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母親早逝，父親要照顧國家，所以諾克提斯總是感到孤獨。年幼的諾克提斯將孤獨的感覺憋在心裡，變得有些任性。然而在發現諾克提斯是水晶認可的人之後，雷吉斯開始不遺餘力地培養這位水晶最後的認可者，讓這位命運註定不幸的孩子感受到可貴的父愛。然而諾克提斯雖然表面上努力迎合父親的要求，但是內心的孤獨還是沒有得到任何釋放——直到在8歲時第一次遇見露娜弗蕾亞後產生了不一樣的感覺，兩人的情感逐漸變得濃厚。分別後的12年間一直在通過書信聯繫，而諾克提斯對於露娜的感情逐漸由好感變成喜歡。之後的少年時期認識了三位摯友：普隆普特、格拉迪歐和伊格尼斯。三位摯友讓諾克提斯的內心逐漸被打開，四人成為了孟不離焦，焦不離孟的密友，經常一起去野外探險。
路西斯王國和尼弗爾海姆帝國的戰爭由來已久，但是尼弗爾海姆帝國方面突然提出停戰，主張諾克提斯和露娜弗蕾亞聯姻加強關係。雷吉斯讓伊格尼斯、普隆普特和格拉迪奧陪諾克提斯前去迎娶露娜弗蕾亞。然而老國王早就知道這時帝國的陰謀，但還是要盡最後的努力保全兒子。興致高昂的諾克提斯和同伴踏上了旅途。然而到達目的地，諾克提斯非但沒有見到自己的未婚妻，反而在次日得知王都陷落、父親戰死的消息。痛苦的諾克提斯決定前往王都附近探查消息。
諾克提斯發現帝國軍已經攻陷了王都，並且通緝諾克提斯一行人。然而諾克提斯偶遇父親的老戰友科爾將軍，科爾告訴諾克提斯需要去收集散落在世界各地的王者幻影劍的力量。此後帶領諾克提斯獲得了幻影劍——賢王劍幻影和劍——修羅王之刃的力量，並擊退了聞風而來的帝國軍。隨後諾克提斯一行突破了路西斯邊境的哨卡，向着更廣闊的世界進發，而他們首先要前往雷斯特爾姆城與古拉迪歐拉斯的妹妹見面。
雷斯特爾姆城似乎沒有受到帝國戰火的殃及，顯得繁榮祥和。諾克提斯抵達這個鄰國時開始出現頭疼伴隨幻象的情況，但是原因不明。之後伊麗斯將王都內曾經慘烈的戰況告訴了諾克提斯，她還告訴了諾克提斯一個好消息：露娜弗蕾爾並沒有死亡，並且段時間前路經了這裡。大家決定繼續尋找先王留下的靈魂之棺，之後在城鎮附近的瀑布內，諾克提斯找到了幻影劍——獅子王雙劍。在城鎮的瞭望台，諾克提斯偶遇神秘男子亞丹。亞丹告訴諾克提斯，他身上突發的症狀代表卡提斯盆地下的巨神正在呼喚他，亞丹邀請眾人與他一起前往卡提斯盆地一探究竟。
亞丹駕車引導諾克提斯前往神隕墜落地給他機會親自調查頻繁出現頭痛的原因，諾克提斯和夥伴驅車前往。來到帝國的封鎖前哨，亞丹直接命令他們打開了封鎖線。諾克提斯在其中找到了幻影劍——夜叉王刀劍。然而就在諾克提斯吸收了先王的力量後，地面突然開始崩塌，頭疼欲裂的諾克提斯在痛苦中向着深淵墜落，還好古拉迪歐拉斯及時拽住了他的胳膊。地神泰坦甦醒了，並用低語向諾克提斯穿搭信息，然而諾克提斯聽不懂的同時頭疼欲裂。諾克提斯與三名同伴合力將泰坦的左腕擊碎，泰坦突然爆發出金光，光芒進入了諾克提斯的身體，諾克提斯獲得了巨神之力。在取得神的力量同時，諾克提斯還獲得了其部分記憶，在記憶畫面里，露娜弗蕾亞似乎早已來到巨神的位置並舉行過儀式。之後亞丹乘坐者帝國軍隊的飛行器及時趕到將四人救出此地，此時亞丹的真實身份也浮出水面——他就是帝國的丞相。
帝國因為神隕墜落處的動盪而封鎖了整個卡拉斯地區，雷加利亞也離奇消失。此時信犬安博拉出現引導諾克提斯與神的差役甘蒂亞娜的通靈影像見面，甘蒂亞娜聲稱取得六神之力是路西斯國王與神使的重要使命，神使露娜弗蕾亞早已經開始行動，已經前往水神所在的水都。諾克提斯現在所要做的是獲得此地區存在的雷神之力。艱難獲得雷神之力後，天空也因為雷神之力被諾克提斯吸收而放晴，此時希德尼來電告訴諾克提斯，雷加利亞被扣押在卡拉斯地區的帝國軍基地內，四人趁夜潛入基地奪回愛車。但是在撤退階段，露娜弗蕾亞的哥哥弗拉斯堵住了準備離開的四人，而亞丹又突然出現了，他命令弗拉斯隨自己離開這裡，為諾克提斯四人解圍。回到旅館，旅館的老闆已經被帝國軍殺害。諾克提斯接下來需要前往水都獲得水神之力，伊麗斯則決定帶着失去爺爺的塔爾科特前往卡埃姆生活。夜裡在旅館休息的諾克提斯做了一個奇怪的夢——信犬安博拉和自己應戰重重包圍的帝國軍。
在諾克提斯前往水都繼續獲取六神之力前，需要順路先將伊麗斯與塔爾科特安頓在卡埃姆。在驅車前往卡埃姆的路上，諾克提斯等人決定先前往舊雷斯特爾姆消滅他們在路上見到的帝國軍基地，給失去爺爺的塔爾科特報仇雪恨。就當諾克提斯生擒帝國軍准將卡利戈，消滅基地里剩餘的帝國力量時，帝國的僱傭軍將領阿拉尼亞突然登場，與四人纏鬥了起來。阿拉尼亞被擊退，但是卡利戈也被救走，四人無功而返。回到舊雷斯特爾姆繼續駕車前往卡埃姆，希德妮早已經在此等候——她希望諾克提斯收集修船所需的秘銀。諾克提斯準備動身收集秘銀時，格拉迪奧將妹妹伊麗斯支開，對諾克提斯提出了暫時離隊的要求，基於與格拉迪奧的信任，諾克提斯沒有太多過問。
三人前往維斯佩爾湖附近尋找古代遺蹟的下落時，車輛的行駛路線沒有受到任何阻礙，本應緊鎖的帝國前哨卡也自動開啟使雷加利亞通行，三人預感似乎又要與亞丹見面了。果不其然，諾克提斯一行果然在湖泊邊「偶遇」了亞丹。亞丹囑咐三人大膽地跟他前往古代遺蹟外，帝國士兵不會對他們做出敵對的行為，還讓阿拉尼亞加入諾克提斯的隊伍。收集秘銀後，希德尼給伊格尼斯來電，希德尼希望諾克提斯將秘銀交給舊雷斯特爾姆附近工廠內的她朋友進行預處理。
諾克提斯等人藉助阿拉尼亞的帝國飛行器離開了古代遺蹟，前往雷斯特爾姆發電廠將獲得的秘銀交給希德尼的朋友荷麗加工。荷麗稱發電廠中遊蕩着使駭，希望諾克提斯幫助她清理，另一名獵人已經先行進入，由於防護服不多，伊格尼斯和普隆普特跟隨荷麗在安全區域等候。使骸解決完畢之後，諾克提斯突然發現先行的獵人是格拉迪奧而驚訝不已。船隻旋即徹底修好。在臨行前，安博拉再次給諾克提斯送來了露娜芙蕾雅的問候，在日記本裡露娜告訴諾克提斯，自己已經在水都等候諾克提斯的到來。
來到水都，在水都城內乘坐鳳尾舟前往瑪卡餐廳，餐廳老闆維斯肯姆與希德一樣是先王雷吉斯年輕時期的夥伴。水都的首相卡梅利亞來到餐廳與路西斯新國王會面，卡梅利亞稱露娜弗蕾亞目前處於水都的保護。希望諾克提斯前往相府詳談。卡梅麗希望諾克提斯的三個朋友幫助水都在儀式當天疏散群眾，能夠保護群眾無傷則水都將同意在此處舉行儀式。次日，露娜弗蕾亞開始演講，諾克提斯興奮不已。但是演講剛剛結束，帝國軍隊的飛行器已經降臨水都，希望干擾儀式的正常進行。在水神儀式中，諾克提斯不敵水神，露娜弗蕾亞準備使用法力保護諾克提斯時，亞丹乘坐飛行器出現在露娜弗蕾亞身後，並向她索要光耀之戒。露娜弗蕾亞堅稱自己只會親手將戒指交給諾克提斯，亞丹見目的無法達成，將匕首深深刺入了露娜弗蕾亞的側腹部並離開水都。奄奄待斃的諾克提斯只能眼睜睜看着亞丹對自己的未婚妻行兇，非常絕望。露娜弗蕾亞負着重傷使用強大的法術將王之力從王之墳墓內提取出來暫借給諾克提斯使用。諾克提斯全力應戰卻還是不敵，露娜弗蕾亞將昏迷的諾克提斯死死護在懷中只能聽天由命。就在千鈞一髮之際，巨神泰坦主動降臨擋在兩人的身前並一擊擊敗了虛弱的水神。水神被擊敗，儀式完成，諾克提斯獲得了水神之力。諾克提斯在夢中痛苦地見證了露娜弗蕾亞的離去。從昏迷中驚醒後，伊格尼斯已經在房間的沙發上守候多時，伊格尼斯的眼睛似乎在戰鬥中受傷而失明。諾克提斯連受打擊內心絕望。
失去未婚妻，伊格尼斯的失明對諾克提斯造成了巨大的打擊，但是他把一切悶在心裡，裝作對外界漠不關心的樣子使古拉迪歐拉斯非常火大，四人間的氛圍也變得極其微妙。之後諾克提斯一行人搭乘列車繼續前行，列車在經停卡爾塔納加油站時，大家決定下車逛逛，此時將軍科爾來電告訴諾克提斯在加油站附近的礦山內有着一處王之墓穴。歷經險戰，新的幻影劍獲得。回到車站，四人在探索礦山的戰鬥中依舊配合得很有默契，失明的伊格尼斯依舊在戰鬥中能夠擔當重要的作用，在他的主動下，四人化解了水都之後的尷尬與不和，關係再次變得親密無間。可亞丹卻尾隨而至。
伊格尼斯率先察覺到當前世界的白天時間段又大大縮短了，但是其中的真實原因卻無從得知。就在伊格尼斯與古拉迪歐拉斯離開本節車廂出去調查時，諾克提斯感覺到時間的凝固，此時亞丹突然現身挑釁着諾克提斯。諾克提斯尋仇心切，拔劍就砍向亞丹，亞丹將諾克提斯一人引向列車的前端。此時，列車突然停住，原來是在半路上遭受了來自帝國軍隊的攻擊。諾克提斯等人死戰，保住了車廂的安全。戰後回到車廂頂，諾克提斯突然發現亞丹奪過普隆普特的手槍指着其腦袋，心急的諾克提斯使用拔刀就向亞丹砍去，但是亞丹在瞬間互換了自己和普隆普特的位置，普隆普特為了躲避諾克提斯的攻擊不慎跌下列車，生死不明，亞丹在將諾克提斯擊暈後也不知去向。
諾克提斯從昏迷中醒來，致電告訴伊格尼斯發生的一切，伊格尼斯為了保證平民乘客的安全，決定繼續前行至特涅布萊，古拉迪歐拉斯則判斷普隆普特很可能已經被亞丹劫往帝都。路遇險況，但是水神的力量讓諾克提斯脫險。在特涅布萊的車站，四人偶遇了阿拉尼亞，她已經帶着傭兵團脫離了帝國，在此用自己的武裝保護着平民。阿拉尼亞稱自己手下的列車長比格斯可以繼續駕駛列車帶着諾克提斯前往帝都。比格斯告訴諾克提斯，帝國區域內也遍布着使駭，平民只能將自己緊鎖於屋內，生死不知。阿拉尼亞提醒諾克提斯在前往帝都前見一見露娜弗蕾亞生前的傭人瑪麗亞。告訴了諾克提斯，露娜的兄長也被帝國處決，他生前希望諾克提斯能夠取回先王雷吉斯的寶劍，諾克提斯保證自己前往帝都後一定遵循他的遺願。諾克提斯搭乘列車，列車駛向帝都將會途徑冰神希瓦的遺骸，諾克提斯擔心露娜弗蕾亞已經死亡，僅憑他是否能夠取得冰神的傳承，此時列車突然又停止前進。列車由於結冰被迫停下，使骸也隨之襲來。諾克提斯回到車廂內，車廂內突然颳起了暴風雪，伊格尼斯與古拉迪歐拉斯已經倒下，亞丹也突然出現在此地。驚怒的諾克提斯質問着亞丹這是否是他的新詭計。就在諾克提斯快被冰封之際，甘蒂亞娜突然出現，將亞丹變成冰雕。甘蒂亞娜的真實身份為冰神希瓦的神念，並將自己的真實外貌展現給了諾克提斯，在與希瓦的對話中可以從她那裡獲取三段回憶：星球的過去，星球的現在與冰神的神諭，還有對露娜弗蕾亞的記憶。在獲取了所有記憶後，希瓦將冰神之力傳承給了諾克提斯，並贈與他幻影劍——神使逆矛。冰神消失後，諾克提斯拔劍將被凍住的亞丹擊碎。伊格尼斯和古拉迪歐拉斯也甦醒過來，諾克提斯告知他們自己已經取得了冰神之力，二人前往別的車廂確認安全，此時列車也得以繼續前行。就在此時，亞丹憑空復活，據他所言自己是不死之身，神明的力量都無法將其殺死。亞丹還告訴諾克提斯，普隆普特身在帝都，他慫恿諾克提斯前往帝都救出朋友並且取回水晶。
在列車持續的前行中，帝都已經近在眼前，而世界已經完全陷入無盡的黑夜中。諾克提斯此行的主要目的就是前往帝都的基格納塔斯軍事基地將水晶和朋友普隆普特奪回。列車遭到了帝都防禦機制和使駭的逼停，而諾克提斯四人召喚武器的能力也被不明力場所壓制。四人開着放置於列車尾部的雷加利亞逃離火力帶，但是雷加利亞被帝國的炮火徹底摧毀，他們只能步行繼續前進。在前往要塞的過程中諾克提斯與古拉迪歐拉斯伊格尼斯兩人被迫分散。手無寸鐵的諾克提斯不得不戴上光耀之戒保護自己。突破要塞外圍，諾克提斯繼續深入。而諾克提斯在使駭的攻擊下墜到要塞下層，諾克提斯將死於此地的弗拉斯殘肢緊握着的雷吉斯劍拿起，獲得新的幻影劍——父王之劍。諾克提斯繼續探索，就在進入要塞最深處時，落入了激光門的陷阱，緊急時刻古拉迪歐拉斯與伊格尼斯趕到從外面關閉了激光門，諾克提斯倖免於難。在要塞的最深處，三人終於解救出了被囚禁的普隆普特，四人在周圍找到了記載帝國干擾路西斯王室武器魔法的裝置，想要戰勝亞丹必須取回使用武器的能力。普隆普特向三人坦白了自己的身份，他出身於帝國，本被用於開發使駭的實驗，但是他成功逃往了路西斯並成為了王室的護衛。進入門後。靠近干擾裝置互動即可讓諾克提斯將其破壞，之後便可重新獲得更改裝備和魔法的功能。亞丹召喚出使骸化的弗拉斯。四人合力將使骸化的弗拉斯擊殺，解放了他的靈魂，但是四周突然出現了許多大型使駭將諾克提斯等人團團包圍。伊格尼斯當下立斷，要求諾克提斯直接去尋找水晶，藉助水晶的力量消滅這裡的使駭。
諾克提斯在擔憂中找到了水晶，他觸摸水晶希望水晶能夠給他消滅使駭的力量，但是水晶泛光將他緩緩拉入其中。亞丹出現並訴說了自己的身世，他本是路西斯公民，當時使人們使骸化的寄生蟲橫行，他將染病的人身上寄生蟲吸到自己的體內，救了無數生命，但是卻被當時的路西斯國王下令處死。亞丹通過吸收大量的寄生蟲獲得了永生的能力，他希望諾克提斯進入水晶，獲得真王的力量後再將他正面殺死以解對路西斯王族的仇恨。在水晶內，諾克提斯見到了劍神，劍神告訴諾克提斯，在這裡他將耗費冗長光陰，來將水晶的力量匯聚與戒指內，從而獲得真王之力，擊敗不死的亞丹並履行自己作為真王的使命。據劍神所說，真王諾克提斯需要在擊敗亞丹後，於路西斯王座上獻出自己的生命，釋放水晶的力量驅散黑暗，將光明重新帶給整個世界。諾克提斯在水晶內冥想着，將旅行中全部的珍貴回憶作為動力驅動着水晶之力逐漸向光耀之戒內聚集。
十年後，諾克提斯在神影島上甦醒，已經是滿面亂須。安博拉為諾克提斯送來了信件，上面不知何人寫着「在錘頭鯊等你」。此時諾克提斯位於船場，多年的暗無天日使得這裡已經荒無人煙破敗不堪，只散布着使駭。跑離船場來到公路上，諾克提斯會偶遇開貨車從雷斯特爾姆前往錘頭鯊的塔爾科特。十年過去了，塔爾科特已經長大成年人，十年的黑夜使人類活動範圍越來越小，人類被迫聚集在有神隕作為能源的雷斯特爾姆，錘頭鯊已經接近廢棄，但是因為諾克提斯甦醒，大家將會在錘頭鯊見面。時隔十年，四人終於在錘頭鯊相聚，在這裡宿營進行短暫的休整後，將前往路西斯王國與亞丹進行決戰。根據錘頭鯊餐廳內的便條可以得知，導致星球永遠處於黑夜的原因為：使駭呼出和死亡時散出的黑色粒子飄浮於大氣層內，徹底遮蔽了日光。完成最後的宿營後，離開錘頭鯊即可直接來到王都。
諾克提斯四人在王宮內見到了亞丹，亞丹召喚出了火神應戰首尾呼應。戰至最後，冰神希瓦出現，使用神力將火神凍結並擊碎，被使駭化的火神終於獲得了解脫。在王宮的王座上，亞丹等候諾克提斯多時，亞丹擊暈了古拉迪歐拉斯三人，與諾克提斯進行國王之間的單獨對決。諾克提斯使用真王之力徹底殺死了亞丹，沒有了火神與亞丹，世間使駭的數量不再會增加。接下來，諾克提斯將要前往王座履行自己作為真王的使命：獻出生命為世界重迎光明。
諾克提斯坐在王座上將雷吉斯劍插於地面，召出了包括自己父親在內的路西斯先王，路西斯先王先後融入諾克提斯的體內。諾克提斯的意識進入到了星魂之所，亞丹的意識在這裡，諾克提斯在先王靈魂和露娜弗蕾亞殘存意識的幫助下徹底消滅了亞丹，自己的靈魂也燃燒殆盡，路西斯王族後繼無人，光耀之戒也隨之銷毀。耀眼的光芒從王座向全世界迸發，驅散了瀰漫在大氣層內的黑色粒子。而最後的最後，諾克提斯見到了年輕的自己和未婚妻未曾擁有的婚禮。
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