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超速決鬥部的成立（第27集）：
游我一早便到了學校，在學校天台上回憶著和尼爾的決鬥，見到學人和露明後，向兩人道了謝並表示如果沒有幾人的極限卡，自己說不定已經敗給尼爾了。此時改造突然出現告訴游我等人大事不好，學生會室被盧克「占領」並取名為「盧克部」，盧克邀請眾人加入但全部失敗，游我以「社團什麼的好麻煩」回絕，其餘兩人也以其他理由回絕。
後來盧克多次邀請別人加入一律失敗，將自己關在了學生會室里。放學後游我和露明還有學人前去部室，在門口偷聽到了盧克和「幻影盧克」的決鬥，三人推開部室房門表示自己是前來加入社團的，社團的成立手續已由學生會代為完成，而社團顧問則拜託了塞巴斯蒂安擔任。目的為推廣超速決鬥的「超速決鬥部」也正式成立。
決鬥大賽前的合宿特訓（第28、29集）：
某天盧克在進行抽卡的練習時候得知了有一場超速決鬥大賽將要舉辦，於是打算叫上全社團去進行合宿特訓。游我在訓練途中為了追趕一隻公雞誤入到了叢林，在這裡見到了一位撫摸著挖掘機的灰髮少女別問為什麼是挖掘機，這也是一種浪漫（），少女將自己的挖掘機稱為「R6」並表示R6不知道怎麼了突然就不動了。游我幫助她修理好挖掘機後，少女自報家名為「六葉麻奈」，自稱重機騎士。游我詢問麻奈是否能讓自己也試著操縱一下，麻奈獲得了R6的同意後欣然同意。
於是兩人騎著挖掘機帶著公雞在花田間十分生草浪漫地轉了一圈。這裡一轉少女番，不止畫面連BGM也一起）。
回到宿舍後游我向宿舍的眾人提起自己在叢林中遇到麻奈和她的挖掘機的事，學人認為麻奈是屬於哥哈第六小學的重騎決鬥社團的學生，根據他所聽到的傳言，在精英雲集的第六小學，重騎決鬥社團也是其中翹楚，甚至擁有凌駕於學生會之上的權利。此時恐龍部的眾人也表示他們的挖掘場地有好幾次都被六小重騎部的人強硬搶走，但游我覺得麻奈並不像是那樣的人。游我等人的討論聲被中斷，露明和同樣來自哥哈第三小學的卷壽司子因為電視節目的原因吵得不可開交，後來游我推薦用超速決鬥解決問題。第一天在兩人最後的和解中渡過。
第二天幾人起來發現宿舍的周圍被挖出了一大圈深不見底的坑，游我讓改造君飛出去尋求塞巴斯蒂安的協助，於是四人在存糧都在前一晚被盧克吃光的情況下等待救援一直等到了太陽下山，被六小重騎決鬥部的人救助。你問我改造在哪？改造和塞巴斯蒂安打到了天黑（）。
決鬥大賽其實是吹奏大賽？！（第30集）：
合宿過後，學人向游我和露明解釋學生會的其他兩人七星蘭世和七星凜之介之所以沒來合宿是因為去了溫泉旅行。此時盧克拿來了決鬥大賽的報名表，三人湊上去一看才發現這並非什麼決鬥大賽報名表，而是喇叭二重奏大會。而游我像是想到了什麼，表示二重奏大會不也挺有趣的嘛，而且棄權也太可惜了。最後基於多方面考慮，幾人決定去找學校的吹奏樂部幫忙特訓。
眾人在進入部室後，經過一連串木頭人和暴力拆遷的驚嚇，見到了吹奏樂部的部長，同時也是盧克的姐姐的上城大華。在得知游我等人的來意後，大華表示可以幫助眾人特訓，但前提是要用格鬥技贏過她再說。游我向大華提議用超速決鬥來決定輸贏，大華欣然接受。決鬥途中，大華詢問游我，「決鬥，名為戰鬥的道路，在那盡頭你期望得到什麼呢？」游我答道，從自己創造出超速決鬥的那一刻，想法就從未改變過，自己在那盡頭期望得到的東西便是笑容。
決鬥的最後，大華和游我兩人在精神世界交流別問，問就是互相共鳴的決鬥者之間特有的交流。大華表示在盧克輸給自己後，自己還是有點擔心的，但在某天目睹了盧克和游我的決鬥過後，久違地看到了盧克開心的模樣。肯定了游我「決鬥的盡頭是笑容」的答案，並相信如果是他，一定能成功走到最後的。
最後按照約定，大華同意給眾人上管樂器的入門課，在大華的魔鬼訓練下，終於到了吹奏大會舉行的那一天……
熱愛重騎的貴公主（第31~32集）：
游我等人按照時間帶著樂器來到了大賽舉辦地，然而大賽場地過於破舊讓幾人不禁懷疑起來。跟著場內的告示順利走到了賽場的幾人，卻發現這裡的「參賽者」都戴著假面在進行著超速決鬥。在場的學生們認出了游我並詢問他為何會來到這裡，並且對哥哈的無人機（改造君和塞巴斯蒂安）感到害怕，正當游我等人對現在的情況感到不解時，大賽的主辦人——有栖川姜戈現身向在場幾人說明現況。
姜戈將喇叭二重奏大會稱為「暗影大賽」，表示二重奏大賽只不過是個為了掩人耳目的偽名，其正體便是這場暗影超速決鬥大賽，同時也說明了游我等人所受的魔鬼訓練全部化為無用功。姜戈向超速決鬥部的四人表示抱歉，並解釋其中有難以言說的苦衷。姜戈原為哥哈第六小學學生會會長，某天他和學生會還有其他熱愛決鬥的夥伴們敗給了學校的重騎決鬥部並被奪走了所有的卡片，最後被逐出學生會。而姜戈也因為這次經歷有了心理創傷，如果不定時抽卡便會發瘋焦躁不安只能說幸好玩的不是氪金抽卡遊戲（）。機緣巧合之下，姜戈知道了超速決鬥的存在並因為一回合能抽五張卡的原因沉迷其中，為了不被重騎決鬥部發現，從此和夥伴們躲在舊校舍進行著超速決鬥。
雖然有苦衷，但盧克還是無法放下，因為偽名的原因，自己好不容易熬過去的大華的魔鬼特訓全部白費（），游我等人本想勸說盧克一起回去，但被姜戈叫住。姜戈表示能在這裡遇上超速決鬥的創始人也是一種緣分，提議游我不如和自己來場決鬥。此時盧克因為自己拼死的喇叭訓練被白費而憤怒到極點，代替了游我和姜戈進行決鬥。
戰勝姜戈後，盧克對喇叭特訓的心結也解開，幾人提議一起來辦一場盛大的超速決鬥大會，然而舊校舍突然被砸開牆壁，在場所有人都被第六小學重騎決鬥部「查獲」，重騎決鬥部部長六葉麻奈也正式登場。經過重騎部參謀之一田崎加里安的解說，眾人才得知麻奈為哥哈市里有名的六葉重機的千金大小姐。麻奈對重機有著迷之執念具體表現為聽到挖掘機R6美妙的引擎聲會臉紅）且能聽懂重機所「說」的「話」其實就是引擎聲。兩人互相認出對方並寒暄了一會兒，麻奈稱R6說它也很想見游我，R6對游我親近的情況也讓參謀加里安和加山舒貝爾感到震驚。隨後麻奈表示要將這裡的六小學生全部帶走並將舊校舍徹底拆除，游我詢問麻奈為什麼不能讓他們享受超速決鬥的樂趣時，麻奈答道重視紀律與傳統是六小的立校準則，無論決鬥還是重騎都只有原版才是最美的，且認為對這些進行改造的行為是對歷史不折不扣的褻瀆然而事物總要進步，如果不改造不去發現新方向，我們便無法前進，因此絕對不認同經由哥哈決鬥改造而來的超速決鬥。
在麻奈準備離去之時，游我向麻奈提出決鬥，想要彌補初遇時錯過的決鬥的機會。根據六小「無論以何種條件，學生都必須接受決鬥挑戰」的傳統，麻奈接受了游我的挑戰，並約定如果游我贏了，麻奈便要讓全六小的學生都能自由享受超速決鬥，麻奈則表示自己的要求等獲得勝利後再決定。決鬥途中游我看穿了麻奈的心思，表示麻奈也和自己一樣，認為這是一場快樂的決鬥吧。麻奈雖沒回答，但游我享受決鬥的笑容讓她想起了某些事情。
決鬥接近尾聲，麻奈召喚出了本不可能存在第三隻的極限怪獸——「幻龍重騎 超掘機幻龍」擊敗了游我。麻奈決定了自己的要求，那便是要求超速決鬥部四人轉入哥哈第六小學。此時本應去了溫泉旅行的蘭世和凜之介跑來，解釋自己並不是去了什麼旅行而是輸給重騎決鬥部後被強制轉入六小。學生會和超速決鬥部短暫的六小生活將要開啟……
複雜又短暫的轉校生活（第33~37集）：
第六小學嚴守紀律，學生早起集合後要在6點66分前從校舍到達學校，期間需要跨越許多障礙，讓游我等人苦不堪言。姜戈解釋自重騎決鬥部到來後，六小學生的每一天都是這樣。在手機被沒收，無人機禁止使用的情況下，原七小的眾人沒有任何求救手段，再加上六小所在位置偏僻，逃跑對於幾人來說也是很困難的事。游我開始思考為何麻奈不惜借用二重奏大賽的報名表誤導他們到舊校舍，再一網打盡順便讓他們轉進六小的原因加上原劇這裡的解釋，游我八成一早就看出端倪且為了調查，故意掉進陷阱的）。
為了調查真相，游我暗中救出改造君並讓對方偽裝成學生協助在校內搜索情報，放學時改造君將找到的情報告訴游我後，游我決定去一趟重騎決鬥部作為六小的學生向重騎決鬥部發起挑戰，然而被監視眾人的加里安阻攔了。為了回到七小繼續就任學生會長，也為了給蘭世和凜之介報仇，學人主動向加里安發起挑戰。
最終學人贏下了這場決鬥，加里安的重騎也宣布報廢，幾人本以為這樣子就可以回到七小的時候，麻奈現身再次攔住了游我等人。由於游我使用校內明令禁止的無人機，又在校內到處散播些稀奇古怪的道具幫助學生解決上學路上的困難，麻奈認為這踐踏了六小的傳統，於是決定將眾人送去廢棄宿舍。不過麻奈此舉正好達成了游我的目的，盧克先前對極限怪獸的猜測點醒了游我，翻閱了六小的歷史過後，游我斷定重騎決鬥部的秘密便藏在廢棄宿舍隔壁的礦山溫馨提示：這種礦山礦洞什麼的沒有防護裝備或專業人士在場，絕對不能貿然進去，更別提小孩子了。這是動畫，不要學游我他們（霧）。為了更加了解麻奈極限怪獸的來源，第二天游我便將塞巴斯蒂安和改造君送出六小，讓他們去避風港尋求尼爾幫助。改造君那邊成功逃出六小範圍後吸引了決鬥部的注意力，於是趁此機會，游我帶著原七小等人進入了礦山一探究竟。
進入到礦洞深處的七小眾人因為路標丟失和口渴的原因，只得先坐下休息片刻，正當露明快要因為口渴誤喝礦洞自然水時，恐龍部的亨特和改造君出現並制止了露明。改造君出逃並找到尼爾後，向尼爾說明了現況，尼爾認為答案可能就埋藏於哥哈市周邊的地下，於是便委託亨特利用尋寶的天賦前來幫助游我等人。在亨特發現「寶藏」後的一個噴嚏下，游我等人發現了一條神秘的密道。路上幾人閒聊時，游我認為麻奈想要消除超速決鬥，除了珍惜傳統，一定還有其他的原因，只要解開道路前方的秘密，就一定能讓六小的大家和麻奈露出笑容了。此時盧克和亨特發現了一處奇怪的地方，而加里安和舒貝爾便在這個重騎角斗場等待著他們。
因為各種烏龍（）搞出來的麻煩而且游我似乎早就預知到了），在蘭世和凜之介的姐弟決鬥過後，舒貝爾繼續對戰游我等人，為了一報之前被舒貝爾的夥伴陷鴿欺騙的仇，盧克主動接受與舒貝爾的決鬥。然而途中因為舒貝爾和陷鴿的各種陷阱和騙術，盧克陷入了陷鴿的精神迷宮無法逃出，但在游我的呼喚和鼓勵下由於37集過於深井冰的節奏導致這集n站的彈幕看到盧克想像中散發聖光的游我後，開始刷起了奇怪的稱呼（霧），盧克逃出了精神迷宮並一鼓作氣將舒貝爾和陷鴿打倒後，游我等人穿過角斗場繼續前進。
奪回麻奈的笑容（第38~39集）：
跟著亨特的指引繼續向前的游我等人終於到達了礦山深處，這裡埋藏著許多廢棄的試製型決鬥盤。根據尼爾的解釋，在游我成功安裝超速決鬥程序的那一刻，給哥哈的所有系統帶來了強烈的負荷，這引起了哥哈市周圍地下含量豐富的特殊金屬哥哈合金的反應，而衝擊也因此傳到了地下的廢棄決鬥盤裡，因為極限召喚也算是超速決鬥程序的一部分，所以廢棄決鬥盤也跟著一起更新了有關極限召喚的數據，從而誕生出極限卡。
此時麻奈和重騎決鬥部的眾人一同出現，表揚游我等人能夠找到真相。麻奈表示雖然極限卡來自於這些決鬥盤，但因為長年埋在地下和腐朽的原因，並不是每一張id卡都能夠印出極限卡，「超掘機幻龍」便是在好幾次試錯下誕生出來的。尼爾也解釋道就算沒有腐朽的原因，也並不是每一張id卡都能夠成功製造極限。為了驗證麻奈說的話，游我嘗試取出廢棄決鬥盤中的id卡，結果id卡因腐朽過重的原因一碰便碎。解釋完畢後，麻奈再次向游我申請進行正式的超速決鬥，如果游我贏了的話，便會如約解除六小學生的超速決鬥禁令，如果麻奈贏了的話，則會讓哥哈市所有的小學禁止超速決鬥，並且是從七小開始。這就是大小姐的實力嗎）
在決鬥前，看著瀕臨報廢的R6，游我再次向麻奈詢問為什麼會這麼想擊潰超速決鬥呢。麻奈的答案還是和之前一樣傳統至上，認為後來加以修改的東西都是邪道。但是游我認為其中還有其他原因，正當游我還想繼續說下去的時候，麻奈主動打斷了對話，兩人的決鬥正式開始。
決鬥開始後沒多久，麻奈便召喚出了極限怪獸「超掘機幻龍」進行攻擊，不過被游我用陷阱卡躲過一回。此時麻奈指出了游我的計畫，並料到游我之前讓改造君去到尼爾那裡肯定還帶來了僅存的另一隻極限怪獸「世界樹龍」，然而游我表示自己考慮了許多，最後還是決定不會使用「世界樹龍」和麻奈對戰改造君：我辛辛苦苦向尼爾磕頭拿來的你竟然說不用，麻奈因此對游我失望。不過游我也沒說過自己不會在這場決鬥中使用極限卡，雖然熟練駕馭「世界樹龍」的可能性很低，但游我選擇了賭在更小的可能性上。
原來早在麻奈等人到來前的一小段時間，游我就借著亨特的發掘能力挖出了三個廢棄決鬥盤，幸運地拿到了三張狀態良好的id卡，但能否成功印出極限仍是未知數。即便只是微小到令人絕望的可能性，也無法阻擋游我的王道，游我成功印出並召喚了「超限王道巨神」，這一系列舉動讓麻奈從心底里興奮起來。在效果和陷阱卡的堆積下，「超限王道巨神」和「超掘機幻龍」的攻擊力變為一致，兩隻極限怪獸本應會同歸於盡，卻因為id卡的故障出現了變數。在兩隻極限怪獸對撞的同時，麻奈的「超掘機幻龍」卡開始崩潰，終歸是長期埋在地下的id卡，無法使用太長時間，如果「超掘機幻龍」消失的話，那麼這場戰鬥就是「超限王道巨神」的勝利。然而與此同時，游我的極限卡也開始崩潰始終都是從地下挖出來的開始腐朽的id卡，無法支撐決鬥太長時間，於是這場戰鬥變成了比哪邊的極限怪獸先一步消失的決鬥。
在一陣爆炸過後，兩人的極限怪獸同時消失，於是這場戰鬥不分勝負，兩人的決鬥繼續。在決鬥中途，麻奈的R6再一次發生故障，無限接近於報廢。游我覺得疑惑，詢問麻奈為什麼不修理R6呢。世世代代長期使用的重騎已有很多部件開始老化，現在光是連啟動都勉強，而重騎的研發所六葉重機因為業績下滑，被哥哈的重機製造部吞併，再加上哥哈不再對舊型重機提供技術支持，無法再生產可替換的部件，如果使用了其他部件的話，對麻奈來說無異於改造。游我察覺到麻奈等人想要擊潰超速決鬥的理由和「部件替換」有關，麻奈也答道哥哈公司答應他們，只要成功擊潰超速決鬥，就會重新生產六葉重騎部件，也可以復興六葉公司。
決鬥接近尾聲，R6已經瀕臨極限，重騎決鬥部的眾人聯合起來圍住R6防止R6解體，這場決鬥無論誰贏了，都會有一方失去最珍視之物。在游我的新王牌「幻明鏡革新者」的攻擊下，麻奈和重騎決鬥部的眾人徹底敗北，R6也迎來了終焉，在決鬥的最後徹底報廢。何止報廢，甚至直接爆炸了
或許這也是一種偶然，借著先前極限怪獸的戰鬥導致的爆炸和剛剛R6報廢時產生的爆炸，游我找到了六葉公司隱藏起來的另一大秘密。在這礦山深處隱藏的另一個與王道研究所相似氛圍的房間內，擺放著最早的決鬥裝置——六葉式移動決鬥裝置 R0號。之前游我在六小的圖書館調查時，偶然了解到R0號的存在，覺得如果能找到R0號的話，絕對能給麻奈帶來笑容。在哥哈市還是一片平原的時候，在哥哈的開發大發異彩的便是六葉重機，在那之後六葉重機也同樣參與了哥哈決鬥的研發並提出了「無論到哪裡都能自由地開始決鬥」的裝置的靈感。然而時代變遷，隨著無人機技術進步，城市建設等方面不再需要重機，六葉公司的業績開始下滑，最終被哥哈公司吞併。大家能像現在這樣使用決鬥盤享受決鬥，六葉公司功不可沒，其貢獻也理應得到更高評價。
學人和露明發現R0就像游我的「王道」一樣，到處都是些東拼西湊的零件，像是被不斷改造過一般。游我向麻奈等人說明，在製作新事物的時候，總是需要一次又一次的失敗，需要一次又一次的改造，努力到最後，才能有所成就。為了告訴麻奈等人這個道理，游我在想著解除禁令和回到七小的同時也在想著找到R0，告訴麻奈改造並不一定是邪道，超速決鬥也是如此，R0也是如此。第六小學的決鬥禁令取消，超速決鬥部和學生會也能回到七小了。麻奈等人重新接受了「改造」一事，游我在改造完R6讓R6重獲新生後也答應了加里安重新改造他的重機，麻奈再一次找回了發自內心的笑容。
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