在3年後的2074年,第一小隊所有隊員均穿上全新主色為白色的制服而言亞莉莎因胸部問題不能把衣服的拉鍊合上,亞莉莎希望暫不在極東的神薙裕看到會有感覺。之後索瑪,浩太及亞莉莎前往聽榊博士的委派任務,榊博士指極東分部資源快追不上人口增長,希望可以尋找適合人類居住沒有荒神靠近的生態建築,補充神薙裕跟龍膽及椿有其他任務短期內不會回極東亞莉莎馬上低落,之後派亞莉莎及索瑪乘坐直升機前往外地尋找新地,而浩太就留在基地為埃米爾及艾莉娜進行新人培訓。一段時間後上空被無視荒神裝甲的蚩尤攻擊,亞莉莎與索瑪被迫在路上徒行,中途見有人在車上被荒神襲擊馬上前往拯救,得知該人名叫高峰皋月,並給亞莉莎們用車上的通訊器與浩太報平安,之後來到完全沒聽過的人類生存據點-女神之森。當地守衛對芬里爾很反感所以不給他們進去,幸好皋月及一名八雲的大叔解畫才可進入,亞莉莎發現內部充滿驚人數量的綠色植物,並詢問何以得到造防荒神外壁的荒神之核,正當八雲指是芬里爾後馬上給一眾守衛拘捕2人並指是總統的命令不理解畫的八雲。隨後2人與當地總統葦原那智與評議會官員見面,及得知其一人是席克札爾的兒子索瑪馬上驚訝了一會,之後追問他們目的及想逗留後被一眾官員責罵,那智指生在這裏的人全是被席克札爾拒諸門外的倖存者,他們更鄙視極東的政權,其後嘲笑他們反正沒地方去給他們留下等極東的人來接前要以評議會保護下而生活,之後馬上拘禁2人。在羈留所聽到塔上有一首很動聽聲音在唱歌,回神發現監倉有另外一人被禁,之後被帶外出時見該人手上有手環令他們百思不解。突然傳出巨大警報令守衛紛紛離開,原來是皋月在背後做手腳並帶亞莉莎2人逃出,還說拘禁只是為得到他們神機來制作防禦壁,之後拿回裝備後遇到該有手環被禁之人,發現是一名與亞莉莎同齡的女孩子,並想帶她一起逃走但被拒絕,亞莉莎只好給她手扣鎖匙並往車離開。亞莉莎在車上與浩太通訊說明現況,之後皋月帶2人到八雲家後離開,在家中八雲給亞莉莎看當年他昔日相片,還發現正規軍時的八雲曾與極東的百田源合照,並給當時孩子時那智的相片,原來八雲和那智是父子。八雲解釋那智以前在神盾島上工作以協助神盾計畫,但3年前回來開始建造荒神外壁,而素材就是神盾島上偷來,其後被發現後在煩腦之時,手環女孩子就出現並無條件砍殺荒神令那智拿到足夠素材,這事不被公開以免市民知背後有神機使幫手而情緒高漲。後來亞莉莎偽裝後與八雲出門時,發現八雲是得到大量市民歡心之人,但很多市民怕該2名神機使會帶給流行病,這亞莉莎是第一次聽到,詢問八雲後知該病會在身體產生奇異紋樣,之後便死去,還指出可能是接觸最近落下的紅色雨水所引致。回到家後進行晚飯亞莉莎所制作的日式燶魚...八雲還好心怕索瑪份量不夠而給他但被拒,並不明為何過了3日還沒有人接他2人,不久那智帶同守衛進屋,並要拘捕所有人,期間有大量荒神湧進據點,亞莉莎與索瑪不顧那智馬上前往應戰。戰鬥中手環女孩子也加入戰團,隨後亞莉莎見外壁上站著當時攻擊直升機的蚩尤,被女孩子指該荒神是不同類型,但索瑪沒聽入耳馬上上去應戰,亞莉莎神機突然不受控制無法變形並笨重,之後見當時的市民有受傷和斷肢,便硬讓神機變形且復原並解決附近荒神,轉眼見索瑪一下子從壁上一直劈著蚩尤落地,但還沒完全死去,2人神機又再次不受控制,突然出現一隻巨大機械人一下子打到蚩尤遍體鱗傷,女孩子見機械人後馬上大叫基斯並知道該女孩叫馬爾古麗特,亞莉莎也見機械人印有芬里爾標誌,其後蚩尤與其他荒神一同撤退,亞莉莎與索瑪上前追砍,機械人保護了女孩,並對2人及荒神進行攻擊,之後被剛來的車叫停機械人,當亞莉莎上前表明身分並追問車上技師時,那智出現大讚機械人-「神機兵」很強,叫技師繼續招募搭乘的自願者,技師與亞莉莎指有了神機兵你們就不用再上戰場,說完後把神機兵移上車後離去。回家索瑪與榊博士通訊,指幸好索瑪體內的偏食因子不同所以有能力對抗並說如果不搞定該疑似變異種(感應種)的荒神不能派支援,之後聽到外面很大騷動,隨後八雲帶著感到痛苦的女孩回家,亞莉莎清楚見到樣子後馬上知道是3年前加入與楠六花一樣極東裝備班的馬爾古麗特為同一人。當亞莉莎想上前檢查手上戒指時被她警告,原來女孩中了流行病而且會經接觸而傳染。馬爾古麗特在床上說道當時基斯因一次任務失去神機,而且她自己只是裝備人員不能再有能力對抗荒神就從極東逃去安靜生活。其後基斯不夠偏食因子給手腕而去一個移動中的芬里爾要塞,她也成功在要塞有適合的神機而成為神機使,基斯就加入神機兵試搭員,但一去不返,所以知道女神之森將會配備神機兵馬上進入並以幫手殺荒神取素材作留下唯一條件。皋月並指第一次見奇異紋樣會變了蜘蛛樣,大多兇多吉少時日無多,並表明曾經在芬里爾做宣傳知內部黑暗,還問同是神機使的亞莉莎有沒想制止這種事,並嘲笑神機使都只是棋子而且2人只作逗留,有這正義的事才怪後被八雲說收口,亞莉莎只好斷言無力反駁,散步期間遇見正在唱歌動聽的人,亞莉莎希望她再唱一次,不久背後皋月帶著2人回車上,站在一旁的索瑪給了亞莉莎通訊器,亞莉莎收過原來是神薙裕找她,神薙裕在對話得知亞莉莎騙他任務順利其實很辛苦,亞莉莎隨即大哭自責再一次保護不到所有人,神薙裕馬上用亞莉莎經典名句「我覺得舊型只要做好舊型該做的事就好了」馬上令亞莉莎十分羞愧並鼓勵亞莉莎按自己步伐前進,突然那智來到並把唱歌女子帶走,原來女子是那智的女兒優諾,皋月希望借用青梅竹馬的她但被無視及帶走,之後亞莉莎與索瑪跟通訊器中的龍膽對話,指出所在的歐洲不論當地芬里爾還是荒神都十分混亂要繼續支援,並希望眾人加油後浩太突然插入宣佈新部隊名稱為「搖籃」(Cradle),為芬里爾遠東分部獨立支援部隊,意指在新土地上建立嶄新關係,如培養新的生命的搖籃一樣,並希望借女神之森作新的羈絆。翌日亞莉莎自信地向在塔的那智提出在新種荒神完全被消滅前搖籃會全力協助及提供支援,希望守護據點還有要馬爾古麗特可以繼續生活。正當那智想指這反胃漂亮話時,上次的一批荒神又來突襲,亞莉莎馬上叫那智等官員離開並應戰,其後察覺樓下有閃光彈想前往救援時被蚩尤阻止。經過曲折的戰鬥後雖然出現犧牲者八雲但成功解決所有荒神,亞莉莎和索瑪迎接救援部隊浩太後2人前往議會廳,就未來的去向有何計劃及安排馬爾古麗特在隔離病房休養,散會後多謝那智並說八雲有提及那智為人造福的心很大,希望當把她當棋子就可以但被那智反指不要忍著哭泣後亞莉莎馬上留流淚,且說父親死去本是時間問題。之後亞莉莎,索瑪,浩太還有皋月及優諾參加市民聚會皋月指八雲一早有了流行病,而優諾承諾會和亞莉莎一樣做自己做到的事。亞莉莎後來聽浩太說最近有群直轄芬里爾的支部組成新團隊,有很強招數打倒荒神,之後浩太把老大神薙裕的手信貝雷帽給亞莉莎,亞莉莎高興得馬上戴上。
數月後亞莉莎多次進行救援及保衛新據點建造任務,一次救援中成功保護2名神機使還妒忌因給亞莉莎貝雷帽的人而充滿怨氣,之後返回基地途中因有另一部隊被感應種攻擊而自行去前往支援,到達後想應戰時荒神馬上被未見過的隊伍殺死,當中一個人神威弘/玩家?!背影因像神薙裕而被亞莉莎叫到之後面紅認錯,其後得知該隊名是「BLOOD」及隊長是朱利烏斯,他們是收到公開救援信號而前來,亞莉莎馬上知道是浩太所提及的部隊,之後亞莉莎好奇望多像隊長的隊員神薙裕頭上開始綠綠??後便與朱利烏斯道別分開,之後和浩太及艾莉娜等人會合,眾人對BLOOD表示很多疑問,怕會取代現在的神機使,不過亞莉莎反而希望就算不能再戰鬥,失去神機力量也不會違背自己行的道路,之後出發繼續巡視四周。
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