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在幽灵部的活动室因施工失误意外被毁期间，游真偶然来到还在施工的活动室的地下室，意外看到了彩乃和自己的玩偶“垂羊君”对话的场面。据彩乃自己所说，“垂羊君”是过去某个重要的人送给自己的，对于彩乃似乎有着非同寻常的意义。
幽灵部的活动室修好后，规划委员会向幽灵部提出了调查幽灵传闻的委托。原本游真并不想接下这个莫名其妙的委托，不过知晓游真和翔太过去“万帮团”的事的彩乃以此利用两人的热心肠怂恿两人，终于还是说服游真站在了赞成的一方。这之后的分组调查中，在祈的强烈嫌弃主张下，彩乃被推给游真组队。
原本，对于对调查毫不上心的彩乃，游真也相当头疼，乃至不得不抢走彩乃的点心作为要挟。在某天游真带着彩乃巡视校舍时，两人遇上了久美，正当久美打算提起彩乃过去的事抱怨时，彩乃制止了对方，并提出作为不再追究的交换会“稍稍努力一下”。彩乃带着游真来到了规划委员会，轻车熟路地找到了资料，仅凭看了几眼就搞清了五花八门的幽灵传闻的重要性区别和与规划委员会的关联，迅速分配好了需要由规划委员会和幽灵部各自调查的几个事件。彩乃处理事件的效率之高惊呆了在场的游真和权田桥，但彩乃却并不愿意解释其中缘由。不过，在无论如何都很在意的游真的追问下，彩乃还是说出了自己一直以来的烦恼和憧憬，而彩乃之所以建立幽灵部，正是希望能够让“万帮团”这样的团体重新诞生。游真被彩乃的这份心思所打动，决心承担起彩乃的“留恋”。
在两人共同活动的日子里，彩乃对游真越来越亲近。游真问起彩乃与飞鸟的关系，得知两人并非恋爱性质的亲密关系后感到松了口气，这时游真也明白自己已经喜欢上了彩乃。
在幽灵部全员的共同努力下，与规划委员会有关的幽灵传闻尽数解决，幽灵部也因此得到了规划委员会的高度认可。为了解决剩余的传闻，幽灵部再次开始了活动。与此同时，彩乃也越来越不顾忌对游真做出各种亲密举动，令游真心动不已。可就是在这时候，彩乃发觉自己的玩偶“垂羊君”丢失，幽灵部的活动室里被人留下了署名为“幽灵”的、警告幽灵部停止调查的信件。
想到可能正是因为自己疏忽忘记锁门导致玩偶被盗，游真感到十分自责，下决心将自己喜欢彩乃的这份心意保留起来，直到找回玩偶。但彩乃此时其实对玩偶的丢失已经感到有些释怀，面对游真固执地想要找到的想法，彩乃本打算和久美一起编造是自己的旧友千代子偷走玩偶来搞恶作剧的谎言来让游真放弃。不过，游真对这件事表现出了远超彩乃预料的积极性，迅速地通过打印机的使用记录盯上了有些可疑的同班同学柚木真子。当久美找到游真，得知游真虽然发觉真子可疑却也更希望相信真子的细腻心思，不愿再对游真有所隐瞒，干脆把彩乃的打算告诉了游真。
这之后，彩乃只好跟着游真调查真子。结果是，两人发现真子其实是规划委员会的卧底成员，因工作需要而避人耳目，因此引发了一系列奇怪的幽灵传闻。不过，真子也坚决否认是自己偷走玩偶、留下纸条，游真也因此相信这只是个误会。借此机会，游真也终于知道彩乃曾经是规划委员会的组建者之一。
这之后，彩乃就像之前打算的那样，对幽灵部的其他人将玩偶被盗一事说成是千代子的恶作剧，让此事暂且告一段落。尽管游真对此仍有遗憾，但也还是打算尊重彩乃的想法。彩乃也早就看出来游真对自己那欲言又止的感情，而此时彩乃自己也不希望再等下去。于是，在彩乃殷切的催促下，游真向彩乃告白，两人开始了交往。
当两人开始交往之后，彩乃对游真的宠爱立刻开始向失控的方向发展。随着两人关系的深入，彩乃几乎住进了游真家里，在衣食住行的几乎每个方面都对游真进行着无微不至的照顾，即使在学校里也不例外。无论是乃乃香、久美还是社团的其他成员都对这一现状傻了眼，担心游真这样下去会被彩乃培养成彻头彻尾的废人。即使是那个盗窃了彩乃玩偶的“幽灵”，也对现状看不下去了。第二天，游真收到了寄到家里的另一封信，称玩偶在“消逝的铃之丘的雪女”手中，并设置了一个星期的期限。
看到信后，彩乃对游真调查的打算表示反对，且似乎背后有什么想要隐藏的隐情，于是游真只好甩开彩乃自己行动。联想到“雪女”这一线索，游真首先想到的是被冠以这一外号的祈。跟踪祈的事情被祈发现后，游真只好把信的情况告诉了社团的成员们。游真也找到久美问到了与初代“雪女”相关的情况，但久美对“雪女”的了解也并不多，而在听到“6月26日”这个时间限制后更是犹豫了一下，表示还是应该由彩乃自己说出这些事。
回到家后，彩乃在一整天没见到身影的游真面前泫然欲泣。面对彩乃的抱怨和恳求，游真一时之间还是放弃了调查。然而，无论是乃乃香还是社团的同伴，都对游真放着各种各样的问题不管半途而废非常不满。思考过后，游真发觉了千代子与“雪女”间的共通点，终于察觉到了“幽灵”所作所为的用意。向千代子和彩乃的父亲确认过后，游真立刻召集了社团的伙伴们，为第二天6月26日——彩乃的生日这天做准备。
时间来到6月26日，游真带着彩乃来到幽灵部的活动室。面对突如其来的惊喜和过去悲伤的回忆，彩乃感到不知所措。不过，如今大家都已经了解了彩乃心中的悲伤，即便如此，每个人都希望彩乃能够幸福起来。当每一个人的心意一一传达到彩乃的心中，彩乃终于克服了过去的悲伤，时隔多年重新度过了一个真正开心的生日聚会。
事后，游真从祈那里听说了事情的真相，正要将此告诉彩乃时，彩乃却表示自己早已看穿祈就是幽灵信件的始作俑者。彩乃也终于跟游真说起了过去事情的全貌，令游真颇为惊讶的是，他原以为真身是千代子的初代“雪女”其实是女装的飞鸟。
当所有回忆都已说出口，彩乃也真正走上了人生的新阶段。第二年春天，彩乃终于迎来了迟到多年的毕业，并和游真正式结婚。在一个偶然的机会下，游真也得知之前连祈也没有想到的第二封信的真相——那其实是乃乃香、光和千代子的共同手笔，为的就是让几乎已经被彩乃养成废柴的游真重新振作。
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