的計劃，然後將手槍對準了茱蒂的額頭，難道黑暗組織將成為今晚的贏家？ 正當朱蒂形勢萬分危急時，另一邊化妝的服部解決了舞會上的案子扯下了露出了工藤新一的面容，而這邊廂柯南也在此時撕下假扮灰原的面具，用麻醉針控制住了VERMOUTH。柯南的籌劃終於笑到了這個三方對決大戲的最後！ 不料這時風雲突變，橫生枝節，擔心柯南安危的灰原利用備用的追蹤眼鏡忽然找來，反而破壞了柯南的大好計劃。VERMOUTH趁柯南分神之機，猛然動手奪過麻醉手錶射中了柯南，並用手槍對準了灰原！局勢又再度落入了VERMOUTH的掌控中！ 就在這形勢失控的時候，對茱蒂老師有所懷疑而一直躲在車子後備箱裏跟蹤而來的小蘭，忽然跳出在VERMOUTH的槍口下挺身保護了灰原！而VERMOUTH因為小蘭在《工藤新一NY事件》裏對自己的救命之恩，亦無法對兩人痛下殺手，局面頓時陷入僵持！三方對決的大戲也因為小蘭這個「第四方」的突然出現而呈現了令各方完全無法意料的驚人轉折！ 正當各方騎虎難下時，FBI的赤井秀一及時出現，擊傷了Calvados和VERMOUTH，迫使VERMOUTH不得不以柯南為人質逃離了碼頭。 落荒而逃的VERMOUTH在向BOSS發郵件報告時，忽然發現柯南身上有發信器，原來柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原後一定會向BOSS報告，所以利用發信器來定位組織BOSS的通信方式。 面對柯南的步步緊逼，VERMOUTH不得不承認放棄SHERRY。為了避免BOSS的郵件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，同時迷昏自己和柯南，並且朝自己開了一槍以保持清醒，毀掉發信器後狼狽逃離了現場。
- 346-347.尋找屁股上的印記
上集案件的掃尾，在小蘭面前，朱蒂用救援被綁架的柯南和小哀的理由將這次驚險的對決瞞了過去。而哀經過步美等人的間接鼓勵，終於鼓起勇氣面對自己的命運，決定與黑暗組織抗爭，並拒絕了FBI的證人保護計劃。此時的小哀，開始逐漸鼓起了和組織抗爭的勇氣，成為和柯南並肩作戰的堅強夥伴，而不像開始時那樣充滿恐懼感的一味逃避。
- 361.帝丹高中的學校怪談
VERMOUTH的身份暴露後，為了不引起大家的注意，真正的新出老師回到學校重新工作。柯南回憶起VERMOUTH什麼時候潛入學校的，並疑惑她為什麼在小學沒有早發現灰原的身份。這正表明了她最初的目標是尋找新一而不是SHERRY，所以開始並沒有聯想到宮野志保也變小潛伏在小學裏。
第三階段：魔鬼之音！銀色子彈的鎮魂曲
- 時間線：371-372.沉默的航線 ~ 508.卡拉OK廳的死角（後篇）
圍繞本堂瑛佑和水無怜奈姐弟的神秘身世展開，講述了柯南在滿月之夜的對決中掌握了BOSS郵箱地址的手機按鍵旋律，經過確認後得知這是兒歌《七個孩子》，後來通過它偶然發現了電視台主播水無怜奈是黑衣組織成員，經過對決後水無受傷，並落入了FBI的掌握。柯南和FBI後來通過一系列事件得知水無原來是CIA在組織的臥底，並與之達成了幫FBI探聽情報的君子協定，但是黑衣組織很快也得知水無被FBI隱藏的地點，雙方又展開了激烈的對決，最終水無按計劃被救回組織而成為「永不脫落的鋼楔」，但FBI付出的沉重代價卻是銀色子彈赤井隕落其實沒死。這期間出場人物更加紛雜，赤井逐漸走向前台，展示出強大實力，並成為和柯南並肩作戰的重要人物，而CIA的捲入也使得組織的計劃更加撲朔迷離。
- 371-372.沉默的航線
柯南對沖繩事件中本山先生打電話的手機按鍵音有奇怪的反應。這個旋律無疑和345集中VERMOUTH撥給組織BOSS的手機按鍵音有某種相似之處。
- 375.星星和香煙的暗號
結尾處山村警官給在鳥取縣的祖母打電話的手機按鍵音也使柯南產生了奇怪的反應。這個旋律無疑和345集中VERMOUTH撥給組織BOSS的手機按鍵音有某種相似之處。
- 385-387.斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音
通過對前兩次熟悉的手機按鍵音的分析，柯南確認了組織頭目的郵件地址中前四位與鳥取縣的區號相同，是0858，在詢問了擁有絕對樂感的羽賀響輔後，柯南得知了有這個曲調的歌曲正是《七個孩子》！
- 394.奇異屋宇的大冒險
開始階段柯南分析黑衣組織是通過兒歌《七個孩子》記憶BOSS的郵件地址的，這樣就可以避免儲存在手機裏了，並且根據按鍵音的曲調推測出了被灰原成為潘多拉的魔盒的黑衣組織BOSS的真實郵件地址，卻因無法深入被灰原哀勸止。 也許灰原早已知道了這個郵件地址，甚至BOSS的真實身份。
- 425.Black impact！被組織的魔掌觸碰的瞬間
小五郎接到電視台主播水無怜奈的委託，調查「門鈴怪人」事件，後來證明是一場小孩子的鬧劇。不料因為忘記回收放置的竊 聽器，柯南卻發現了驚天的大秘密！原來水無怜奈也是黑衣組織的成員，柯南竊聽到了她和GIN等人配合的暗殺候選人計劃，並和FBI的茱蒂一起成功阻止。 不料GIN發現了水無鞋底的竊聽器，使得之前被水無委託調查「門鈴怪人」事件的小五郎反而受到了組織的懷疑，命在旦夕。 好在秀一及時出現，用狙擊槍打傷了GIN，將裝竊聽器的勾當攬到了FBI身上。 VERMOUTH也又再次找理由保護了毛利等人。 代號KIR的水無怜奈在行動中受傷昏迷，被FBI送入杯戶中央醫院控制了起來。 另外這一集中柯南得知了布萊克也是FBI的人，還是茱蒂的上司。
- 429-430.無法回到從前的兩個人
小蘭的倒霉同學本堂瑛佑出場，他的眼睛長的和水無很像，而且好像注意到了柯南通過毛利破案，這讓柯南感覺很不安，也對本堂的身份產生了懷疑。
- 446-447.封印的洋窗
本堂在案件偵破中偷偷監視柯南，柯南因為擔心本堂發現不敢親自破案。
- 462.黑衣組織的影子
年幼的目擊者，一個孩子目擊某歌星被人從橋上扔下，本堂用和水無一樣的摸脈搏測謊術，引起了柯南的懷疑。
- 463.黑衣組織的影子 奇怪的照明
本堂數次想讓毛利等人想起水無怜奈的事情來獲取信息，但是都被柯南看出並把話題岔開。
- 464.黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬
本堂故意引誘毛利注意到一個小孩家發生的奇怪事件，這個小孩正是目擊水無怜奈受傷昏迷的小孩，他說他的母親生前曾經和奇怪的外國女人對話，打聽水無怜奈的去向。
- 465.黑衣組織的影子 珍珠流星
在那個小孩就要說出摔下摩托車的就是主持人水無怜奈時，柯南及時用幪面超人將話題岔了開去。柯南通過外國女人對孩子的回答"A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN"推測出這個奇怪的外國女人就是黑暗組織的VERMOUTH。 另外本集GIN所說的水無取得BOSS信任的事件也表明她的得寵與一個叫本堂的臥底的死有很大關係。
- 466.分不開的雪人
開頭處柯南推測到組織已經知道水無受傷住院的事實了，並分析黑暗組織不會對孩子進行報復，而且對本堂瑛佑的真實身份很疑惑。
- 479.與服部平次共度的3天
柯南推測水無可能是殺了本堂瑛佑的親屬然後整容成她的模樣的，因此讓服部根據一張網上照片去調查一個很像水無的女子年輕時在大阪的事情。
- 484-485.黑色照片的去向
服部調查水無未果，但意外發現本堂及其父親在大阪生活的情況，因為瑛佑小時候曾經和父親一起去大阪的燒烤屋吃燒烤，其父和店長很談得來。然而店長已經去世，所以柯南、阿笠博士和灰原決定造訪住在東京的店長的孫子家，想從他那裏得到些本堂及其父親的情報。不料在這個模型愛好者西郡家裏遭遇了盜竊案件，成功解決案件後柯南他們終於看到了一張瑛佑無意間照的照片，照片上有瑛佑父親的面容，並了解到瑛佑的父親常和黑西裝的外國人打交道，在Company（＝CIA）工作，並曾打入過黑衣組織。
- 491-494.紅與黑的碰撞 開端 血緣 絕叫 冥土
蘭和園子去醫院看望初中同學，遇到了正在醫院拿着水無照片打聽的本堂瑛佑，他辯解說他是在尋找長的和水無十分相似的姐姐。為了弄清本堂的姐姐到底是不是水無，蘭找到了水無的超級Fans，看了水無早期的錄像，得知水無的血型是AB型，可是瑛佑用姐姐曾給自己輸血的例子說明自己和姐姐的血型都是O型，這讓柯南了解到，水無和瑛佑的姐姐不是一個人。瑛佑為了證明自己的血型，和毛利等人一起來到了其母親曾經服務過的宅子。看到了母子健康手冊的柯南等人確定，瑛佑的血型確實是O型，那麼這個水無為什麼和瑛佑的姐姐長的這麼像呢？
- 495.紅與黑的碰撞 昏睡
蘭說瑛佑突然失蹤了，並且失蹤之前曾說過他在醫院打聽姐姐消息的時候，碰到了疑似父親同事的人，辨別方式是通過和他父親發郵件時相似的手機按鍵音。柯南經過推理認定這個同事不是他在CIA的同事而是在組織的同事，並且此人已經潛入了水無所在的醫院，於是柯南急忙前往醫院與FBI商量對策。通過詢問醫生，柯南確認了黑衣組織的人還沒有在醫院發現水無的蹤跡，並鎖定了三個嫌疑人。
- 496.紅與黑的碰撞 侵入
通過柯南的試探，FBI找出了黑衣組織派來的成員楠田陸道，還意外在與醫生的交談中得知了本堂瑛佑曾經做過白血病的骨髓移植手術。
- 497.紅與黑的碰撞 覺醒
FBI在對待楠田偷拍患者名單一事上處理不當，不幸打草驚蛇，雖然楠田在其逃亡過程中自殺身亡，但是同時GIN等人也已經獲知了水無所在的醫院，正在趕往醫院的路上。 本集中柯南向朱蒂老師等人了解到了赤井悲慘的過去，原來他曾是宮野明美的男友，利用其妹宮野志保的關係，以諸星大的化名潛入了組織。由於表現出色，不但得到了RYE的代號，而且獲得了和組織的高級幹部GIN一起行動的資格。正當他跟FBI要藉此機會誘捕GIN以將組織連根掘起時，卻由於手下一個搜查員的失誤而功虧一簣。結果明美被組織所殺，志保也被迫逃離組織。
- 498.紅與黑的碰撞 攪亂
為了救出水無，GIN策劃了醫院附近相繼發生的集體食物中毒，奇怪氣味引發的人員騷動，火災等3大事件，一時間大量患者湧向杯戶中央醫院。在這裏我不得不對GIN的謀劃報以讚嘆，這樣不但能不露痕跡的將人員安插進杯戶中央醫院，而且卻不帶任何針對杯戶中央醫院的意思，還讓FBI全無還手之力。與此同時，在醫院的問訊處忽然接到了一個寄給詹姆斯的署名為楠田的包裹。這朵名叫樓鬥草的花，花語竟然是「旗開得勝」！可是令人驚詫的不止這個開戰宣言而已，赤井還發現了花盆中被放置了炸彈！ 卡梅爾大叔終於有了一把飈車技的機會，他和朱蒂驚險的將炸彈帶到安全地帶引爆了，可是FBI卻發現醫院裏竟然同時受到了大量署名楠田陸道的包裹，其中也有炸彈！
- 499.紅與黑的碰撞 偽裝
FBI的搜查官們為了寄來的炸彈包裹忙的焦頭爛額，正在大家收繳炸彈的時候發現正在播出的電視節目上居然出現了穿着住院服接受採訪的水無怜奈！搜查官們急忙奔向怜奈的病房，卻看到的是安靜的躺在床上的水無怜奈。原來電視上的影像是組織利用以前的資料進行剪輯處理合成的，大家匆忙的湧入導致導致組織已經根據炸彈的中放入的發信器信號，鎖定了怜奈的病房。 此時的FBI已經被閉上絕境，只得採取最終手段——三車齊出，轉移水無！神秘的卡梅爾承擔了運送水無本尊的任務，朱蒂覺察其行蹤詭秘想要阻止他，卻被他一拳擊暈，難道這個卡梅爾其實是？這時GIN也派出VODKA，CHIANTI，KORN三人分別盯上了三輛車，並成功的判斷出水無本尊就在卡梅爾的車內！
- 500.紅與黑的碰撞 遺言
面對GIN和眾手下的迫近，卡梅爾打算憑藉車技甩掉跟蹤，卻突然遭到裝炸彈的盒子的襲擊，3號車也隨之撞上護欄停了下來，原來早已甦醒的水無怜奈在這個關鍵時刻出了手。正當CHIANTI打算解決掉昏迷的卡梅爾的時候，3號車突然發生了爆炸。水無也被GIN等人順利的救回了組織，FBI與柯南精心策劃的計劃難道就此滿盤皆輸？ 原來，柯南和赤井早已發現水無已醒，並知道了水無的確是瑛佑的姐姐---CIA探員本堂瑛海的事實。瑛佑小時候因為患過白血病，用過姐姐的造血幹細胞和經過骨髓移植的手術，使他的血型改變，而自己不知。柯南和赤井利用瑛佑的出現迫使水無醒來與FBI對話，當年兩人的父親伊森本堂捨車保帥犧牲自己的故事也再次被提起。赤井，柯南與水無定下約定，水無以KIR的身份重回組織，成為「鋼楔」！ 這一集有個BUG，水無在敘述他父親為保護她身份不被發現而犧牲的經過時，那個新來的線人邦尼被敘述為自殺，這和《464黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬》裏VODKA所說的一樣，但是卻和《495紅與黑的碰撞 昏睡》朱蒂敘述的流浪漢關於邦尼被GIN和VODKA所殺的話矛盾。
- 501.紅與黑的碰撞 嫌疑
柯南和赤井向因為失去水無而沮喪萬分的FBI解釋了他們計劃的本來面目，原來水無的真實身份是CIA情報員本堂瑛海，他們已經達成了協定，水無怜奈繼續以KIR的身份回到組織，除了向CIA報告外還要向FBI提供情報。水無怜奈的條件是讓她的弟弟本堂瑛佑加入證人保護計劃。而且要求在任何情況下都優先考慮CIA的任務需要，也許會有對不住FBI的地方。赤井卻好像對這個要求早有預料。 與此同時，回到組織的水無也想辦法保護了醫院的人員。但是GIN對如此簡單就救回水無充滿疑慮，預示着柯南和赤井的計劃也許並不能那麼一帆風順。 柯南與元太、步美、光彥、阿笠博士，灰原等人一同前往新米花旅館吃自助餐。途中，柯南向灰原講述了之前的事情和瑛佑拒絕證人保護計劃的事，灰原想要見赤井的想法讓柯南十分狼狽。 到達後，看到高木刑警的巡邏車也開了過來。據說是旅館發生了殺人事件。FBI的卡梅爾探員居然是嫌疑犯之一。因為卡梅爾長相兇惡，而且不肯說出職業，所以被少年偵探團和警察當成了關照重點。無奈的柯南只好偷偷打電話給朱蒂叫她來幫忙。 臨出門前，赤井叫朱蒂小心，說他又不好的預感，因為這天正好是13號星期五。
- 502.紅與黑的碰撞 潔白
朱蒂到達酒店，假扮成卡梅爾的女朋友，並證實了他FBI的身份，總算是解了圍。 而此時，GIN為了消除疑慮，向水無傳達了讓赤井秀一從這個世界上消失的命令。 在新米花旅館，卡梅爾向朱蒂講述了兩年前正是由於他的失誤，導致了誘捕GIN的計劃失敗，赤井是FBI臥底的身份暴露，赤井的女友宮野明美也被組織所殺。 水無撥通了赤井的電話，假意說自己在組織里混不下去，要脫離組織，邀他到「來葉山路」會面。詹姆斯懷疑是個陷阱，想叫朱蒂回來商量，卻被赤井阻止了。
- 503.紅與黑的碰撞 決死
赤井正朝着會面地點來葉山路飛速行駛，黑衣組織卻早已布好了天羅地網。
- 504.紅與黑的碰撞 殉職
赤井和水無在來葉山路碰面了，水無先用手槍射穿了赤井的肺部。 通過攝像頭查看情況的GIN，向水無下達了用手槍直接爆頭的命令。於是水無笑着說「沒想到進展的如此順利」，並用手槍向赤井的額頭開了一槍。 這時，由於警車的突然出現，水無將赤井的遺體橫放在了車上，並用定時炸彈引爆了汽車，自己逃離了現場。 朱蒂他們不見赤井回來，又在新聞上看到了來葉山路上發生的槍殺焚屍案，心中十分擔心。朱蒂想起赤井曾經在商討作戰計劃時用右手碰過柯南的手機，就想用上面的指紋和屍體僅剩下來的右手比對以確定是否是赤井。 比對的結果是指紋完全一致！ 第二天，柯南在拿回手機的時候，發現手機的序列號改變了，但他沒有問茱蒂原因，（莫非兩人早有約定？）朱蒂也沒有告訴柯南赤井殉職的消息。但是本集結尾的轉場陽光明媚，暗示赤井沒死。
- 508.卡拉OK廳的死角（後篇）
第三階段的大幕即將落下，本堂瑛佑也決定告別帝丹高中的短暫生活，去美國留學，他的夢想是像父親和姐姐一樣成為CIA，通過自己的力量戰勝黑暗組織（話說他還真是博愛，想加入一個為美國國家利益服務的組織）。 在離開之前，瑛佑故意與柯南單獨相處，告訴他自己對蘭其實早已一見鍾情，想向她表白並帶她一起去美國。 我們可憐的柯南同學被說中了唯一也是致命的「死穴」，立刻堅決無比擲地有聲的表示「不行！」，義無反顧的跳進了瑛佑下的「套」，輕易就把自己給賣了。 瑛佑證實了心中一直存在的「柯南=新一」懷疑，並表示自己一開始認為水無就是殺害自己姐姐的兇手，而且水無失蹤前最後是和毛利偵探一起，所以他就懷疑毛利偵探和壞人是一夥的，把水無藏了起來。最後他也表示了自己對蘭的感情是千真萬確，並拜託新一一定要讓她幸福。 臨走的時候，瑛佑透露了FBI內部出了變故，好像什麼人犧牲了，但是柯南卻微笑的表示「不要緊」。
第四階段：雙面間諜！赤井 or 波本？
- 時間線：509 紅白黃色與偵探團 ~
時刻透漏出雙面間諜氣息的波本，本來就有着強烈的象徵性，波本酒的成分之一就是RYE（黑麥酒，也是赤井在組織的代號）。正逢赤井之謎未解，沖矢十分神秘，波本魅影時現的當口，柯南的大戲也進入了新的階段。
- 509.新的危機！波本，沖矢和黑白君
FBI的朱蒂搜查官給柯南打來電話，告訴他水無怜奈提供的最新情報---組織新的厲害成員，代號BOURBON正式登場，而且恐怕目標就是灰原，叫柯南小心提防。 這時偵探團接到了同學要求他們調查自己家一個奇怪的房客的委託，他家的住址竟然是位於「米花町2丁目23番地」的「木馬莊」。這裏不得不暫停一下，眾所周知，柯南家的住址是青山模仿福爾摩斯的住址貝克街221B造出來的「米花町2丁目21番地」，而博士家是在緊鄰的「米花町2丁目22番地」，這個即是緊鄰兩者的敏感地方，又是具有和希臘神話中包藏災難的特洛伊木馬一樣名字的「木馬莊「的地方，出現了新人物沖矢，會對劇情產生什麼影響呢？ 第二天，偵探團來到了木馬莊，卻只看見一片被火完全焚毀的廢墟，他們向警察反映了曾接到調查有奇怪舉動的房客的委託，負責火災的弓長警部在小孩的日記中發現三個房客分別被稱為「紅色的人，黃色的人，白色的人」，其中黃色的人半夜回來與房主產生了爭執，具有重大縱火嫌疑。 當三名房客出現在偵探團面前時，小哀忽然出現了強烈的被壓迫感，凜冽的氣息，注視獵物的眼神，黑暗組織的成員就在他們之中！但是這種感覺卻又忽然在剎那間消失了，這是怎麼回事？在過程中柯南沒有感覺到殺氣，那組織的目的是什麼？ 房客中最神秘的人物是東都大學的研究生沖矢昴，他最喜歡和最討厭的顏色都是黑色，喜歡和討厭的原因也都是「黑色隱藏着秘密」。沖矢昴熟練的指出柯南對案件的推理類似於福爾摩斯探案的《銅山毛櫸案件》，並表示自己也是福爾摩斯迷。 隨後，在得知自己在日記中被稱為「黑白君」後，柯南和沖矢立刻明白了整個案情。 原來三個房客都是被按照車輛的顏色來命名的。沖矢=紅色消防車，細井=白色救護車，真壁=黃色工程車，案件水落石出。 案件結束後，神秘人物沖矢找到了阿笠博士，請求在博士家住下，但是被十分害怕的小哀拒絕。出人意料的是，柯南竟然主動答應將新一家的鑰匙交給沖矢昴，並留下了一句意味深長的話「要好好看家哦」。（沖矢=工藤優作之論出現？）扯淡的是，當小哀問起借房子的理由時，回答竟然是「因為福爾摩斯的粉絲里沒有壞人」！
- 510-511.推理對決！新一VS沖矢昴
小蘭和園子去新一家進行一月一次的打掃，卻不知道沖矢已經住進了新一的家，他不幸被兩人誤認作小偷，挨了小蘭的一下空手道（開始寫成了跆拳道，筆誤，多謝細心的觀眾提醒！），不過他似乎身手也不錯，其實並沒有被踢中。話說小蘭你也太不見外了吧，新一回來你也不能聽到人家在洗手間裏還去一下把門推開了吧？園子你也是，推理女王白做了，有在別人家裏刷牙的小偷嗎？ 這時柯南打來電話解釋了沖矢的事，兩人才明白是一場誤會，但是柯南卻告訴小蘭不要在沖矢面前提到關於新一的事。兩人道歉後，沖矢展現了他傑出的推理才能，一下就說中了小蘭和園子剛吃過WELCOME漢堡（讓我不禁想起了第一集《雲霄飛車殺人事件》中新一通過握手知道對方身份的故事和《福爾摩斯》裏的諸多情節），園子這時提議讓新一和沖矢昴就最近的「紙飛機怪人」事件來一場看不見的推理對決。
- 542-543.讓魚兒消失的一角岩
沖矢昴彈指間便解決案件+救出人質，完全搶走了頭號主角四眼男的風頭。然後，依舊是小哀對於沖矢的強烈恐懼感。 最後的一幕，仍然是月夜啜飲着波本酒的沖矢。 不過這一集最引人注目的，還是這個引發了後來無數狗血討論的「怪蜀黍與小蘿莉」的由來。
- 563-564.偵探團VS強盜團
為了慶祝卡梅爾的生日，FBI三人組去酒店遴選好酒。 期間大家又說起了之前的案件，提到GIN發現水無怜奈鞋底的竊聽器（見425集）和之前在保時捷車上發現SHERRY裝設的竊聽 器（見176-178集）是同一款，可能會懷疑兩件事情都與SHERRY有關，只不過暫時被FBI擋掉了。 在看到波本酒時，卡梅爾不合時宜的提起了赤井秀一喜歡喝波本酒，勾起了茱蒂的傷心回憶。 原來，茱蒂和秀一曾經是一對戀人，因為秀一執行潛入黑暗組織的任務而和宮野明美交往，兩人才分開。 正在茱蒂沉浸在回憶中而四處亂走時，忽然從人群中發現了赤井秀一的身影！ 茱蒂趕緊追上去，沒想到跟了兩步卻跟丟了，這時FBI的另兩人也出現了，原來他們在付款時發現詹姆斯的信用卡不能用，而卡梅爾帶的現金不足，所以只好來找茱蒂。而茱蒂錢包的錢也不過，於是只好又去銀行取錢。 正好柯南一行人也在銀行存壓歲錢，不料這時出現了一夥銀行搶匪，挾持了現場的人質，準備實施搶劫。 茱蒂也被作為人質挾持了起來，但是她忽然發現在她身邊的人正是剛才在人叢中看到的「赤井秀一」！而這個秀一不言不語，就像不認識她，疑似失去了記憶和語言能力，而且右臉上有一塊很大的燒傷疤痕，就好像是從葉山頭的燃燒汽車逃出來留下的一樣。茱蒂開始盤算先將這個「傷疤赤井」帶回FBI再說。 茱蒂略施小計，假意去廁所，利用FBI幹練的身手擊昏了一個綁匪，並在洗手間碰到了藏在那裏的以柯南為首的少年偵探團一行。不料這時其他綁匪尾隨而來，又擊昏並抓住了茱蒂。 逃過一劫的柯南等人，通過分析茱蒂提供的線索解開了綁匪的謎團，並制服了在大廳里實施搶劫的綁匪。正當案件即將大功告成之際，在洗手間被茱蒂擊昏的綁匪醒了過來，並忽然用槍挾持了柯南。這時人群中，那個「傷疤赤井」突然開槍，救下了柯南。 劫匪被警察帶走後，「傷疤赤井」消失無蹤，而茱蒂也醒了過來。這時柯南提起了開槍救下他的「不明人物」，令茱蒂想起了之前遇到的「傷疤赤井」，正當她準備尋找失蹤的「傷疤赤井」時，FBI的另兩人趕來，但是茱蒂卻沒有把遇到「傷疤赤井」的實情告訴他們。
(待補充）
第五階段：十七年前的殺意！逐漸逼近的藍姆
第六階段：賭上性命的決戰！毛利蘭的復仇
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